9世紀以來，教皇總座是意大利貴族爭權(quán)多利的政治足球，常常有幾個背景各異的人明爭暗斗，有事甚至出現(xiàn)過二、三個人同時登上教皇寶座，又廢又立，熱鬧非凡，狄奧菲拉托在位10余年，爭奪教皇宗座斗爭激烈。1032年狄奧菲拉托的叔父教皇約翰十九死了，此時狄奧菲拉托年僅12歲。由于他父親出錢行賄，又得到托斯庫拉尼家族的允許，順利地被捧上教皇寶座。他生活在仕宦門第，沖小嬌生慣養(yǎng)，生性殘暴。有了權(quán)勢，更是荒淫無度，胡做非為。動輒以絕罰排斥異己，四面樹敵，激起羅馬人起義，他在1036年被迫短暫離開羅馬，并尋求康拉德二世的協(xié)助使他回到羅馬。1044年1月他又再度被趕出羅馬，并在一段時間被認為是敵對教皇。1045年羅馬人推選主教薩比納的約翰（？-1046.3.3在世）為教皇，稱西爾維斯特三世（1045年在位）。本尼狄克九世不服，糾集了一群流氓和亡命之徒在羅馬四郊為非作歹，并進攻城里教會，弄得天怒人怨。西爾維斯特三世不勝其擾，無力應付，在位二十日就表示還位本尼狄克九世。本尼狄克九世深知在羅馬十分不安全，將教皇之位以1500磅黃金的價格出售給他的叔父，教廷總司鐸格拉齊亞諾。1045年格拉齊亞諾登位后稱教皇格列高利六世。格列高利六世次年入主教廷，相對教廷工作進行一些改革。他邀請過去同他合作過的希爾布德蘭協(xié)助，希爾布德蘭擔任了教皇秘書和教廷司鐸。1046年本尼狄克九世和西爾維斯特三世都返回羅馬，并都宣稱自己是合法教皇，不承認格列高利六世。三個教皇同時出現(xiàn)在羅馬，史稱三教皇對立。他們要求皇帝亨利三世裁決。

1046年神圣羅馬帝國皇帝亨利三世召集宗教會議，宣布西爾維斯特冒充教皇而予以監(jiān)禁，廢黜本尼狄克九世，認定格列高利犯有購買神職罪，也予以廢黜。這次會議決定推選薩克森人主教班貝格的蘇伊德吉繼位為教皇，稱克雷芒二世。

1047年克雷芒卒，本尼狄克又出現(xiàn)于羅馬，重新登位。1048年托斯卡納的卜尼法斯奉亨利三世之命，將本尼狄克逐出羅馬，另立主教布里克森的波波為教皇，稱達馬蘇斯二世。

本尼狄克九世在教皇宗座時上時下，至1048年最后被逐，期間教皇冠冕先后戴在西爾維斯特三世、格列高利六世、克雷芒二世和達馬蘇斯二世頭上，這前后一個時期，教廷局勢動蕩，人事變動頻繁，教皇們自顧不暇，少有作為。但教廷內(nèi)部卻掀起一股自強之風，許多地方教會開始整頓紀律，建立了許多隱修院。