馬孝駿早年喪父，由母親撫養(yǎng)成人。1931年~1935年，就讀于南京中央大學(xué)藝術(shù)系小提琴專業(yè)，師從 馬思聰。1936年，赴法國巴黎留學(xué)，后獲音樂教育學(xué)博士學(xué)位。1947年，從法國回國，任中央大學(xué)教授。內(nèi)戰(zhàn)期間移居法國巴黎，1962年舉家移居美國。馬孝駿曾先后創(chuàng)立了紐約、巴黎、臺北的兒童管弦樂團。在臺灣期間，出任中國文化學(xué)院（現(xiàn)中國文化大學(xué)）音樂學(xué)系教授兼主任。

1991年，馬孝駿在美國去世，其妻為歌唱家 盧雅文，其子為大提琴 演奏家 馬友友。