1899年至中國游歷，著《燕山楚水》。1907年10月被聘為京都帝國大學文科大學講師，兩年后升為教授，講授東洋史。1909年11月從住北京的東京文求堂書店主人田中慶太郎、京師大學堂的羅振玉處，得到伯希和在北京展示敦煌寫本的消息和部分照片，立刻在大阪《朝日新聞》上連續(xù)發(fā)表《敦煌石室發(fā)現(xiàn)物》、《敦煌發(fā)掘的古書》，首次向日本學界介紹敦煌文書的發(fā)現(xiàn)及其價值。1910年8月又在《朝日新聞》上發(fā)表《西本愿寺的發(fā)掘物》，介紹大谷探險隊的收獲，并應邀參加大谷收集品的整理，編輯《西域考古圖譜》（1915）。在獲知中國官府已將藏經(jīng)洞所剩文書全部運抵北京后，與狩野直喜、小川琢治、富岡謙藏、濱田耕作奉京都帝國大學文科大學之命，于1910年8月至11月到北京調(diào)查敦煌文書。翌年寫出《清國派遣教授學術視察報告》，并將所獲資料展覽。1924年，率弟子石濱純太郎往巴黎、柏林等地收集資料，歸國后發(fā)表《歐洲所見東方學材料》。

日本東洋史學已獨立發(fā)展，不能等同于漢學或中國學，最早提倡者為那珂通世于高等中學的教師會上。而在各大學東洋史學科的成立中，首倡者那珂通世雖在東京大學，但東京大學東洋史學科的成立尚晚于京都大學。在京都大學東洋史學科三講座中，又因講座教授者受訓背景的差異，因而在京都大學形成兩種不同研究理念的學風。即以內(nèi)藤為首的“支那學派”，及以桑原騭藏為首的東京學風。表現(xiàn)在京都大學的兩種不同學風，實即日本東洋史研究觀點的縮影，亦即表現(xiàn)于京都大學內(nèi)的東洋史研究風尚，有“支那學派”與“東洋史學派”之分。兩派的中國史觀，分別是“東京學派”采極端否定中國的文化與文明，即以德國蘭克學派為史觀；而“支那學派”的中國史觀則是極為推崇中國文化，且與中國學者保持良好的往來關系，三田村泰助喻之為“內(nèi)藤學”，亦是所謂“京都學派”的主導奠基者。兩派主要的歧異，在于對中國考古文物的看法，東京學派以甲骨等考古文物為偽物，而內(nèi)藤等“支那學派”則視其可證之史實。但此種對立的中國史觀，并未影響兩派學者間的私誼。持此種對立史觀的學者，亦被后來的學者以對比的方式進行研究，如增淵龍夫的研究，即以內(nèi)藤虎次郎與津田左右吉為對比，研究成其大作。繼其后者，尚有五井直弘等人。兩大學派雖史觀不同，但都不可免的，參與了日本為侵略亞洲大陸所設立的研究事業(yè)�；蛞虼耍�被譏為為帝國主義者服務。又由青江舜二郎及竹田篤司二氏的回顧，可窺知當時京都大學的東洋史學科的聲望，更在東京大學之上。然此并非本文探討的重點所在，僅作為時代背景的了解，主要還是在探討內(nèi)藤史學研究方法，及其學術觀點。

內(nèi)藤的歷史發(fā)展觀中，影響較大的有“天運螺旋說”與“文化中心移動說”。前者，有喻之為“天運螺旋循環(huán)說”，亦有學者視為大勢論或時勢論，然其間應有些微的差異。內(nèi)藤此說的提出，即在反駁歐西學者的“中國文明停滯說”，即內(nèi)藤有中國“分久必合，合久必分”的史觀，但其認為歷史變遷雖是循環(huán)的，然其發(fā)展過程則是有差異的。此外，內(nèi)藤期望“天運螺旋循環(huán)說”的應用范圍需加以擴大，期達于真、善、美之境，如此可得有一大有作用的學理。另一歷史發(fā)展觀即是“文化中心移動說”，內(nèi)藤以文化中心的移動促成了統(tǒng)一大勢，即其文化中心的移動非相對的興衰，乃是文明的普及，即文化中心移到哪兒，文明即被帶到那兒。即文明所到之處，該地即得到開發(fā)，開發(fā)的成果當會使文化差異縮小，因此而帶來統(tǒng)一的氣運�；蛞虼朔N史觀，內(nèi)藤看中國五代的割據(jù)，不僅未妨害文化的發(fā)展，反而有助長文化的普及。又其“文化中心移動說”，早已應用在其第一本著作《近世文學史論》中，可知此一史學研究理論，與其學術研究相伴隨，可視為其史學研究通則之一。此外，即其在“文化中心移動說”的歷史觀中，表現(xiàn)其對邊陲文化的注目。因此，其以漢代的發(fā)展受秦、楚文化的影響。就內(nèi)藤所論，其實也是一種文化交流，而每一種文化交流必當匯流產(chǎn)生出自有的特色。因文化交流是締結人類文明的重要元素，筆者深信所有燦爛的文明都是經(jīng)此文化交流的過程而來。