科研成果先后獲國(guó)家科技進(jìn)步一、二、三等獎(jiǎng)及多項(xiàng)部級(jí)科技進(jìn)步獎(jiǎng)。為 霍英東教育基金會(huì)第五屆高等院校青年教師獎(jiǎng)（研究類(lèi)）獲得者，國(guó)家教委列為優(yōu)秀青年教師重點(diǎn)跟蹤支持對(duì)象，江蘇省"333人才工程"（第二層次）人選，江蘇省跨世紀(jì)學(xué)術(shù)帶頭人，教育部高校優(yōu)秀骨干教師、江蘇省有突出貢獻(xiàn)的中青年專(zhuān)家，國(guó)家首批“新世紀(jì)百千萬(wàn)人才工程”國(guó)家級(jí)人選。

2018年1月17日，政協(xié)江蘇省第十一屆委員會(huì)第20次常委會(huì)議通過(guò)，余伯陽(yáng)當(dāng)選中國(guó)人民政治協(xié)商會(huì)議江蘇省第十二屆委員會(huì)委員。

主要從事的研究有中藥復(fù)方的質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)與體內(nèi)過(guò)程研究、中藥活性成分的生物轉(zhuǎn)化、中藥資源化學(xué)、中藥新藥開(kāi)發(fā)等。其中對(duì)麥冬等類(lèi)中藥材的系統(tǒng)研究，有些成果經(jīng)國(guó)家級(jí)鑒定具國(guó)際先進(jìn)水平，被中國(guó)藥典委員會(huì)采納；基于此開(kāi)發(fā)了中藥二類(lèi)新藥汝可心寧。先后參與和主持了對(duì)生脈散等中藥復(fù)方的研究，在組方原理、不同給藥途徑相關(guān)性、體內(nèi)過(guò)程等研究中形成了自己的研究特色。提出了生物組合化學(xué)新概念和研究思路，進(jìn)行了青蒿素類(lèi)和延胡索生物堿等研究均取得突破性進(jìn)展。先后主持和承擔(dān)國(guó)家863、攻關(guān)、自然科學(xué)基金等國(guó)家及省部級(jí)科研課題30多項(xiàng)。主編或編著學(xué)術(shù)論著和教材6部；申請(qǐng)發(fā)明專(zhuān)利授權(quán)26項(xiàng)，其中授權(quán)9項(xiàng)；發(fā)表論文180多篇，其中SCI收錄40多篇。已培養(yǎng)博士36名，碩士生30名。