1942年生于頓河羅斯托夫州一個(gè)工人家庭。

1963年哈爾科夫空軍飛行員學(xué)校，畢業(yè)后歷任飛行員和飛行中隊(duì)長(zhǎng)。在喀爾巴阡軍區(qū)任飛行指揮員，1969年畢業(yè)于位于莫尼諾的加加林空軍學(xué)院，任駐德集群空軍編隊(duì)大隊(duì)長(zhǎng)，1975年任喀爾巴阡軍區(qū)主管空軍的副司令，1984年畢業(yè)于總參軍事學(xué)院。1985年起任敖德薩軍區(qū)副司令，1987年起任駐德集群主管空軍的副司令，1988任駐德集群空軍司令， 蘇聯(lián)空軍第一副司令。

1990年7月任蘇聯(lián)國(guó)防部副部長(zhǎng)兼空軍總司令。

1991年八一九事變發(fā)生之后，公開(kāi)聲明退出蘇共，加入葉利欽集團(tuán)。葉利欽認(rèn)為，蘇聯(lián)國(guó)防部部長(zhǎng)應(yīng)由空軍總司令沙波什尼科夫擔(dān)任。于是沙波什尼科夫8月23日起任國(guó)防部長(zhǎng)，軍銜晉升為空軍元帥。同年底，在蘇聯(lián)解體并成立獨(dú)立國(guó)家聯(lián)合體時(shí)，任獨(dú)立國(guó)家聯(lián)合體武裝力量臨時(shí)總司令。

1991年12月25日晚，戈?duì)柊蛦谭虬选昂税粹o”通過(guò)“獨(dú)聯(lián)體”武裝力量臨時(shí)總司令沙波什尼科夫交給了俄羅斯總統(tǒng)葉利欽。

1992年2月任總司令。因與俄羅斯國(guó)防部長(zhǎng)帕維爾·謝爾蓋耶維奇·格拉喬夫發(fā)生矛盾。

1993年6月任國(guó)家安全委員會(huì)秘書(shū)長(zhǎng)，9月暫時(shí)退休。10月進(jìn)入俄羅斯第一次杜馬選舉時(shí)成為候選人。

1994年1年起任俄羅斯武裝力量進(jìn)出口國(guó)有企業(yè)總經(jīng)理，1995年11月之后領(lǐng)導(dǎo)蘇聯(lián)民用航空總局。

1997年進(jìn)入俄羅斯宇航和航空促進(jìn)會(huì)任主席。國(guó)有資產(chǎn)處理和社會(huì)改革委員會(huì)委員，因?yàn)閷?duì)民用航空領(lǐng)域的貢獻(xiàn)而榮獲國(guó)際航空理事會(huì)"金鷹"獎(jiǎng)?wù)�。已婚，�?個(gè)孩子，業(yè)余喜歡看哲學(xué)書(shū)。自稱(chēng)是最有文化的元帥，據(jù)說(shuō)還很幽默。

2020年12月，葉夫根尼·沙波什尼科夫因感染新冠病毒在莫斯科逝世，享年78歲。沙波什尼科夫的葬禮將在梅季希聯(lián)邦軍人紀(jì)念公墓舉行。