6歲入塾啟蒙。

光緒二十三年(1897)就讀于廣仁學(xué)堂，常到“圣學(xué)會(huì)”聽康有為講學(xué)。

光緒二十五年(1899) 入體用學(xué)堂(1902年更名廣西大學(xué)堂)，光緒二十九年(1903)畢業(yè)。廣西大學(xué)堂畢業(yè)后，即與同學(xué)扈軫、秦焰、廖延素等創(chuàng)辦“桂林公學(xué)”，為桂林第一所由公眾合資建立的學(xué)堂。不久，清廷兩廣學(xué)務(wù)公所派他去南洋爪哇巴達(dá)維亞城(今印尼稚加達(dá)市)任中華學(xué)堂教員。

黃薊到爪哇后，光緒三十年(1904) 參加興中會(huì)，次年秋轉(zhuǎn)入同盟會(huì)。

三十三年(1907) 回到桂林，掌管“桂林公學(xué)”教務(wù)。

次年，兼任桂林第一家日?qǐng)?bào)《桂林報(bào)》的編輯。同時(shí)，還創(chuàng)辦“通俗教育閱報(bào)社”。后來，又和友人自籌資金開辦一所義學(xué)“半夜學(xué)堂” ，專招青年店員和作坊工人夜間學(xué)習(xí)。

宣統(tǒng)二年(1910)8月，參加創(chuàng)辦桂林同盟會(huì)機(jī)關(guān)報(bào)《南報(bào)》(后改名《南風(fēng)報(bào)》)。

民國(guó)元年(1912)，國(guó)民黨廣西支部在桂林成立，黃薊任總干事，兼辦桂林《民報(bào)》。

民國(guó)4年（1915）任桂林模范小學(xué)校長(zhǎng)時(shí)， 因公開反對(duì)袁世凱稱帝，被迫辭職歸家。

民國(guó)6年(1917) 黃薊投身軍界，歷任廣東陸軍第六軍軍部秘書長(zhǎng)、參謀長(zhǎng)，廣西省公署秘書兼軍務(wù)處軍需課課長(zhǎng)、廣西討賊軍總指揮部顧問、廣西陸軍第二軍總指揮部軍需科科長(zhǎng)兼梧州印花煙酒局局長(zhǎng)、國(guó)民革命軍第七軍駐梧州辦事處主任兼禁煙督察局局長(zhǎng)。

民國(guó)16年（1927）2月任廣西省政府委員兼財(cái)政廳廳長(zhǎng)。6月又兼榷運(yùn)局局長(zhǎng)、清理田畝局局長(zhǎng)。

民國(guó)19年（1930）任廣西第一方面軍戰(zhàn)時(shí)政治委員會(huì)委員兼財(cái)政處處長(zhǎng)。次年復(fù)任廣西省政府委員兼財(cái)政廳廳長(zhǎng)，并兼國(guó)民政府財(cái)政部廣西特派員公署特派員。

民國(guó)22年（1933）辭去所兼的財(cái)政廳長(zhǎng)職。

民國(guó)23年（1934）兼任省政府秘書長(zhǎng)。

次年5月改兼廣西銀行董事長(zhǎng)。

民國(guó)25年（1936）6月，改任廣西銀行行長(zhǎng)。

民國(guó)26年（1937）參加湘桂鐵路籌建工作。鐵路竣工后，任湘桂鐵路管理局監(jiān)事會(huì)監(jiān)事。民國(guó)28年(1939) 8月23日，因心臟病去世。黃薊擅長(zhǎng)書畫。

著有《逸庵存稿》約70余萬(wàn)字，抗日戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)毀于戰(zhàn)火。