1918年，任耕三參加陜西靖國軍，任班長、排長職務(wù)。1920年冬起，入廣東韶關(guān)講武堂學習一年。后一直在胡景翼部隊任職。1925年春，任國民二軍第二師連長。1926年春，任耕三參加了反對直、奉軍閥的戰(zhàn)爭，曾協(xié)助團長許權(quán)中在獲嘉以少勝多殲滅土匪武裝兩個師。同年5月，旅長陳冠生投降直系軍閥吳佩孚后，任耕三協(xié)助許權(quán)中發(fā)動起義，在涿州、門頭溝一帶大敗直系軍，恢復國民軍建制。同年9月后，任耕三和許權(quán)中率部經(jīng)陜北南下，猛攻三原、高陵一線的直系軍閥劉鎮(zhèn)華部，援解西安之圍。國民聯(lián)軍駐陜總部成立后，任耕三做了大量有利于革命的工作。

大革命失敗后，任耕三在許權(quán)中旅任團長。遵照中共黨組織的指示，任耕三積極整訓部隊，協(xié)助恢復中共地方黨組織和農(nóng)民協(xié)會，建立赤衛(wèi)隊，開展反霸斗爭。1928年，任耕三參加了渭華起義。起義失敗后，返回家鄉(xiāng)寓居。曾應(yīng)鄧寶珊邀請入樊鐘秀部，參加反蔣（介石）軍事活動。1932年后，任耕三任楊虎城部劉文伯師特務(wù)營長、一團三營營長。曾對察哈爾民眾抗日同盟軍大力資助，積極聯(lián)系進步人士，支持和開展抗日救亡活動。1936年“西安事變”時，任陜西警備一旅第二團團長，擔負寶雞一線防務(wù)�？谷諔�(zhàn)爭爆發(fā)后，任耕三率部擔任潼關(guān)、風陵渡一線河防，曾多次擊退日軍進攻。1939年5月，他被國民黨政府以“西安事變之骨干、與中共有聯(lián)系”罪名免去職務(wù)。后曾任第二十七師通訊主任、十七師上校附員、三十八軍參議等閑職。任耕三不滿國民黨頑固派積極反共、消極抗日的政策，積極開展革命活動。1943年秋，任趙壽山第三十八軍千（陽）隴（縣）屯墾處處長。任耕三和許權(quán)中以生產(chǎn)名義組織兩個連的武裝，籌劃在千陽、眉縣地區(qū)建立革命根據(jù)地。同年12月9日，任耕三巡勘墾區(qū)返回途中，于眉縣東教坊谷道被埋伏此地的國民黨特務(wù)槍殺。1949年12月9日，中共西安市委和陜西省軍區(qū)分別在臨潼和西安為他和同時遇害的許權(quán)中舉行了隆重的追悼會，贊頌他們是“革命先驅(qū)，人民功臣”。