成化十一年(1475年)，皇帝賜祁順一品服出使朝鮮。他在出使期間，首先廢除商人跟隨使者出國貿(mào)易的舊習(xí)，又完全拒收朝鮮君臣贈送的全部金銀寶物，使該國君臣感動不已，特建一座“ 卻金亭”來紀(jì)念他。不久，祁順任江西左參政，任職三年后，因事牽連，降職為貴州 石阡府知府，祁順到任后，開屯田，親自講學(xué)，頗有政績。

弘治年間，云南政亂，調(diào)祁順為云南知府。他抵任后，通權(quán)達變，激濁揚清，經(jīng)治理，動亂平息，政通人和。弘治六年(1493年)，祁順升任山西右參政，兩年后任福建右布政使。不久，轉(zhuǎn)任江西左布政使。任內(nèi)為官清廉，潔己愛民，曾捐俸修葺廬山的白鹿書院。在任年余，政聲大著。弘治十年(1497年)十一月卒于任，終年64歲。著有《巽川集》二十卷，《石阡府志》十卷，《巽川集》收入《四庫全書存目》。