抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)，慕耕向往革命，積極參加進步刊物《戰(zhàn)時生活》組稿、發(fā)行工作。旋經(jīng)武漢八路軍辦事處，轉赴延安，參加抗日軍政大學第三期學習，并加入中國共產(chǎn)黨。

1938年春，慕耕奉命回浙江，入浙西前線“戰(zhàn)地服務隊”，任組織干事。隨后任臨安縣山川鄉(xiāng)抗日游擊隊第二中隊長，與中共浙西特委組織部長彭林取得聯(lián)系，秘密建立“中華民族解放先鋒隊”，發(fā)展黨員，建立支部。

1942年夏，日本侵略軍發(fā)動浙贛路戰(zhàn)役。慕耕根據(jù)中共浙江省委關于“獨立自主地組織武裝斗爭”的指示，聯(lián)絡原國民黨“一區(qū)抗日自衛(wèi)總隊”，在永康組建“浙江省第四區(qū)保安總隊”，任總隊附兼第二大隊長。后“總隊”改編為“義烏縣抗日自衛(wèi)獨立大隊”。1944年3月，慕耕率義烏獨立大隊300多人起義，與新四軍浙東游擊縱隊金蕭支隊會合，改編為金蕭支隊獨立大隊，任大隊政治教導員。次年春，獨立大隊充實浙東主力，慕耕任浙東縱隊第三支隊第二大隊大隊長。1945年9月，奉命率部隨浙東主力北撤。所部在蘇北漣水編為新四軍一縱三旅八團二營，慕耕任營長。次年秋，慕耕升任新四軍一縱三旅九團參謀長。12月，為粉碎蔣介石對蘇北、魯南解放區(qū)的進攻，慕耕率領兩營戰(zhàn)士挺進敵后，猛插曹家集以西地區(qū)，殲敵一個工兵營又一個騎兵營大部，擊潰一個炮兵連，突入國民黨軍整編十一師指揮所附近。終因孤軍深入，遭到國民黨部隊重兵包圍，傷亡慘重，慕耕亦中彈犧牲。