時建昌多盜，因軍士包庇，盜賊無所顧忌。士元查辦庇盜軍士，再行禁盜，不久，城廓內(nèi)外路不拾遺。他還大興教化，建新學宮，藏書萬卷及禮樂器，并擴建射圃。假日時，他親臨督課，學風大振。后逢饑荒，謝士元發(fā)粟救荒。粟盡后又自捐俸祿，倡富民捐獻，富紳紛紛開倉賣米，共度荒年。任滿，因民眾請求，朝廷以從三品俸祿讓其留任。后因回鄉(xiāng)守孝去職。守孝期滿任廣信(今江西省)知府，調(diào)四川左參政，分守川東。時有建始民眾，因爭財產(chǎn)，相互械斗，訴訟不斷。謝士元將首惡治罪，土人懼而紛爭息。后升任右布政使。弘治元年(1488)，士元升任右副都御史，巡撫四川。時四川個別土官煽動叛亂，士元親臨招撫，土官服其膽識，獻羊豬表示臣服。后逢饑荒，大量流民入境，士元給流民安排住處，病者給藥，救活數(shù)萬人，為死者收尸埋葬。后因受誣下獄，事白后辭官回鄉(xiāng)。