1993年，劉健從南京藝術(shù)學(xué)院中國畫專業(yè)畢業(yè)。2001年，為馮小剛的喜劇電影《大腕》制作了一段3分鐘的動畫。2002年，為孟京輝的劇情電影《像雞毛一樣飛》制作動畫。2002年，與趙勤聯(lián)手出版圖文書《勇往直前》，該作品惡搞般地虛構(gòu)出小人物劉百萬和趙富貴，用過去、現(xiàn)在和未來幾個篇章，展現(xiàn)兩個小人物被“金錢夢”裹挾。

2005年，擔(dān)任系列電視動畫片《蟲蟲》的導(dǎo)演和編劇。2007年，創(chuàng)立“樂無邊”動畫工作室。2008年，在Asia Graph2008國際會議上演講主題《中國動畫的新世代-劉健導(dǎo)演描寫的現(xiàn)代中國社會》；同年，擔(dān)任第12屆荷蘭國際動畫電影節(jié)評委。

2010年，執(zhí)導(dǎo)個人首部動畫電影《刺痛我》，該片創(chuàng)作歷時3年，劉健集導(dǎo)演、編劇、原畫、動畫等工作于一身，用Wacom手繪板制作完成，該片講述兩個沒有工作的大學(xué)畢業(yè)生，為了改善生活而企圖綁架一個超市老板的故事，影片獲得西班牙國際動畫電影節(jié)最佳動畫電影獎、里斯本國際動畫電影節(jié)最佳動畫電影獎等獎項。

2011年，執(zhí)導(dǎo)動畫短片《魯迅 魯迅》；同年，執(zhí)導(dǎo)動畫短片《混沌&秩序》。2012年，擔(dān)任戰(zhàn)爭電影《走過雪山草地》的制作人，該片由楊俊勇、羅憶楠合作主演；同年，擔(dān)任喜劇電影《就是鬧著玩的》的制作人。2013年，擔(dān)任劇情電影《老劉的婚路歷程》的攝影師，該片由余紀(jì)執(zhí)導(dǎo)。

2017年，自編自導(dǎo)由朱昌龍、馬曉峰、曹寇參與配音的動畫電影《大世界》，該片是他耗時3年時間獨立完成的動畫長篇電影，講述了工地司機小張因搶劫巨款，被各路心懷鬼胎的人馬追逐而引發(fā)的一連串荒誕故事，影片入圍第67屆柏林國際電影節(jié)主競賽單元，這是中國動畫長片第一次入圍三大國際電影節(jié)主競賽單元；同年，《大世界》入圍第54屆臺灣電影金馬獎最佳動畫長片獎、最佳原著劇本獎。

2018年，擔(dān)任電影《花木蘭傳奇》的制作人，該片由徐克執(zhí)導(dǎo)。2019年，執(zhí)導(dǎo)動畫電影《良渚》；同年，執(zhí)導(dǎo)動畫電影《上大學(xué)》。

劉健有一個兒子大樂。

在繪畫風(fēng)格上，劉健電影中的人物大多面貌丑陋，有大大的鼻孔和深邃的法令紋，看上去有些猙獰和猥瑣，還有畫面背景中隨處可見的“辦證、某某房地產(chǎn)”等日常生活中鄙俗的廣告。從日漫的審美來看可能是丑的，但這種獨特的真實感，劉健認為是美的。相比一些好萊塢或者日本的制作動畫，劉健的片子里很多時候甚至都沒有“動”，常常是一個人物的近景，說話時只有嘴部在動，畫面的其它部分都是靜止的。有時甚至只能從人物手中香煙冒出的一縷細雨提醒觀眾，這不是一幅靜態(tài)的圖片。除了可能受限于資金和人力等客觀條件，劉健更喜歡從風(fēng)格上做自己的解釋，他并不希望自己的動畫僅僅停留在夸張、漫畫式的表達方式上，而是希望能夠通過更“高級”的方式，使電影在相對沉睡的氛圍中“爆發(fā)”。哪怕是一個沒有人物的空鏡頭，劉健也會通過場景的色調(diào)、顏色深淺、場景道具“參與敘事”（中國新聞周刊評）。