出身于地主家庭。1927年入高小讀書(shū)，后考入開(kāi)封省立第一中學(xué)。1932年初中畢業(yè)后，考入福中煤礦私立焦作中學(xué)高中部。被選為焦作中學(xué)學(xué)生自治會(huì)主席。因常聽(tīng)國(guó)文教員李耀先（李常青，系中共焦作中心縣委書(shū)記）講授抗日救國(guó)道理，受影響頗大。不久，與焦作工學(xué)院學(xué)生張濱黃、陳荻羅等成立讀書(shū)會(huì)。1934年秋加入共青團(tuán)。同年10月，因中共焦作黨組織遭到破壞，遂于11月離開(kāi)焦作去北平，與先期到達(dá)的李耀先接上聯(lián)系。1935年夏，余士珍進(jìn)入華北學(xué)院求學(xué)。“一二·九”學(xué)生運(yùn)動(dòng)爆發(fā)時(shí)，他參加了北平學(xué)生反日愛(ài)國(guó)游行；16日，他與北平愛(ài)國(guó)學(xué)生再次參加游行示威。

1936年4月10日，余士珍任共青團(tuán)北平市委書(shū)記。同年5月轉(zhuǎn)為中共黨員，任中共北平市委組織干事、市委大學(xué)部書(shū)記，與市委書(shū)記李雪峰單線(xiàn)聯(lián)系。1937年1月被捕。7月28日，他耐心說(shuō)服一位看守，將他扮成獄卒放出監(jiān)獄。出獄后，被李耀先介紹到山東。中共山東省委派他前往接收原河北津南特委和山東魯北樂(lè)陵中心縣委所轄11個(gè)縣的組織關(guān)系。9月，任魯北特委書(shū)記。10月，改任冀魯邊工委書(shū)記。日軍占領(lǐng)冀魯邊地區(qū)后，他根據(jù)上級(jí)指示，先后在鹽山、慶云、無(wú)棣、寧津、滄縣、南皮、東光、樂(lè)陵等縣成立抗日救國(guó)會(huì)，聯(lián)合廣大愛(ài)國(guó)人士參加抗日。11月，任“華北人民抗日救國(guó)軍”政治部副主任。當(dāng)日軍調(diào)偽滿(mǎn)洲國(guó)自治聯(lián)軍第一師劉佩臣部千余人準(zhǔn)備進(jìn)攻救國(guó)軍時(shí)，他主動(dòng)率部襲擊偽軍劉佩臣師。

1938年1月，救國(guó)軍攻克鹽山縣城，殲滅日軍30余人、偽自治軍400余人。繼而連克無(wú)棣、樂(lè)陵、慶云縣城，隊(duì)伍發(fā)展到2000余人，建立了樂(lè)陵、慶云、南皮3縣抗日民主政府。2月，日軍又調(diào)動(dòng)偽自治軍劉庭芳部千余人向救國(guó)軍進(jìn)攻。戰(zhàn)斗持續(xù)7晝夜，在地方愛(ài)國(guó)武裝配合下，終于取得勝利。戰(zhàn)斗中，余士珍因一干部手槍走火負(fù)傷，于5月逝世。