清順治時(shí)，莊廷鑨私修《明史輯略》，吳炎、潘檉章等人參與其中，吳炎曾表示“尤可恨者，東南鯫生輩，以傳奇小說(shuō)之伎倆，自詡董狐，或竊得故人枕秘，從而敷衍。成其立言之旨，不過(guò)為目前一二有力之人雪謗地，不憚丑詆故君，移易日月以遷就之，縱能昧心，獨(dú)不畏鬼曮乎？”（吳炎，《今樂(lè)府序》）。吳炎博采國(guó)史家傳及諸縣志，編成紀(jì)十、書(shū)五、表十、世家三十，列傳六十有奇。

順治十八年（1661年）為歸安知縣吳之榮告發(fā)，鰲拜責(zé)令刑部滿(mǎn)官羅多等到湖州徹查。這時(shí)廷鑨已死，被掘墓刨棺，梟首碎骨。案發(fā)後，吳炎、潘檉章等于清康熙二年（1663）二月被捕關(guān)入杭州虎林軍營(yíng)內(nèi)，受盡酷刑。審訊時(shí)吳炎破口大罵官員，“官不能堪，至拳踢仆地。潘子以有母故，不罵亦不辯。”吳、潘兩人在獄中談笑風(fēng)生，吟詩(shī)酬唱。此事?tīng)窟B甚廣，康熙二年（1663）吳炎、潘檉章等被凌遲處死于杭州弼教坊，遺稿被焚。

陳去病《吳節(jié)士赤民傳》記：以康熙二年癸卯五月二十六日，與桱章同磔於杭州之弼教坊。先夕，先生知不免，謂其弟曰：“吾輩罹極刑，血肉狼籍，豈能辨識(shí)？汝第視兩股有火字者，即吾屍也。”聞?wù)弑�之。顧炎武在山西汾�?yáng)聞知慘事，悲憤萬(wàn)狀，作《書(shū)潘吳二子事》及《祭吳潘二節(jié)士詩(shī)》，詩(shī)句有“一代文章亡左馬，千秋仁義在吳潘”。紐琇有《弼教坊》詩(shī)悼吳、潘。著有《今樂(lè)府》、《松陵文獻(xiàn)》、《國(guó)史考異》、《韭溪集》等。陳去病輯有《吳赤溟先生遺集》一卷。