莊銘耀亦擔任過駐日代表、國家安全會議秘書長及亞東關系協(xié)會會長。莊銘耀于1948年進入位于青島的海軍軍官學校，1952年畢業(yè)于左營。先后擔任中榮艦航海員，并參加東山島戰(zhàn)役，率領第一舟波登陸成功。之后留學日本學習魚雷。返臺后，續(xù)任海軍修械所工程師。其后歷任聯(lián)智艦、中權艦、太昭艦及洛陽艦艦長、海軍第二軍區(qū)作戰(zhàn)組長、臺灣防務部門作戰(zhàn)參謀次長室上校副處長、海軍新訓中心上校指揮官、臺北勤務處少將處長、海軍一四二艦隊少將艦隊長、臺灣防務部門情報參謀次長室少將助理次長、海軍總部人事署少將署長、海軍艦訓部中將指揮官、海軍總部中將參謀長、海軍中將副總司令，臺灣防務部門上將副部長等職務。

1991年7月1日晉任海軍二級上將，成為第二位臺灣出身的海軍上將，亦是繼鄒洪、陳守山、郭宗清之后第四位臺籍上將，海軍總司令1991.05.01─1994.04.16 并于同年5月1日成為首任臺籍海軍總司令，至1994年4月16日卸任。其后轉任臺灣當局領導人辦公室戰(zhàn)略顧問。1996年5月30日，李登輝批準由莊銘耀出任駐日代表。2000年陳水扁當選總統(tǒng)后延攬其擔任國家安全會議秘書長。后因肝疾日篤，免除國安會職務，于2001年9月接替林金莖擔任亞東關系協(xié)會會長。2002年1月6日因肝癌末期導致肝衰竭，于當日上午8時14分病逝于臺北榮民總醫(yī)院。