2003年，離開校園的吳亞馨便以廣告模特的身份開始了個人的演藝生涯。

2006年，吳亞馨出演了個人的首部影視作品，在與明道、張芯瑜、楊雅筑共同出演的浪漫偶像劇《星蘋果樂園》中飾演了身材好有心計的小馨。

2008年，吳亞馨開始擔任旅游時尚類節(jié)目《來去日本》的主持人。

2009年，吳亞馨與郭品超、明道、李小璐合作主演了都市愛情劇《敲敲愛上你》，吳亞馨在劇中飾演了精明干練的女主角姚子望；隨后，吳亞馨又與楊丞琳、羅志祥、李威共同出演了都市愛情喜劇《海派甜心》，劇中吳亞馨飾演了優(yōu)雅迷人的美麗�；�莫莉；同年，吳亞馨還與林佑威、戴君竹、黃鴻升合作出演了內(nèi)地年代劇《我在1949等你》；此外，吳亞馨還客串出演了個人的首部電影作品《撲克王》。

2010年，吳亞馨先是與陸毅、韓智慧、劉牧聯(lián)袂主演了愛情懸疑劇《天堂秀》，吳亞馨在劇中飾演了美麗睿智的女強人袁斯朗；之后，吳亞馨又在與徐熙媛、何潤東、黃曉明共同出演的根據(jù)內(nèi)地作家明曉溪同名小說改編的現(xiàn)代言情劇《泡沫之夏》中飾演了為達目的不擇手段的安卉妮；同年，吳亞馨還客串出演了都市愛情劇《犀利人妻》。

2011年，吳亞馨在與朱孝天、陳妍希、吳中天合作主演的都市言情劇劇《記得，我們有約》中飾演了外表美麗嫻淑內(nèi)心卻冷酷強悍的夏寶兒；同年，吳亞馨還與高以翔、曾愷玹、陳至愷共同主演了現(xiàn)代愛情劇《單數(shù)絕配》，吳亞馨在劇中飾演了期待愛情的攝影師紀研希。

2012年，吳亞馨與林心如、汪東城、林更新聯(lián)袂主演的現(xiàn)代都市劇《姐姐立正向前走》中飾演了沈沛妮；同年，吳亞馨因被卷入李宗瑞迷奸案而宣布暫別演藝圈。

2013年，吳亞馨復出并與廖柏翔、黃健瑋共同出演了電視短劇《閉鎖鏈》；同年，吳亞馨又出演了迷你偶像劇《久戀不婚》；此外，吳亞馨還客串出演了兩部大電影作品《對面的女孩殺過來》和《失控的美學》。

2014年，吳亞馨與邱品程、陳尚澤、范峻銘等藝人合作主演了熱血校園劇《一代新兵之八極少年》，劇中吳亞馨飾演了年輕優(yōu)秀的熱血助教蘇絲琪。

2015年，吳亞馨主演了臺灣藝術大學電影學系100級畢業(yè)短片《珊迪不遲到》，并在片中飾演了外表亮眼且身材姣好卻脾氣暴躁高人氣歌手程穎佟。

2018年3月29日，主演的網(wǎng)絡電影《時尚女模頭2》在愛奇藝上播出。

2015年6月，吳亞馨招認熱戀小5歲的香港男星狄易達。

2016年6月29日，狄易達出席活動，表示已和吳亞馨分手。

吳亞馨美貌與性感兼具，雖然是模特出身，但她卻憑著在戲劇與主持方面的努力成功轉型，同時她也憑借在多部影視劇中的不俗表現(xiàn)，得到了業(yè)內(nèi)人士與觀眾的肯定和喜愛（新浪網(wǎng)評）。

在電視劇《天堂秀》中吳亞馨飾演了一位職業(yè)新女性，她在劇中的表演不僅大方得體、性感嫵媚，同時也把人物的修養(yǎng)和睿智演繹的非常到位（新華網(wǎng)評 ）。