楊肇基自幼有材力且勇武過人，成年后由武舉襲指揮，歷任征東平西防倭三鎮(zhèn)總兵，提任沂州衛(wèi)正指揮，經(jīng)屢次提升，任大同總兵。天啟二年，徐鴻儒組織的白蓮教反山東，連陷巨野、鄆城、汶上、費(fèi)縣、滕縣，眾至數(shù)萬，朝庭著令楊肇基率大軍迎敵，楊肇基須發(fā)皆白，仍是精神抖擻，率大軍剿滅了反賊，立下大功。崇禎初年，因功加官錦衣衛(wèi)千戶，授五花封誥，左都督、大將軍、正一品，軍中病故后追贈為太傅太師，謚號“武襄”，葬今臨沂市蘭山區(qū)廟上村東娘娘廟。

天啟2年（1622年），山東巨野人徐鴻儒組織白蓮教聚眾造反，連克嶧縣、滕縣、鄒縣、鄆城，兵圍曲阜、兗州。官軍無計(jì)可施，連連潰敗，只有游擊將軍張榜身先士卒，所在部隊(duì)英勇殺敵，浴血奮戰(zhàn)，攻入鄒縣城內(nèi)，和叛軍展開肉搏，在內(nèi)無糧草，外無援兵的情況下全軍覆沒。時(shí)任山東監(jiān)軍徐從治深知楊肇基實(shí)為難得將才，急報(bào)撫院奏明皇帝，封楊肇基為山東總兵官，掛印征戰(zhàn)。經(jīng)過十余天的刻苦訓(xùn)練，軍威大振。楊肇基為防止敵兵攻沂州，派副總兵王秉衡守沂州西門，副將軍韋祚興守沂州北門，千總顏曾守沂州東門，百戶密訓(xùn)守沂州南門，自己則帶著兒子御蔭、御蕃，以及副將周世錫（楊肇基的女婿）、虞有光等將領(lǐng)，與河南增援部隊(duì)徐定國部一千余人，廣東都司何成龍部兩千余人出城殺敵，結(jié)果大獲全勝，并驅(qū)兵收復(fù)了郯城、臺兒莊、嶧縣、費(fèi)縣、平邑等地。徐鴻儒非常害怕，退守鄒縣、滕縣、兗州一帶。明朝官兵乘勝追擊，兵分二路，一路由山東巡撫趙彥、都司楊國棟、副將廖棟領(lǐng)兵佯攻鄒縣，另一路由山東總兵官楊肇基帶領(lǐng)御蔭、御蕃以及副將周世錫、虞有光等一舉攻克兗州、二轄店、紀(jì)王城，歷二十余戰(zhàn)后，僅剩鄒縣這座孤城負(fù)隅頑抗，并發(fā)誓：官軍若攻城，則屠戮城中百姓。在這種特殊情況下，楊肇基親臨前線了解當(dāng)前所面臨的實(shí)際問題，對城中百姓和叛亂分子區(qū)別開來，進(jìn)行宣傳，分兵瓦解，并對主動投降的叛亂分子免予處罰，這些積極政策的實(shí)施起了決定性的作用，最后徐鴻儒率眾投降。

楊肇基因平叛有功晉都督僉事加右都督，接替沈有容，守登州萊州。月余，調(diào)任延綏（今榆林市）總兵，兼欽差大臣，備兵防倭征東總兵。天啟六年（1626年）三月二十二日，因功加左都督宮保大將軍。時(shí)年臘月，甘肅河套人旗牌臺吉侵占蘭州，又派兵攻延綏。楊肇基和副總兵賀虎臣，設(shè)妙計(jì)，命士卒四門緊閉，堅(jiān)守不出，旗牌臺吉看到心中大為高興，大明官兵不過如此，驕兵之心油然而生，敵人經(jīng)過幾天進(jìn)攻，身心疲憊，時(shí)至元旦之夜，總兵楊肇基看到機(jī)會成熟，遂讓士卒打開城門，和副總兵賀虎臣兵分兩路，兩面夾擊，殺傷敵數(shù)千人，狠狠的打擊了敵人的有生力量，虜酋方知明朝官兵的厲害，撤兵遠(yuǎn)走，從此不敢南下騷擾邊境，蘭州城得以收復(fù)。

天啟七年（1627年）正月十日，因收復(fù)蘭州有功，加楊肇基太子太保銜，欽差總督陜西三邊軍務(wù)，兼管糧餉。同年七月十四日，奉旨加太子少傅，欽差巡撫延綏等處，地方巡撫朱同蒙和陜西總督王之彩，把楊肇基的戰(zhàn)績上報(bào)朝廷，于七月二十六日加太子太師，巡撫陜西。監(jiān)察御史莊謙勘查楊肇基歷年戰(zhàn)功，于十一月十二日上報(bào)朝廷，遂加封太子太保。

崇禎二年（1629年），奴酋皇太極領(lǐng)大兵打明朝京師，一路勢不可擋，崇禎皇帝大驚，下旨天下兵馬進(jìn)京保衛(wèi)，時(shí)楊基在家休養(yǎng)，信使來到沂州楊府說明情況，楊肇基大怒，即領(lǐng)平日訓(xùn)練有素的家丁三百余人日夜兼程，衣不卸甲，突出重圍，直抵京城，時(shí)四門戒嚴(yán)，無隙可入，對駐城官兵說明：我乃沂州人左都督太子太保楊肇基。這天守城的正是沂州人御史中丞宋鳴梧，聽到守城士兵的報(bào)告非常高興。他素知楊肇基的忠勇和為人，欲開城門讓楊肇基入城，時(shí)有內(nèi)閣大臣周延儒等人多疑心，宋鳴梧據(jù)理力爭，以身家性命做擔(dān)保，城上用竹籃把楊肇基吊入城中。崇禎帝連夜立即召見，君臣一夜無眠，談?wù)摿嗽S多國家面臨的危機(jī)和解決方法，崇禎皇帝大為高興，對文武大臣說道：此乃真將軍也！遂賜宴承天門，并賜莽衣玉帶，黃金五百兩，晉爵太傅，上封祖四代右柱國、光祿大夫。崇禎皇帝對楊肇基的封賜，引起內(nèi)閣大臣周延儒心中強(qiáng)烈的不滿。同年十二月投靠奴酋皇太極的大漢奸范文程設(shè)計(jì)用崇禎之手殺死了愛國將領(lǐng)袁崇煥，其部將祖大壽領(lǐng)兵投降了清兵，皇太極看到時(shí)機(jī)成熟命代善濟(jì)爾哈朗攻德勝門。明大將侯世祿逃跑，武經(jīng)略滿桂所率部隊(duì)傷亡慘重，崇禎皇帝即命楊肇基率部迎敵，城下官兵四面還擊。

兵法云：虛虛實(shí)實(shí)，強(qiáng)攻不如智取。況敵強(qiáng)我弱，遂擺八掛陣之一梅花陣，命令士兵聚兵一團(tuán)，背靠背，面皆向外，并告誡廣大將士，在這生死存亡的緊急關(guān)頭，敵眾我寡，戰(zhàn)亦死不戰(zhàn)亦死，為了國家民族，全體將士群情激昂，以一當(dāng)十，大獲全勝，皇太極大驚，遂退兵二十余里。隨著支援部隊(duì)越來越多，形勢對皇太極愈加不利。楊肇基又派大兵在薊鎮(zhèn)、永平一帶截?fù)簦�三面夾擊，清兵大敗而逃，歷經(jīng)三個月的北京保衛(wèi)戰(zhàn)取得了勝利。

崇禎三年（1630年），楊肇基兵守三營屯，時(shí)三營屯兵將傷亡過半，兵力不足，此時(shí)清兵又派進(jìn)多奸細(xì)化妝成老百姓進(jìn)行騷擾搗亂，情況非常危急，他到任后積極團(tuán)結(jié)將士，和廣大老百姓同甘共苦，并逮捕處決了一批奸細(xì)和擾亂分子，城中軍民之心大振。同年三月清兵攻克永平、灤州、遷安、遵化、四城等地。五月二貝勒阿敏領(lǐng)兵出遵化攻鐵廠，欲掐斷內(nèi)地與關(guān)外的糧道重鎮(zhèn)豐潤 。時(shí)孫承宗、馬世龍據(jù)薊鎮(zhèn)觀望，情況非常危急，楊肇基遂派劉清澤支援，離鐵廠十五里處，遇清兵，大戰(zhàn)三個時(shí)辰，楊肇基帶兵來援，大獲全勝，遂收復(fù)遵化，并打敗二貝勒阿敏，收復(fù)永平，孫承宗，馬世龍收灤州、遷安。

楊肇基一生南征北戰(zhàn)三十余年，鞠躬盡瘁，嘔心瀝血，于崇禎四年二初九日于薊鎮(zhèn)軍中去世，享年51歲，報(bào)之朝廷，崇禎皇帝非常悲痛，哭到：蒼天��！你為什么不保佑朕啊，讓國家和朕失去這樣一位棟梁之才，嗚呼哀哉！之后，派內(nèi)閣大臣錢位坤山頭設(shè)祭，親率文武大臣為他舉行追悼大會。所有封贈以寧遠(yuǎn)伯李成梁為例，特晉上柱國，光祿大夫，恩贈太師，謚號武襄，欽賜御葬（國葬）于臨沂城西三十里處娘娘廟村東，崇祀鄉(xiāng)賢祠，名宦祠，五賢生祠，記功牌坊一座。他生有五子，子孫仕宦不絕。

評書見：《樵史演義》、《玉蕭英雄榜》、《躍馬北望》、《太極英雄》等

“楊肇基，沂州衛(wèi)人。起家世職，積官至大同總兵。天啟二年，妖賊徐鴻儒反山東，連陷鄆、巨野、鄒、滕、嶧，眾至數(shù)萬。巡撫趙彥任都司楊國棟、廖棟檄所部練民兵，增諸要地守卒。時(shí)肇基方家居，彥因即家薦起之，為山東總兵官討賊。未至，棟及國棟等攻鄒，兵潰，游擊張榜戰(zhàn)死。彥方視師兗州，遇賊。肇基至，急迎戰(zhàn)，而令國棟及棟夾擊，大敗之橫河。時(shí)賊精銳聚鄒、滕中道，肇基令游兵綴賊鄒城，而以大軍擊賊黃陰、紀(jì)王城，大敗賊，蹙而殪之嶧山，遂圍鄒。國棟等亦先后收復(fù)鄆、巨野、嶧、滕諸縣，又大破之于沙河。乃筑長圍攻鄒。圍三月，賊食盡，其黨出降，遂擒鴻儒。獻(xiàn)俘，磔于市，賊平。肇基由署都督僉事進(jìn)右都督，蔭本衛(wèi)世千戶。尋代沈有容鎮(zhèn)登、萊。改延綏，以擊套寇功，進(jìn)左都督，蔭錦衣千戶，屢加太子太保。崇禎元年移薊鎮(zhèn)西協(xié)。二年冬，大清兵克三屯營。肇基乘間收復(fù)，困守?cái)?shù)月，卒全孤城。蔭錦衣世千戶。已，錄恢復(fù)四城功，加太子太師，改蔭錦衣僉事。明年卒官。子御蕃，見《徐從治傳》�！�