崇禎十一年（崇德三年，1638年），清兵毀長城沖入內(nèi)地殺掠時(shí)，蹂躪昌平。苗君稷舉家罹難，鄉(xiāng)園被洗劫，父母遭殘害，他只身被擄掠到盛京（沈陽）。當(dāng)皇太極發(fā)現(xiàn)其才能，曾“數(shù)欲官之”，苗君稷卻予以明確拒絕：“謝不就”。以“一介之士皭然自守，雖餌以祿秩，怵以威執(zhí)，而不為之動(dòng)”。甘愿摒棄一切違背心志的寵榮而遁入玄門，乃“自請為道士”，從此便身著黃冠，成為沈陽三官廟道士。他拒絕與清廷合作，表現(xiàn)了堅(jiān)定的氣節(jié)和強(qiáng)烈的民族意識。當(dāng)清兵入關(guān)，“需才甚亟”，大力招引文才之際，苗君稷仍 “優(yōu)游不仕，借名黃老，閉戶著書于長松白石之間”。一如既往，堅(jiān)持節(jié)操，矢志不渝。抱定了終生不為清統(tǒng)治者效力的宗旨。

但他并非對清朝、對清統(tǒng)治者持永久不變的排斥態(tài)度，而當(dāng)時(shí)遷勢異，即持續(xù)了半個(gè)世紀(jì)的天翻地覆般的明清戰(zhàn)爭結(jié)束，以武力奪取天下的清朝，面對社會(huì)各階層猛烈反抗暴政的形勢，采取了順應(yīng)措施而調(diào)整政策，以致社會(huì)逐漸趨于安定。盡管他心中有永遠(yuǎn)抹不掉因清兵肆虐所造成的悲哀與傷痛，但卻敢于直面這個(gè)現(xiàn)實(shí)。

康熙十九年（1680年）出版，現(xiàn)仍流傳于世的他的坦吐胸臆的兩卷本詩集《焦冥集》（又名《知白齋集》），共收詩篇四百三十八首，其寫作時(shí)間跨度達(dá)三十年，充分記錄了他在這一期間的心路歷程。