永歷帝朱由榔即位后，尊馬氏為慈寧皇太后，不久改稱昭圣恭懿皇太后。封皇太后兄子馬九爵為鎮(zhèn)遠(yuǎn)伯，皇太后兄馬承祖管中軍都督府，皇太后弟馬九功管右軍都督府。

昭宗皇帝巡幸新寧，加馬氏尊號(hào)為昭圣仁壽皇太后。永歷九年（1655年）六月再加尊號(hào)慈惠，全稱昭圣慈惠仁壽皇太后。

咒水之難后，緬甸王莽白將永歷帝及馬氏等人獻(xiàn)給吳三桂。永歷帝朱由榔在昆明遭絞死，馬氏得知，大哭曰：“吳三桂你這個(gè)逆賊！你立志謀反，而以我家作計(jì)。我死不瞑目，看見你一定碎尸萬段！”

不久她被送往北京，在黃茆驛見孝剛匡皇后王氏，二人自相扼喉，馬氏卻死不了。到北京后，她得到清廷之哀憐與尊重，由清廷贍養(yǎng)終身，年七十二歲而死。