抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)，慕耕向往革命，積極參加進(jìn)步刊物《戰(zhàn)時(shí)生活》組稿、發(fā)行工作。旋經(jīng)武漢八路軍辦事處，轉(zhuǎn)赴延安，參加抗日軍政大學(xué)第三期學(xué)習(xí)，并加入中國共產(chǎn)黨。

1938年春，慕耕奉命回浙江，入浙西前線“戰(zhàn)地服務(wù)隊(duì)”，任組織干事。隨后任臨安縣山川鄉(xiāng)抗日游擊隊(duì)第二中隊(duì)長，與中共浙西特委組織部長彭林取得聯(lián)系，秘密建立“中華民族解放先鋒隊(duì)”，發(fā)展黨員，建立支部。

1942年夏，日本侵略軍發(fā)動浙贛路戰(zhàn)役。慕耕根據(jù)中共浙江省委關(guān)于“獨(dú)立自主地組織武裝斗爭”的指示，聯(lián)絡(luò)原國民黨“一區(qū)抗日自衛(wèi)總隊(duì)”，在永康組建“浙江省第四區(qū)保安總隊(duì)”，任總隊(duì)附兼第二大隊(duì)長。后“總隊(duì)”改編為“義烏縣抗日自衛(wèi)獨(dú)立大隊(duì)”。1944年3月，慕耕率義烏獨(dú)立大隊(duì)300多人起義，與新四軍浙東游擊縱隊(duì)金蕭支隊(duì)會合，改編為金蕭支隊(duì)獨(dú)立大隊(duì)，任大隊(duì)政治教導(dǎo)員。次年春，獨(dú)立大隊(duì)充實(shí)浙東主力，慕耕任浙東縱隊(duì)第三支隊(duì)第二大隊(duì)大隊(duì)長。1945年9月，奉命率部隨浙東主力北撤。所部在蘇北漣水編為新四軍一縱三旅八團(tuán)二營，慕耕任營長。次年秋，慕耕升任新四軍一縱三旅九團(tuán)參謀長。12月，為粉碎蔣介石對蘇北、魯南解放區(qū)的進(jìn)攻，慕耕率領(lǐng)兩營戰(zhàn)士挺進(jìn)敵后，猛插曹家集以西地區(qū)，殲敵一個(gè)工兵營又一個(gè)騎兵營大部，擊潰一個(gè)炮兵連，突入國民黨軍整編十一師指揮所附近。終因孤軍深入，遭到國民黨部隊(duì)重兵包圍，傷亡慘重，慕耕亦中彈犧牲。