乾隆中，由翻譯生員補工部筆帖式，充軍機章京，擢理藩院主事。從征甘肅、臺灣、廓爾喀，累擢內閣學士，兼副都統(tǒng)。

嘉慶四年，授右翼總兵。五年，赴湖北剿教匪，為領隊大臣，數敗高天升、馬學禮於川、楚交界，授宜昌鎮(zhèn)總兵。又敗徐天德、茍文明等。六年，擢湖北提督，署總督。七年，敗樊人杰、曾芝秀等，予云騎尉世職。以病回京，歷左翼總兵，出為古北口提督。九年，授安徽巡撫，擒蒙城教匪余連。十年，調山東。十二年，擢陜甘總督，討平西寧叛番。十三年，坐在山東供應欽差侍郎廣興動用庫帑，褫職，戍伊犁。尋予藍翎侍衛(wèi)，充科布多參贊大臣。十六年，授河南巡撫。十八年，復授陜甘總督，剿擒南山匪首萬五等，晉騎都尉世職。

二十一年，予都統(tǒng)銜，充伊犁參贊大臣，命察治回匪圖爾邁善獄，劾罷將軍松筠，遂代之。二十二年，復授陜甘總督。道光元年，加太子少保，協辦大學士，留總督任。二年，署直隸總督。會青海野番滋事，命回陜甘，遣總兵穆爾泰、馬騰龍討平之，賜雙眼花翎，拜文華殿大學士，管理藩院事，召還京。尋以青海奏凱后，野番復渡河劫掠，奪雙眼花翎。三年，授軍機大臣，管理戶部三庫，充總諳達。四年，出為云貴總督。

五年，調陜甘，改授伊犁將軍。初，回疆自乾隆中戡定后，歲徵貢稅頗約。旋懲於烏什之亂，由辦事大臣縱肆激變，益慎選邊臣，回民賴以休息。久之，法漸弛，蒞其任者，往往苛索伯克，伯克又斂之回民。嘉慶末，參贊大臣斌靜尤淫虐，失眾心。張格爾者，回酋大和卓木博羅尼都之孫也。博羅尼都當乾隆中以叛誅，至是張格爾因眾怨糾安集延、布魯特寇邊。道光二年，逮治斌靜，代以永芹，亦未能撫馭。四年秋、五年夏兩次犯邊，領隊大臣巴彥圖敗績，遂益猖獗。

六年六月，張格爾大舉入卡，陷喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌、和闐四城，命陜甘總督楊遇春駐哈密，督兵進剿。詔授長齡揚威將軍，遇春及山東巡撫武隆阿為參贊，率諸軍討之。十月，師抵阿克蘇。時提督達凌阿等已敗賊渾巴什河，張格爾以眾三千踞柯爾坪，令提督楊芳襲破之。

上以元惡漏網，嚴詔詰責，限速捕獲。六月，遇春、芳率兵八千出塞窮追，遇春屯色勒庫，芳屯阿賴，諭各部落擒獻。浩罕遣諜誘官軍入伏，鏖戰(zhàn)幾殆，僅得出險。詔斥諸將老師糜餉，留兵八千，馀命遇春率兵入關，芳代為參贊。當大軍之出，密詔詢將軍、參贊：事平后，西四城可否仿土司分封。武隆阿亦以為言。上切責其請釋逆裔之謬，并革職留任，命 那彥成為欽差大臣，代長齡籌善后。張格爾傳食諸部落，日窮蹙。長齡等遣黑回誘之，率步騎五百，欲乘歲除襲喀城。芳嚴兵以待，賊覺而奔，追至喀爾鐵蓋山，擊斬殆盡。張格爾僅馀三十人，棄騎登山，副將胡超、都司段永福等擒之。

八年正月，捷聞，上大悅，錫封長齡二等威勇公，世襲罔替，賜寶石頂、四團龍補服、紫韁，授御前大臣。諸將封賞有差。五月，檻送張格爾於京師，上御午門受俘，磔於市。晉長齡太保，賜三眼花翎，圖形紫光閣。尋回京，命親王大臣迎勞，行抱見禮於勤政殿。授閱兵大臣，管理藩院及戶部三庫，正大光明殿賜凱宴，賜銀幣，授領侍衛(wèi)內大臣。恩禮優(yōu)渥，并用乾隆朝故事，時稱盛焉。

十年秋，浩罕以內地安集延被驅逐，貲產皆鈔沒，積怨憤，遂挾張格爾之兄玉素普及其黨博巴克等復入邊，圍喀什噶爾、英吉沙爾二城，且犯葉爾羌。復命長齡為揚威將軍，往督師。會 葉爾羌辦事大臣 璧昌連破賊，長齡令參贊哈哴阿、提督胡超分路進援喀、英二城，賊聞風解圍遁出塞。於是偕伊犁將軍玉麟合疏陳善后事，略曰：“此次入寇，與張格爾不同，不過烏合夷眾，挾驅逐鈔沒之憾，虜掠取償，無志於土地人民。各白回畏賊騷掠，助順守御，亦非上年甘心從逆之比。此時戰(zhàn)緩而守急。惟兵未至而賊已先逃，兵久駐而賊無一獲，戰(zhàn)守俱無長策。諸臣條奏增兵廣屯，以省徵調，言之似易，行之實難，即收效亦在數十年之后。若仿土司以西四城付阿奇木伯克，回性懦弱，非浩罕敵；茍無官兵守御，賊至必如入無人之境。臣等再四籌商，統(tǒng)兵之人宜立不敗之地，斯能制人而不為人制，惟有移參贊大臣於葉爾羌，其地本回疆都會，距喀什噶爾六站，在不遠不近之間。再移和闐領隊大臣備調遣�？κ哺翣柫魮Q防總兵一，與英吉沙爾領隊為犄角。巴爾楚克駐守總兵一，為樹窩子咽喉鎖鑰。六城相距均不過數百里。於西四城額兵六千之外，留伊犁騎兵三千，陜甘綠營兵四千，量分駐守，而以重兵隨參贊居中調度。新兵糧餉，請於各省綠營兵額內裁百分之二，歲省三十馀萬，以為回疆兵餉。俟屯田有效，即以回疆兵食守回疆，仍撤回內地餉額�！庇质枵堈忻耖_墾西四城閑地以供兵糈。又請?zhí)碓O同知二、巡檢五，由陜、甘選勤能之員任之。并下廷議，往復再三，罷設文員，減滿、漢兵二千五百名，新增餉需不過十萬兩，各城額徵糧科可敷供支，乃允行。以璧昌為參贊大臣，各城聽節(jié)制。其辦事、領隊各大臣，命長齡等保奏任用。

浩罕懼大軍出討，乞援俄羅斯，俄人拒之，乃遣頭人詣軍求通商。長齡責縛獻賊目，釋還兵民，來報原還俘虜，復乞免稅，并給還所沒貲財。上方欲示以寬大，且謂獻犯亦不足信，一切允之。浩罕喜過望，進表納貢通商如故，邊境乃安。

長齡駐回疆凡兩載，十二年，回京，晉太傅，管理兵部，調戶部，賜四開褉袍。十七年，以病乞休，上親視其疾，溫詔慰留。以八十壽，晉一等公爵。次年，卒，上震悼，親奠，賜金治喪，入祀賢良祠、伊犁名宦祠，謚文襄。十九年，命每次謁陵后，賜奠其墓。子桂輪，襲公爵，官至 烏里雅蘇臺、杭州將軍，謚恪慎。孫麟興，襲爵，亦官烏里雅蘇臺將軍。