出身于地主家庭。1927年入高小讀書，后考入開封省立第一中學(xué)。1932年初中畢業(yè)后，考入福中煤礦私立焦作中學(xué)高中部。被選為焦作中學(xué)學(xué)生自治會主席。因常聽國文教員李耀先（李常青，系中共焦作中心縣委書記）講授抗日救國道理，受影響頗大。不久，與焦作工學(xué)院學(xué)生張濱黃、陳荻羅等成立讀書會。1934年秋加入共青團(tuán)。同年10月，因中共焦作黨組織遭到破壞，遂于11月離開焦作去北平，與先期到達(dá)的李耀先接上聯(lián)系。1935年夏，余士珍進(jìn)入華北學(xué)院求學(xué)�！耙欢�·九”學(xué)生運(yùn)動爆發(fā)時，他參加了北平學(xué)生反日愛國游行；16日，他與北平愛國學(xué)生再次參加游行示威。

1936年4月10日，余士珍任共青團(tuán)北平市委書記。同年5月轉(zhuǎn)為中共黨員，任中共北平市委組織干事、市委大學(xué)部書記，與市委書記李雪峰單線聯(lián)系。1937年1月被捕。7月28日，他耐心說服一位看守，將他扮成獄卒放出監(jiān)獄。出獄后，被李耀先介紹到山東。中共山東省委派他前往接收原河北津南特委和山東魯北樂陵中心縣委所轄11個縣的組織關(guān)系。9月，任魯北特委書記。10月，改任冀魯邊工委書記。日軍占領(lǐng)冀魯邊地區(qū)后，他根據(jù)上級指示，先后在鹽山、慶云、無棣、寧津、滄縣、南皮、東光、樂陵等縣成立抗日救國會，聯(lián)合廣大愛國人士參加抗日。11月，任“華北人民抗日救國軍”政治部副主任。當(dāng)日軍調(diào)偽滿洲國自治聯(lián)軍第一師劉佩臣部千余人準(zhǔn)備進(jìn)攻救國軍時，他主動率部襲擊偽軍劉佩臣師。

1938年1月，救國軍攻克鹽山縣城，殲滅日軍30余人、偽自治軍400余人。繼而連克無棣、樂陵、慶云縣城，隊伍發(fā)展到2000余人，建立了樂陵、慶云、南皮3縣抗日民主政府。2月，日軍又調(diào)動偽自治軍劉庭芳部千余人向救國軍進(jìn)攻。戰(zhàn)斗持續(xù)7晝夜，在地方愛國武裝配合下，終于取得勝利。戰(zhàn)斗中，余士珍因一干部手槍走火負(fù)傷，于5月逝世。