1942年生于頓河羅斯托夫州一個工人家庭。

1963年哈爾科夫空軍飛行員學校，畢業(yè)后歷任飛行員和飛行中隊長。在喀爾巴阡軍區(qū)任飛行指揮員，1969年畢業(yè)于位于莫尼諾的加加林空軍學院，任駐德集群空軍編隊大隊長，1975年任喀爾巴阡軍區(qū)主管空軍的副司令，1984年畢業(yè)于總參軍事學院。1985年起任敖德薩軍區(qū)副司令，1987年起任駐德集群主管空軍的副司令，1988任駐德集群空軍司令， 蘇聯(lián)空軍第一副司令。

1990年7月任蘇聯(lián)國防部副部長兼空軍總司令。

1991年八一九事變發(fā)生之后，公開聲明退出蘇共，加入葉利欽集團。葉利欽認為，蘇聯(lián)國防部部長應由空軍總司令沙波什尼科夫擔任。于是沙波什尼科夫8月23日起任國防部長，軍銜晉升為空軍元帥。同年底，在蘇聯(lián)解體并成立獨立國家聯(lián)合體時，任獨立國家聯(lián)合體武裝力量臨時總司令。

1991年12月25日晚，戈爾巴喬夫把“核按鈕”通過“獨聯(lián)體”武裝力量臨時總司令沙波什尼科夫交給了俄羅斯總統(tǒng)葉利欽。

1992年2月任總司令。因與俄羅斯國防部長帕維爾·謝爾蓋耶維奇·格拉喬夫發(fā)生矛盾。

1993年6月任國家安全委員會秘書長，9月暫時退休。10月進入俄羅斯第一次杜馬選舉時成為候選人。

1994年1年起任俄羅斯武裝力量進出口國有企業(yè)總經理，1995年11月之后領導蘇聯(lián)民用航空總局。

1997年進入俄羅斯宇航和航空促進會任主席。國有資產處理和社會改革委員會委員，因為對民用航空領域的貢獻而榮獲國際航空理事會"金鷹"獎章。已婚，有3個孩子，業(yè)余喜歡看哲學書。自稱是最有文化的元帥，據(jù)說還很幽默。

2020年12月，葉夫根尼·沙波什尼科夫因感染新冠病毒在莫斯科逝世，享年78歲。沙波什尼科夫的葬禮將在梅季希聯(lián)邦軍人紀念公墓舉行。