1887年，清廷考官汪柳門到廣東主考，設(shè)“醫(yī)學(xué)經(jīng)古”一科取士。孔沛然欣然應(yīng)考，得考官垂青，遂名聞于世。以后，他又入博濟醫(yī)院所辦的南華醫(yī)學(xué)堂學(xué)習(xí)，得學(xué)士學(xué)位。后還入兩粵醫(yī)學(xué)校就讀至畢業(yè)。

孔沛然于清末民初設(shè)醫(yī)館于廣州豪賢路榨粉街61號。1912年間，曾受廣東陸軍速成學(xué)堂之聘，任軍醫(yī)長兼醫(yī)學(xué)教習(xí)，主講生理學(xué)及急救法。

1938年移居香港，在梨園街開設(shè)醫(yī)館。1945年6月8日病逝于香港。

孔沛然診癥雖以中醫(yī)藥為主，但提倡中西醫(yī)結(jié)合、洋為中用，不僅運用中醫(yī)的望、聞、問、切傳統(tǒng)診法，還運用西醫(yī)的視、觸、扣、聽等診法，取長補短，故可稱中西醫(yī)結(jié)合先驅(qū)之

孔沛然用藥以少而精見長。他一般開處方只有三四味藥，每味藥量只二三錢，一劑藥僅有幾錢至一兩余，但卻甚有療效，故有“孔小劑”之稱，與名醫(yī)陳伯壇（“陳大劑”）同時揚名于省港澳。

孔沛然與陳伯壇一樣也很喜歡用《傷寒論》和《金匱》的古方，但其獨到之處在于精簡古方和減少劑量，這與其“小劑”之名是一致的。比如對患產(chǎn)后發(fā)熱面赤的病人，他就開減味竹葉湯（竹葉七塊，生黨參一錢，減去金匱原方，葛桔，桂姜棗，草，附八味）令患者一服而愈。他對先便后血的病人，開給黃土湯去草，也是一服痊愈。以上兩例不只是精簡原方藥味，也減少了分劑大概80%�？着嫒坏挠^點是“小劑可以療病。何必用大劑？藥能殺病菌，亦殺細胞。藥能攻邪，亦傷正氣。故用藥之量，當(dāng)適可而止。過量即難免有害病人之體質(zhì)矣。”“是藥三分毒”，孔沛然行醫(yī)一直銘記于心，因此他開的藥方每味藥僅用二、三錢，甚至數(shù)分，一劑總量往往不到一兩，其用藥量為傳統(tǒng)用藥的20%，且不喜歡用名貴藥材。

孔沛然認為：藥能殺病菌，亦會殺細胞；藥能攻病邪，亦會傷正氣。故他用藥以輕靈巧取、切中病邪、適可而止為宗旨，亦成一大學(xué)派。

孔沛然因其“小劑”藥方，更受貧苦大眾歡迎�？着嫒坏膶O子孔憲儀回憶說，爺爺為人很隨和，他行醫(yī)不是為錢，在廣州豪賢路榨粉街61號開醫(yī)館時，常常為周邊的群眾贈醫(yī)送藥，每天還為10個人免費診治。正是因為行醫(yī)不求財?shù)木壒�，他的后輩基本上都沒有跟他學(xué)醫(yī)。此外，因為孔沛然用藥便宜量又少，不少藥材鋪都不太喜歡為他的藥方抓藥。

“孔小劑”成名源于1891年在廣州流行的瘟疫。活用《傷寒論》的孔沛然，用加減普濟消毒飲（連翹、薄荷、馬勃、牛子、荊芥、姜蠶、元參、艮花、板蘭根、桔梗、甘草、葦莖）救濟，結(jié)果救活了數(shù)千人。于是他的聲名大噪，就診者也越來越多。究其根源，孔沛然援用的是《傷寒論》中的瘟病條辨之方劑。那些有患暑溫憎寒壯熱咽喉不利、口渴舌燥未至面腫的人，也開用這個藥方，亦都痊愈。

孔沛然的醫(yī)術(shù)負有盛名，從他的子孫收藏的病人送來的牌匾可見一斑。民國二十二年（1933年）10月1日，一名患兒的父親歐陽駒送來一塊致謝的牌匾，上面寫著歐陽駒的兒子從民國二十年（1931年）夏天開始患痙攣癥，兩年多在滬、港等地看了多位中西醫(yī)都是時好時壞，經(jīng)朋友介紹向孔沛然求醫(yī)�？着嫒辉\斷為肝氣不足，僅服其開的藥方10天，愈后兩個多月都沒有復(fù)發(fā)。文中歐陽駒盛贊孔沛然中西醫(yī)結(jié)合治病之道。也有好友送來的恭頌牌匾，稱孔沛然為“儒術(shù)宗醫(yī)”。