收藏有如宋本《東觀余論》、明刻本《王文成公全書》等。王羲之《蘭亭序》帖二百種，又名“二百蘭亭齋”。

編撰有《二罍軒所藏經(jīng)籍》一冊，錄其所收稿本、書畫、字帖。今美國國會圖書館藏明隆慶間刻本《王文成公全書》有其藏書印。著《兩罍軒彝器圖釋》12卷、《二百蘭亭齋金石記》、《古官印考》6卷、《考印漫存》9卷、《虢季子盤考》、《漢建安弩機考》、《華山碑考》各1卷、《焦山志》16卷等。

輯《二百蘭亭齋古銅印存》十二冊十二卷，婺源戴行之、嘉興汪嵐坡主其事。吳氏自序，何紹基題簽，收錄印數(shù)計一千零五方。

吳氏于同治三年《二百蘭亭齋古印考藏》自序云：「余幼嗜金石文字，及長聞見稍廣，搜羅益力，三代彝器而外所得秦漢魏晉古印千余紐，輯有《二百蘭亭齋古銅印存》十二卷，官私并列，未系考醳，歐陽公所謂足吾所好而已�！�

光緒二年《二百蘭亭齋古銅印存自序》云：「是年（同治三年）婺源戴行之、嘉興汪嵐坡同寓余齋，二君皆善鐵筆，謂官印篆文優(yōu)絀互見，終不逮私印之工，欲為治印津梁，莫若官私并存，庶足以資師法。余韙其言，即屬二君任其事，分次十二卷成《古銅印存》二十部。」

藏書印有“二罍軒”、“二百蘭亭齋鑒藏”、“延陵平齋鑒藏經(jīng)籍金石書畫之章”、“吳云平齋曾讀過”、“金石壽世之居”、“吳云字少青號平齋晚號退廬”、“吳云平齋”、“平齋藏書之印”、“歸安吳氏二百蘭亭齋鑒藏圖書”“吳云平齋曾讀過”、“延陵平齋鑒藏經(jīng)籍金石書畫之章”、“吳云字少青號平齋晚號退樓”、“金石壽世之居”等。

吳昌碩曾訪其蘇州寓所，觀賞吳云珍藏。

同治年間，寓居上�？h城內(nèi)四牌樓，以賣書畫治印為生。 俞樾《春在堂隨筆》載：“同治八年夏四月，范湖居士 周閑，退樓主人吳云重刻板橋潤例于滬上。此后范湖、退樓書畫潤筆，皆準(zhǔn)板橋所定，即以此貼仿單，不復(fù)增減�！�

光緒四年，任預(yù)畫《吳平齋合家歡圖》。