平安時代末期到鐮倉時代初期的甲斐國武將，他是甲斐源氏的同族加賀美遠光的次子，是信濃守護小笠原氏和弓馬術禮法小笠原流的開山祖先。

小笠原長清出生于甲斐國巨摩郡小笠原鄉(xiāng)，他的父親加賀美遠光曾任高倉天皇的侍衛(wèi)，小笠原長清原名為加賀美長清，在成人禮時被高倉天皇賜姓為小笠原。

源賴朝舉兵反抗平氏之時，當時年僅19歲的小笠原長清和哥哥秋山光朝一起在京都平知盛部下當差。得知源賴朝起兵的消息后，小笠原長清以母親生病為借口，申請返回甲斐老家，等小笠原長清一回到家，立刻就背叛了平氏，投向源賴朝一方。小笠原長清在治承.壽永之亂中立下戰(zhàn)功，和父親加賀美遠光一起被任命為信濃守。小笠原長清在26時以鐮倉御家人的身份出仕源賴朝，奠定了小笠原氏族往后發(fā)展的基礎。小笠原長清與海野幸氏、望月重隆、武田信光一起被稱為“弓馬四天王”。

源賴朝死后，小笠原長清的兒子小笠原經(jīng)長擔任第二代鐮倉將軍源賴家的近侍，在建仁3年（1203年）9月的比企能員之變中受到牽連被處分。小笠原家族的也受到了此事件的波及，但小笠原長清的妹妹大二局與三代將軍源實朝有著養(yǎng)育關系，因此最終小笠原家族在鐮倉的地位才得以維持。小笠原長清的嫡子伴野時長在鐮倉幕府四代將軍藤原賴經(jīng)從京都下鐮倉的時候被任命為將軍的親隨。

承久3年（1221年）6月承久之亂之時，小笠原長清被幕府方面任命為東山道大將軍進攻京都并立下功勞。同年7月京都方面的公卿源有雅在甲斐國山梨郡稻積莊小瀨村被處死。同年小笠原長清被任命為阿波國守護。

仁治3年（1242年）7月15日小笠原長清81歲時在信濃病死。