從1940年至1949年，顓孫均先后在抗日軍政大學(xué)四分校、華中建設(shè)大學(xué)和解放軍特科學(xué)校擔(dān)任教育長(zhǎng)、副校長(zhǎng)或校長(zhǎng)。在戎馬倥傯、戰(zhàn)火紛飛的9年中，他為革命培養(yǎng)了大批軍事、政治干部和理論人才。1949年4月，顓孫叔陶隨軍南下接管南京，9月，兼任南京大學(xué)軍事代表。1950年3月，他被推舉為南大政治教育委員會(huì)主任；1951年7月，南京大學(xué)改行校長(zhǎng)制，中央人民政府教育部決定由心理學(xué)家潘菽教授和顓孫均擔(dān)任正、副校長(zhǎng)；1953年5月，南大黨委正式成立，顓孫均任黨委書記，兼副校長(zhǎng)。

顓孫均在80年代初撰寫的《我的道路》中曾回憶說：“……1949年，民族民主革命勝利了。不久，我調(diào)到正規(guī)大學(xué)工作了。u2018拿著黃牛當(dāng)馬騎u2019，我只能邊學(xué)邊講，講點(diǎn)馬克思主義�！逼鋵�(shí)，正是在這建國(guó)初期的七、八年中，顓孫均的馬克思主義理論修養(yǎng)、政策水平和領(lǐng)導(dǎo)才干得到了充分的發(fā)揮。他不僅領(lǐng)導(dǎo)了對(duì)中央大學(xué)的接管和改造，而且領(lǐng)導(dǎo)了建國(guó)初期南京大學(xué)的發(fā)展與改革：思想改造運(yùn)動(dòng)，院系調(diào)整，學(xué)習(xí)蘇聯(lián)，探索自己的道路等等。

如何辦好社會(huì)主義大學(xué)?顓孫均“根據(jù)自己的粗淺理解”，認(rèn)為要為國(guó)家培養(yǎng)各種專門的建設(shè)人才，必須審慎地改造舊有的高等教育，其中“最根本的教育是馬克思主義理論教育”。

顓孫均在擔(dān)任副校長(zhǎng)后，仍然兼任哲學(xué)、政治經(jīng)濟(jì)學(xué)教師。他以上大課的形式，在大禮堂為高年級(jí)本科生講“政治經(jīng)濟(jì)學(xué)”、“馬克思主義哲學(xué)”和“科學(xué)社會(huì)主義理論”。有一段時(shí)間，南京師范學(xué)院和南京藥學(xué)院的學(xué)生也來南大同堂上課，聽眾甚至超過1200人。當(dāng)時(shí)講政治理論，基本采用蘇聯(lián)教材，顓孫均看到“老大哥”已將哲學(xué)、政治經(jīng)濟(jì)系體系化了，不無(wú)敬佩之意�？墒倾@進(jìn)去一看，“卻有u2018千篇一律u2019、u2018千人一面u2019之感，覺得和馬克思主義經(jīng)典著作大異其趣”。顓孫均認(rèn)為，“取法乎上，僅得其中；取法乎中，遂流為下”，“我還是向經(jīng)典著作直接學(xué)習(xí)吧!”

他開始系統(tǒng)地逐本通讀馬、恩、列、斯、毛的著作，“邊讀邊想，邊想邊讀”，并寫出自己的講稿。他給自己提出一個(gè)要求，即“努力用自己的語(yǔ)言、文字，來表達(dá)馬克思主義的基本原理”。他的講課，內(nèi)容豐富，深入淺出，邏輯嚴(yán)密。他后來出版的專著《歷史唯物主義綱要》和《資本主義經(jīng)濟(jì)規(guī)律》，都是在當(dāng)時(shí)的教學(xué)講義基礎(chǔ)上整理而成的。

顓孫均認(rèn)為，對(duì)在大學(xué)工作的知識(shí)分子的思想政治工作，應(yīng)當(dāng)不同于對(duì)工農(nóng)和部隊(duì)指戰(zhàn)員的思想政治教育，也不同于軍政院校的工作原則和方法。當(dāng)時(shí)他“最感到吃重的”，是他想履行列寧的教導(dǎo)，探索一條尊重知識(shí)分子特點(diǎn)的高校思想政治工作道路。列寧指出“不同的人有不同的接近共產(chǎn)主義之路”，顓孫均認(rèn)為“專業(yè)工作者要舉一反三，結(jié)合自己的專業(yè)、經(jīng)驗(yàn)來學(xué)習(xí)”，他反復(fù)強(qiáng)調(diào)：“馬克思主義必須自己學(xué)習(xí)。教員只能起個(gè)啟發(fā)作用，結(jié)合專業(yè)學(xué)習(xí)馬克思主義，要靠專業(yè)工作者自己�！�

無(wú)論是以軍代表名義，還是以黨委書記的身份作報(bào)告，談思想，講形勢(shì)，顓孫均都有坦誠(chéng)相見之風(fēng)，而無(wú)盛氣凌人之勢(shì)。他精彩的學(xué)習(xí)輔導(dǎo)報(bào)告避免生硬、抽象的說教，融科學(xué)性、藝術(shù)性和思想性為一體，至今仍為許多老教授津津樂道。有些老先生誠(chéng)懇地說：“我接受馬克思主義，即自聽顓孫均的輔導(dǎo)報(bào)告始�！�

顓孫均卻自謙這些報(bào)告是“班門弄斧，大放厥詞”。他要求自己“學(xué)習(xí)到一個(gè)段落，總是請(qǐng)專家自談體會(huì)，作我的老師”。他后來深有感觸地說：“在這些年，與其說我教別人，不如說別人教我”。這種平等待人、亦教亦學(xué)的做法，使許多來自舊社會(huì)的學(xué)者教授如坐春風(fēng)，如沐春雨，自覺地加快了思想改造的步伐。1956年3月，南大校長(zhǎng)、心理學(xué)家潘菽，教務(wù)長(zhǎng)、化學(xué)家高濟(jì)宇，中文系主任、語(yǔ)言學(xué)家方光燾，外文系副主任、英文教授陳嘉，地質(zhì)系主任徐克勤、副主任張祖還、教授李學(xué)清等被批準(zhǔn)加入中國(guó)共產(chǎn)黨。顓孫均充分肯定七位高級(jí)知識(shí)分子政治上的進(jìn)步，鼓勵(lì)廣大中青年知識(shí)分子崇尚真理，“兼程并進(jìn)，跟上時(shí)代步伐”。他在一篇文章中欣喜地指出：“絕大多數(shù)同仁在傾向上已經(jīng)轉(zhuǎn)到馬克思列寧主義�！�

1956年8月初，顓孫均赴京出席了全國(guó)高校院校長(zhǎng)、教務(wù)長(zhǎng)座談會(huì)，在毛澤東《論十大關(guān)系》和中央關(guān)于“根據(jù)本國(guó)情況，走自己的道路”這一精神的啟發(fā)下，顓孫均夜不能寐，回顧他在大學(xué)工作的經(jīng)歷與長(zhǎng)期思考的問題，回校以后一口氣寫出近兩萬(wàn)字的長(zhǎng)文，題為《1956－1957學(xué)年應(yīng)該是完成教學(xué)改革的未了工作并展開創(chuàng)造性的建設(shè)工作的一個(gè)學(xué)年》。在這篇長(zhǎng)文中，顓孫均本著“在馬列主義思想指導(dǎo)下從實(shí)際出發(fā)的創(chuàng)造精神”，總結(jié)建國(guó)以來高校建設(shè)的成就與教訓(xùn)，認(rèn)為我國(guó)高等教育應(yīng)當(dāng)進(jìn)入“創(chuàng)造性的建設(shè)工作階段”。他大膽地針砭現(xiàn)實(shí)，瞻望未來，提出了許有富有創(chuàng)建的思想——

我們?cè)谪瀼亍皩W(xué)習(xí)蘇聯(lián)經(jīng)驗(yàn)、結(jié)合中國(guó)實(shí)際”的方針上是有教條主義和形式主義的現(xiàn)象的。我們沒有能夠以馬列主義的態(tài)度來對(duì)待蘇聯(lián)經(jīng)驗(yàn)，認(rèn)識(shí)到它的精神實(shí)質(zhì)，同時(shí)估計(jì)到它的與時(shí)俱變以及某些必不可免的缺陷……我們把蘇聯(lián)經(jīng)驗(yàn)絕對(duì)化了……如不糾正，我們就永遠(yuǎn)只能作機(jī)械的模仿，不能作創(chuàng)作性的學(xué)習(xí)。

舊有的半封建半殖民的高等教育，我們否定其反動(dòng)的指導(dǎo)思想、龐雜的院系制度、支離破碎的教學(xué)計(jì)劃和填鴨式的教學(xué)方式，是完全必要的……但在我們否定這些應(yīng)當(dāng)否定的東西的時(shí)候，卻沒有足夠注意：舊有的中國(guó)高等教育的某些經(jīng)驗(yàn)，特別是不少老教師所有的豐富的教學(xué)經(jīng)驗(yàn)，還是十分有用的，不惟不應(yīng)一概否定，而且應(yīng)在新的思想指導(dǎo)下，加以充分發(fā)揮。

資本主義國(guó)家的高等教育的某些具體經(jīng)驗(yàn)，也未嘗沒有長(zhǎng)處可供我們學(xué)習(xí)。某些優(yōu)良東西，在他們那里，并不改變他們的高等教育的資本主義本質(zhì)；吸收到我們這里，也不影響我們的高等教育的社會(huì)主義的本質(zhì)。社會(huì)主義的高等教育，在本質(zhì)上是全新的，但在具體內(nèi)容上，并不是和舊高等教育沒有聯(lián)系。

對(duì)解放區(qū)的革命干部教育，它的基本精神我們還應(yīng)當(dāng)發(fā)揚(yáng)，它的具體作法今天我們就不應(yīng)當(dāng)照樣采取。

面對(duì)著“缺乏創(chuàng)造精神”這樣一個(gè)嚴(yán)重問題，進(jìn)一步闡明我們的高等教育建設(shè)方針是很有必要了。

——在今后的高等教育建設(shè)中，我們?nèi)匀粦?yīng)當(dāng)虛心地學(xué)習(xí)蘇聯(lián)先進(jìn)經(jīng)驗(yàn)，但應(yīng)當(dāng)注意深入地學(xué)習(xí)，并結(jié)合中國(guó)實(shí)際、創(chuàng)造性地學(xué)習(xí)。道聽途說、生搬硬套的現(xiàn)象應(yīng)極力避免。

——應(yīng)當(dāng)學(xué)習(xí)人民民主國(guó)家的經(jīng)驗(yàn)并批判地吸收資本主義國(guó)家的經(jīng)驗(yàn)。我們需要多開幾個(gè)窗戶，多找一些借鑒，不要孤陋寡聞，封閉自己。

——應(yīng)該批判地繼承中國(guó)高等教育的有用經(jīng)驗(yàn)并發(fā)揚(yáng)中國(guó)革命干部教育的優(yōu)良傳統(tǒng)，在馬克思列寧主義思想和先進(jìn)教育理論指導(dǎo)下，從中國(guó)實(shí)際出發(fā)，來創(chuàng)造自己的經(jīng)驗(yàn)。

一句話，我們的高等教育，在性質(zhì)上和蘇聯(lián)的高等教育一樣，是社會(huì)主義的；但在許多方面，它應(yīng)當(dāng)是中國(guó)的，應(yīng)當(dāng)具有中國(guó)的特點(diǎn)。

在1956年，顓孫均已經(jīng)涉及了探索“具有中國(guó)特點(diǎn)”的社會(huì)主義高等教育建設(shè)道路這樣一個(gè)重大而嚴(yán)肅的課題。他的思考與探求，達(dá)到了同時(shí)代高教工作者所能達(dá)到的高度。

顓孫均晚年大部分時(shí)間是在醫(yī)院度過，1983年10月24日，因心臟病突然發(fā)作，逝世。