嘉靖二十九年，俺答大舉進(jìn)攻明軍。八月，攻至密云、懷柔、通縣，分兵大掠昌平，京師戒嚴(yán)。明世宗驚慌失措，下詔命各鎮(zhèn)出兵救援，并用仇鸞為平虜大將軍，節(jié)制諸路兵馬。俺答前鋒攻至安定門(mén)，嚴(yán)嵩卻以“敗于邊可隱，敗于郊不可隱”，下令不準(zhǔn)諸將出擊。俺答軍大肆焚掠內(nèi)地八日而去。史稱“庚戌之變”。當(dāng)俺答攻近京城時(shí)，王尚學(xué)曾力主出兵迎擊，但未得同意。事后，嚴(yán)嵩包庇仇鸞，殺害執(zhí)行其命令的兵部尚書(shū)丁汝夔以塞責(zé)，王尚學(xué)也被坐罪。丁汝夔臨刑之時(shí)，深悔為嚴(yán)嵩所賣(mài)。當(dāng)廷訊問(wèn)之時(shí)，丁汝夔稱罪在自己，與王尚學(xué)無(wú)關(guān)。王尚學(xué)得免一死，遠(yuǎn)戍山海關(guān)之外的重要軍事?lián)�點(diǎn)寧遠(yuǎn)衛(wèi)，多年后奉赦歸。

王尚學(xué)“性耿介，歷官不名一錢(qián)，戒子孫皆蔬食。沒(méi)之日囊橐蕭然”（葉向高《王公傳》）。清代王鴻緒編纂的《明史稿》為王尚學(xué)立傳。