民國二十一年(1932)一月，部隊改編為西北反帝同盟軍，楊琪任大隊長。同年二月，部隊改編為中國工農(nóng)紅軍陜甘游擊隊，楊琪任騎兵隊副隊長。民國二十一年(1932)五月加入中國共產(chǎn)黨。民國一十二年(1933)十一月，陜甘邊區(qū)特委、陜甘邊區(qū)紅軍總指揮部在合水縣包冢寨子召開聯(lián)席會議，恢復紅四十二師，成立三路游擊隊總指揮部，將軍事后方移至南梁。楊琪任第二路游擊隊總指揮，率部轉(zhuǎn)戰(zhàn)陜甘，身經(jīng)數(shù)十戰(zhàn)，殲敵數(shù)百人。民國二十三年(1934)七月下旬，任紅四十二師第三團參謀長。1935年1月，任紅二十七軍八十四師師長，率師連戰(zhàn)連捷，使部隊發(fā)展到千余人，為陜北蘇維埃政府和十幾個縣的紅色政權(quán)先后成立創(chuàng)造了良好條件。1935年5月，中國工農(nóng)紅軍西北革命軍事委員會前敵總指揮部成立，劉志丹任總指揮，楊琪參與前敵總指揮部的領(lǐng)導工作，粉碎了國民黨軍對西北革命根據(jù)地發(fā)動的第二次“圍剿”，使陜北和陜甘邊區(qū)兩個蘇區(qū)連成一片。1936年2月，楊琪任紅二十八軍第三團團長，奉命率部東征。3月9日，在指揮紅三團攻占綏德縣岱王廟戰(zhàn)斗中犧牲，時年41歲。