1938年回國，任第3戰(zhàn)區(qū)政治部少將副主任，上�！肚熬�日報》社社長兼總編輯。

1948年當選立法委員。1949年舉家遷往印尼，任國民黨駐印尼總支部負責人，創(chuàng)辦《中華商報》，任社長兼總編輯。

1964年被印尼政府拘捕并驅(qū)逐返臺。先后任國防研究院教授、中韓青年反共同盟會名譽會長，出席聯(lián)合國大會代表團顧問，中國廣播公司董事長，亞東關系協(xié)會理事兼駐日代表。

1985年2月任國民黨中央委員會秘書長。

1987年8月任中國電視公司董事長、三民主義統(tǒng)一中國大同盟主任委員。

1988年任國民黨大陸工作指導小組召集人。李登輝上臺后，1990年6月被聘為總統(tǒng)府資政，8月出任亞東關系協(xié)會理事長，10月被聘為國家統(tǒng)一委員會委員。

1996年5月被續(xù)聘為總統(tǒng)府資政。國民黨第九屆至第十二屆中央委員會委員。

1988年8月被聘為國民黨第十三屆中央評議委員。

1993年8月起被聘為國民黨第十四、十五屆中央評議委員會主席團主席，被稱為國民黨內(nèi)“八大老”之一。

2000年3月選舉中公開支持宋楚瑜，但未受到黨紀處分。聲稱“要以三民主義統(tǒng)一中國，u2018一國兩制u2019行不通”。一度認為“三通”不切實際，后又主張適當放寬對兩岸人員往來及通信的限制，贊同和談。2000年4月曾回大陸掃墓。

2001年1月11日，國民黨第十五屆中評委主席團第七次會議在臺北召開，馬樹禮強烈斥責前國民黨主席李登輝出賣百年老黨，而成為海內(nèi)外矚目的新聞人物。同年7月2日，國民黨邀集中評委舉行座談會，討論國民黨十六大政策綱領草案，現(xiàn)場對于前主席李登輝的作為，展開強烈的抨擊，馬樹禮等力主開除李登輝的國民黨黨籍。

2003年3月23日，國民黨大老馬樹禮抨擊李登輝《亞洲的智略》一書與"臺灣論"沆瀣一氣，都是一出仇視中華民族的鬧劇。

通曉英、日、馬來亞和印尼語。著有《菲律賓獨立運動》、《印尼獨立史》。并將蔣介石所著《反共抗俄基本論》譯成印尼文。煙酒不沾。無子女。因病于2006年7月19日在臺北逝世，享年98歲。