朱祐少年喪父，隨母親回到復(fù)陽(yáng)縣（今河北省故城縣西。當(dāng)時(shí)屬清河郡）外祖父劉氏家中居住，經(jīng)常往來(lái)于舂陵之間，所以他與劉演、劉秀兄弟自小便相識(shí)，還曾和劉秀兄弟一起在長(zhǎng)安求學(xué)，在劉氏兄弟起兵前，就建立了深厚的感情。

王莽末年，天下大亂，綠林軍、赤眉軍相繼起義，劉演、劉秀兄弟也起兵于舂陵（今湖北棗陽(yáng)），號(hào)稱“舂陵兵”，朱祐也參加了劉氏兄弟舂陵起兵的行動(dòng)。劉演被更始帝劉玄任命為大司徒之后，劉演任命朱祐為他的護(hù)軍，此后朱祐以護(hù)軍的身份一直跟隨在劉演左右。劉演被劉玄殺害之后，朱祐只身一個(gè)人跑去找劉秀報(bào)信，此后便一直留在劉秀身邊。

公元23年（更始元年），劉玄遣劉秀行大司馬事北渡黃河，鎮(zhèn)慰河北州郡。朱祐又被劉秀任命為所部護(hù)軍，從此朱祐與劉秀一起開(kāi)始了平定河北的征戰(zhàn)。

劉秀對(duì)朱祐非常關(guān)愛(ài)信任，經(jīng)常見(jiàn)面商談，同吃同住。當(dāng)時(shí)漢軍的主要作戰(zhàn)對(duì)象是割據(jù)河北的王郎，朱佑在與王郎軍的交戰(zhàn)中非常賣力，常力戰(zhàn)陷陣，屢立軍功，劉秀就拜朱祐為偏將軍，封安陽(yáng)侯。

劉秀消滅王郎之后，河北的數(shù)十支農(nóng)民軍，成為劉秀占據(jù)河北的主要障礙。劉秀向農(nóng)民軍發(fā)動(dòng)了一系列的進(jìn)攻，朱祐隨劉秀參加了這些軍事行動(dòng)。在消滅農(nóng)民軍主力之后，劉秀率軍回薊，命令朱祐與耿弇、吳漢、景丹、蓋延、邳彤、耿純、劉植、岑彭、祭遵、王霸、堅(jiān)鐔、馬武、陳俊十三將軍繼續(xù)追擊農(nóng)民軍殘部，朱祐諸將在潞東、平谷，連續(xù)重創(chuàng)敵軍，斬首一萬(wàn)三千余級(jí)，最后一直追到右北平郡的無(wú)終縣（今河北薊縣）、土垠縣（今河北豐潤(rùn)東）、俊靡（今河北遵化西北），將農(nóng)民軍殘部消滅得干干凈凈。

平定河北之后，公元25年（建武元年），劉秀即皇帝位，拜朱祜為建義大將軍。大將軍者，可節(jié)制數(shù)路將軍，可見(jiàn)劉秀對(duì)將才一般的朱佑相當(dāng)器重。

為了奪取中原重鎮(zhèn)洛陽(yáng)，公元25年（建武元年）七月，劉秀派吳漢為大司馬，統(tǒng)率朱佑、劉植、堅(jiān)鐔、岑彭、王梁、萬(wàn)脩、賈復(fù)、侯進(jìn)、馮異、祭遵、王霸等十一員將領(lǐng)圍攻洛陽(yáng)。

當(dāng)時(shí)鎮(zhèn)守洛陽(yáng)的是更始皇帝劉玄的大司馬朱鮪，朱鮪曾參殺劉演的事件，因此固守不降。漢軍久攻不下，正苦于無(wú)法破城之時(shí)，洛陽(yáng)防守東城門的將領(lǐng)決定投降，私下里與堅(jiān)鐔達(dá)成協(xié)議，于次日清晨打開(kāi)上東門。堅(jiān)鐔馬上向朱祐報(bào)告，次日清晨，城門一開(kāi)，朱祐與堅(jiān)鐔乘機(jī)率軍而入，與聞?dòng)嵹s來(lái)的朱鮪部隊(duì)在武庫(kù)相遇，雙方大戰(zhàn)，殺傷很多，直到早餐時(shí)終因不能擊破敵軍，撤兵回營(yíng)。堅(jiān)鐔、朱祐雖然沒(méi)有攻破洛陽(yáng)，但朱鮪對(duì)部隊(duì)的忠誠(chéng)產(chǎn)生了懷疑，失去了死戰(zhàn)的決心，隨后劉秀又派岑彭勸降，朱鮪最終投降。

定都洛陽(yáng)之后，公元26年（建武二年）春，劉秀第二次大封功臣，更封朱祐為堵陽(yáng)侯。

公元26年（建武二年）春，殘余的五校農(nóng)民軍與檀鄉(xiāng)農(nóng)民軍合兵進(jìn)擾魏郡（郡治鄴城，今河北臨漳西南鄴鎮(zhèn)東）、清河郡（郡治清陽(yáng)，今河北清河?xùn)|南）。在劉秀的命令下，大司空王梁、建義大將軍朱祐、執(zhí)金吾賈復(fù)、偏將軍王霸、杜茂、揚(yáng)化將軍堅(jiān)鐔、騎都尉劉隆、馬武、陰識(shí)等九將軍隨大司馬吳漢去清剿。漢軍與農(nóng)民軍大戰(zhàn)于鄴東漳水之上，農(nóng)民軍戰(zhàn)敗，被斬首、投降的有10余萬(wàn)人。

為了鞏固洛陽(yáng)，剿滅洛陽(yáng)西、南一帶的流民軍，公元26年（建武二年）春，劉秀命令朱祐與王常、景丹、朱祐、祭遵、王梁、臧宮一起統(tǒng)領(lǐng)大軍南出箕關(guān)（中國(guó)古代太行八陘之一——軹關(guān)陘上一處著名關(guān)隘），向南進(jìn)軍，去清剿盤踞在洛陽(yáng)西南地區(qū)的弘農(nóng)、厭新、柏華、蠻中等流民武裝，經(jīng)過(guò)一年的苦戰(zhàn)，平定了這些地方。

公元26年（建武二年）秋，建義大將軍朱祐與景丹、吳漢、建威大將軍耿弇、執(zhí)金吾賈復(fù)、偏將軍馮異、強(qiáng)弩將軍陳俊、左曹王常、騎都尉臧宮等擊破五校軍于羛陽(yáng)，迫降其眾五萬(wàn)人。

朱祐等人一路順利，可這時(shí)后方南陽(yáng)卻先后發(fā)生了董訢、鄧奉叛亂，公元26年（建武二年）十一月中旬，劉秀任命廷尉岑彭為征南大將軍、南征大軍主將，又令建義大將軍朱祐、執(zhí)金吾賈復(fù)、建威大將軍耿弇、武威將軍郭守、越騎將軍劉宏、偏將軍劉嘉、耿植等人為副將，率領(lǐng)漢軍數(shù)萬(wàn)，南下討伐鄧、董。這一次，朱祐遭遇了自己軍事生涯的滑鐵盧，他率部在淯陽(yáng)（今河南省新野縣東北）與鄧奉交戰(zhàn)時(shí)，兵敗被俘。朱祐和鄧奉及他的叔叔鄧晨（劉秀的姐夫）早年就相識(shí)，又一同隨劉氏兄弟起兵，因此鄧奉沒(méi)殺朱祐。

公元27年（建武三年）夏天，劉秀御駕親征去增援前期南下的漢軍，鄧奉見(jiàn)漢軍勢(shì)力大，決定投降，于是他就請(qǐng)朱祐請(qǐng)出來(lái)，由朱祐押著他一起來(lái)到劉秀大營(yíng)中請(qǐng)罪。

劉秀赦免了朱祐被俘之罪，并且以勸降鄧奉有功為由，恢復(fù)了朱祐所有的官職、爵位。并繼續(xù)派他領(lǐng)兵作戰(zhàn)，朱祐先后帶兵攻占了新野、隨縣。

為了消滅割據(jù)荊襄一帶楚黎王秦豐，公元27年（建武三年），劉秀派遣岑彭、傅俊、臧宮、劉宏率軍南征，但漢軍進(jìn)攻受阻，遲遲不能突破敵軍防線，六月末，劉秀又令朱祐為主將，祭遵為副將，率領(lǐng)第二撥漢軍南下，朱祐見(jiàn)了岑彭，兩人作了分工。朱祐負(fù)責(zé)北線，對(duì)付延岑、張成。岑彭負(fù)責(zé)南線，對(duì)付秦豐、蔡宏。

分工之后，朱祐率領(lǐng)征虜將軍祭遵與延岑大戰(zhàn)于東陽(yáng)，大破延岑，臨陣斬了秦豐的大將張成，延岑率軍敗走，去投秦豐。這一仗朱祐繳獲的印綬就有九十七件。

隨后朱祐揮軍進(jìn)攻黃郵城（今河南新野東），黃郵城守軍望風(fēng)而降，聽(tīng)到南線捷報(bào)頻傳，劉秀非常高興，賞賜朱祐黃金三十斤。

朱祐、岑彭會(huì)師合圍秦豐的都城黎丘（今湖北宜城西北）之后，劉秀下令岑彭、傅俊率軍南下，轉(zhuǎn)攻盤踞在夷陵（今湖北宜昌東南）的田戎。圍攻黎丘的任務(wù)，交給了建義大將軍朱祐，又命破奸將軍侯進(jìn)、輔威將軍耿植率領(lǐng)本部漢軍協(xié)助朱祐圍困霍丘。朱祐接手圍困的任務(wù)之后，揮軍擊破蔡陽(yáng)，擒殺了秦豐的守將張康，打掉了秦豐最后的支援。

為了盡早結(jié)束戰(zhàn)斗，劉秀親自到黎丘，派御史中丞李由為使者持璽書(shū)來(lái)到城下招降，秦豐卻仍然不降，還口出惡言，劉秀大怒，回京之前告訴朱祐，一旦拿下黎丘，立即誅殺秦豐及其三族，無(wú)需押解回洛陽(yáng)治罪！

經(jīng)過(guò)長(zhǎng)期圍困，秦豐糧盡，朱祐乘機(jī)猛攻，公元29年（建武五年）六月，秦豐終于撐不下住了，只好領(lǐng)他的母親妻子九人肉袒出城投降。按照劉秀的旨意安排，對(duì)負(fù)隅頑抗的秦豐應(yīng)該就地處決，并滅其三族。然而朱祐心地善良，不忍這百口無(wú)辜這就樣被殺，只是將秦豐及家屬收監(jiān)，然后用檻車送往洛陽(yáng)報(bào)捷。

朱祐違旨的事情被吳漢知道了，吳漢上奏劉秀，彈劾朱祐廢詔接受投降，違反了將帥的使命。但劉秀只是下令將秦豐處斬，并沒(méi)有怪罪朱祐。而是下令將朱祐調(diào)回洛陽(yáng)。朱祐返回后，與騎都尉臧宮聯(lián)合圍剿被延岑余黨所盤踞的陰縣、酂城、筑陽(yáng)三座縣城，全部將其掃平。

東漢初年，因?yàn)殚L(zhǎng)期戰(zhàn)爭(zhēng)，力量比較薄弱。使東漢政府對(duì)匈奴無(wú)法在戰(zhàn)略上采取積極反攻的行動(dòng)，只能采取消極防御的方針和策略。

公元33年（建武九年）春天，驃騎大將軍杜茂與雁門太守郭涼出兵討伐依附匈奴的盧芳，因?yàn)樾倥�騎兵萬(wàn)余人前來(lái)救援，杜茂大敗，被迫率軍退入樓煩城（今山西省婁煩縣境內(nèi)）。劉秀得報(bào)，急調(diào)大司馬吳漢、橫野大將軍王常率領(lǐng)部分漢軍主力從關(guān)中就地北上，又令建義大將軍朱祐、破奸將軍侯進(jìn)、討虜將軍王霸三人率部從洛陽(yáng)北進(jìn)，星夜馳援樓煩。漢軍集結(jié)完畢之后，公元33年（建武九年）六月中，大司馬吳漢親率朱祐、王常、侯進(jìn)、王霸等四將，總計(jì)大軍五萬(wàn)余人，與盧芳的部將賈覽、閔堪在高柳展開(kāi)了決戰(zhàn)。盧芳急向匈奴請(qǐng)?jiān)�，匈奴騎兵來(lái)增援，又下起了大雨，漢軍再次大敗，損失慘重，吳漢南歸洛陽(yáng)。留朱祐屯常山郡，王常屯涿郡，侯進(jìn)屯漁陽(yáng)郡　。王霸屯上谷郡。此后朱祐屯兵于常山郡的南行唐一帶（今河北行唐縣南橋鄉(xiāng)故郡村），以防備匈奴和盧芳。

公元37年（建武十三年），光武帝劉秀增加他的封邑，受封鬲侯，食邑七千三百戶。

公元39年（建武十五年），朱祐主動(dòng)上交大將軍印綬，并留在京師。同時(shí)朱祐上奏：自古以來(lái)，大臣受封賞都沒(méi)有加王的稱號(hào)有，所以可以把諸王的王爵改為公爵。又上奏：應(yīng)該把三公（大司馬、大司徒、大司空）的官職都被去掉了“大”字，以合法理。這些建議都被劉秀采納。

辭官之后，劉秀顧念舊情，多次賞賜朱祐。公元48年（建武二十四年），閑居十年的朱祐在家中去世。

朱祐和劉演、劉秀是從小一起穿玩巴長(zhǎng)大的玩伴，后來(lái)三人同在長(zhǎng)安求學(xué)，所以往來(lái)很密切。有次劉秀生了病，卻沒(méi)錢買入藥的蜂蜜，朱祐知道后，立刻掏錢買來(lái)蜂蜜入藥。劉秀稱帝之后，有一次回憶起這些往事，就賜給朱祐一石白蜜，還問(wèn)朱祐說(shuō)：“這蜜跟咱們?cè)陂L(zhǎng)安時(shí)一起買的蜜相比怎么樣啊？”君臣親厚到如此地步。

不過(guò)朱祐有件事讓劉秀很“耿耿于懷”，朱祐剛到長(zhǎng)安求學(xué)的時(shí)候，劉秀有一次去找他，等了他半天，可他第一件事竟然不是接待劉秀，而是先去經(jīng)堂上課。多年以后，做了皇帝的劉秀有一次到朱祐的家里來(lái)看望朱祐。朱祐不敢怠慢皇帝，站在門前迎駕，劉秀還開(kāi)玩笑地問(wèn)朱祐：“主人不會(huì)再丟下我去上課了吧？”

朱祐為人忠厚耿直，說(shuō)話直來(lái)直去，在加上和劉秀關(guān)系密切，經(jīng)常說(shuō)出大家想說(shuō)而不敢說(shuō)的話。因此劉秀也多次訓(xùn)斥朱祐要戒口。光武剛出河北時(shí)，大家坐在路邊休息，這時(shí)朱祐看看身邊都是自己人，就忍不住發(fā)幾句牢騷，大罵更始，并有勸劉秀反更始自立的意思，劉秀聽(tīng)了很生氣，又怕人多耳雜，拿起劍假裝要?dú)⒅斓v。

劉秀破王郎后，朱祐利用一同吃飯的機(jī)會(huì)勸劉秀自立，他對(duì)劉秀說(shuō)：“長(zhǎng)安一片混亂，主公有日角之相，這是天命啊�！眲⑿阏諛觼�(lái)老一套，要召刺奸（漢代軍中的執(zhí)法官）將朱祐收押。

平定河北后，朱祐多次勸劉秀稱帝，每一次都遭到劉秀的訓(xùn)斥，然而二人之間的關(guān)系卻越來(lái)越親密。正是劉秀將他當(dāng)作兄弟一樣才屢次訓(xùn)斥他，而對(duì)其他勸進(jìn)的將領(lǐng)口氣要緩和多了。

《后漢書(shū)》：“祐為人質(zhì)直，尚儒學(xué)。將兵率眾，多受降，以克定城邑為本，不存首級(jí)之功。又禁制士卒不得虜掠百姓，軍人樂(lè)放縱，多以此怨之�！�

談遷：“朱佑、劉隆、劉植，或稱汗馬之勞，或展運(yùn)籌之功。所建不同，而其效力于王國(guó)者，要皆為社稷之翼衛(wèi)者也�！�

兒子：朱商，繼承爵位。

孫子：朱演，朱商之子。公元102年（永元十四年），朱演因?yàn)樾植畢⑴c了外孫女陰皇后巫蠱事件所牽連，被免為庶人。

曾孫：朱沖，朱演之子。公元113年（永初七年），鄧綏太后續(xù)封朱沖為鬲侯。

據(jù)說(shuō)朱祐死后葬在封地鬲域（今德州東南三十里），傳聞德平東南三十里（商河縣懷仁鎮(zhèn)與張場(chǎng)鄉(xiāng)之間）的古鬲城以北有朱佑墓。

漢明帝永平年間，明帝追憶當(dāng)年隨其父皇打下東漢江山的功臣宿將，命繪二十八位功臣的畫(huà)像于洛陽(yáng)南宮的云臺(tái)，朱祐名列第八位。

《后漢書(shū)》、《東觀漢記》有傳。

《太平御覽》、《資治通鑒》均有事跡記載。

在《東漢演義》等通俗小說(shuō)及民間流傳的評(píng)書(shū)、評(píng)話等民間曲藝之中，朱祐被寫成朱佑，字天常，是二十八星宿之中的斗木獬。

他手使一對(duì)凹面金裝锏，武藝高強(qiáng)。他參加武科場(chǎng)比武，為十八魁之一，被封為右衛(wèi)將軍，劉秀起兵之后，朱佑在穎陽(yáng)歸降劉秀，從此隨劉秀征戰(zhàn)四方，平定天下，被封為蓋侯。

在中國(guó)大陸電視劇《秀麗江山之長(zhǎng)歌行》中辛新飾演的朱祐。