臺灣林爽文為亂，芝元率屯練降番佐軍。參贊海蘭察等分攻大埔林、中林、大埔尾三莊，芝元為策應(yīng)。賊據(jù)小半天山，將軍福康安等自前山進(jìn)，芝元與領(lǐng)隊(duì)大臣普爾普領(lǐng)兵別為一隊(duì)，夜半先發(fā)，繞大山夾攻賊后。黎明，諸軍同抵山麓，攀援上，賊力拒，芝元先登，拔其柵，斬獲無算，并堵賊去路。未幾，爽文就擒。臺灣平，擢建昌鎮(zhèn)總兵，圖形紫光閣，列前二十功臣。尋調(diào)松潘鎮(zhèn)總兵。

　　廓爾喀掠西藏濟(jì)嚨、聶拉木，上命芝元率屯練降番往討之。芝元至，值大雪，山谷皆滿。芝元手大刀指揮，士卒皆感激用命，賊敗走。廓爾喀再叛，芝元偕提督成德督兵攻聶拉木，守拍甲嶺隘口斷賊援，聶拉木遂下；乘勝攻濟(jì)嚨，復(fù)克之，賊懼，乞降。未幾，卒。五十八年，論平定廓爾喀功，再圖形紫光閣，列后十五功臣。

　　芝元少以小校事宋元俊，后乃雪元俊枉。人以是多芝元，亦益賢元俊能知人也。