林梅自幼聰穎，在縣儒學為庠生時就才學出眾，深受監(jiān)司的賞識。正德十一年(1516年)中式 舉人，此后連續(xù)四科會試俱未中式，困躓科場。

嘉靖八年(1529年)，林梅登已丑科進士，逢父親逝世，回家守制。翌年，服喪一整年，應知縣周仲的聘請，主纂《漳浦縣志》。經過7個月，完成“收歷代之散亡，舉曠世之遺典”的第一部《漳浦縣志》。全書行文簡潔流暢，章法有序，條理分明。

嘉靖十年(1531年)秋，林梅守制3年滿，奉召進京，授戶部貴州司主事，分管黃土等處倉場。他辦事勤謹，嚴于守法，戶部倉場尚書 李廷相對他十分賞識。不久，林梅奉召到九江督辦關稅，對來往裝載的船只收稅，謂之“船料”。林梅到任后，對納稅的船只作實際勘察，嚴究行賄、受賄行為，對中官的勒索堅決抵制，革除宿弊，所收關稅全部歸公。林梅嚴格履行職責，督促屬員及時對糧船進行驗收、放行，杜絕對船戶求索，做到船無壓幫或漂凍，糧運及時，深受漕司贊許。翌年，調任廣西慶遠府同知，不久，他的母親逝世，又回家守制3年。制滿，補江西南安府同知。數月后，擢為南京戶部員外郎，隨即升為南京禮部郎中。不久便因心力交瘁，卒于任上，遺物只有萬卷圖書和幾件舊衣服，沒有錢財，同僚們贊嘆他的清廉。他處事慎重，文風嚴謹，為文尚質，不求浮華，對史學造詣極深。

嘉靖十年(1531年)撰《重辟傅公河記》；嘉靖二十二年(1523年)為烏石林氏撰《重修浯江族譜序》。林梅的著作還有詩文集《 愚谷稿》。