專著：

《呂祖謙年譜》(中華書局，2007年8月)，

《呂祖謙文學(xué)研究》(學(xué)苑出版社，2003年7月)，

《古代戲曲目錄研究》(中國文史出版社，2004年1月)，

《廣西石刻總集輯校》，社會(huì)科學(xué)文獻(xiàn)出版社，2014年12月。

在《中國哲學(xué)史》、《文獻(xiàn)》、《文學(xué)遺產(chǎn)》、《戲曲藝術(shù)》、《中國典籍與文化》、《中國社會(huì)科學(xué)院研究生院學(xué)報(bào)》、《中州學(xué)刊》、《浙江社會(huì)科學(xué)》、《圖書館理論與實(shí)踐》、《江海學(xué)刊》、《殷都學(xué)刊》、《河北師院學(xué)報(bào)》、《廣西師范大學(xué)學(xué)報(bào)》、《東方叢刊》、《孔孟月刊》（臺(tái)灣）、《書目季刊》（臺(tái)灣）、《中國史學(xué)》（日本）等刊物發(fā)表論文。

項(xiàng)目：2008年國家社科基金特別委托項(xiàng)目：西南邊疆歷史與現(xiàn)實(shí)問題研究《廣西石刻總集整理》（編號(hào)A080039）（已被全國哲學(xué)社會(huì)科學(xué)工作辦公室撤銷）、浙江省項(xiàng)目《呂祖謙年譜》、2009年全國高校古委會(huì)項(xiàng)目《桂林石刻總集》（編號(hào)0925），2011年國家社會(huì)科學(xué)基金后期資助項(xiàng)目《桂林石刻總集輯�！罚ň幪�(hào)10FZS019）。

2019年6月11日，全國哲學(xué)社會(huì)科學(xué)工作辦公室發(fā)布《關(guān)于撤銷“西南邊疆歷史與現(xiàn)狀綜合研究項(xiàng)目”子課題“廣西石刻總集整理”的通報(bào)》。通報(bào)指出，近日，全國哲學(xué)社會(huì)科學(xué)工作辦公室接到實(shí)名舉報(bào)廣西師范大學(xué)杜海軍承擔(dān)的國家社科基金“西南邊疆歷史與現(xiàn)狀綜合研究項(xiàng)目”子課題結(jié)項(xiàng)出版成果《廣西石刻總集輯校》質(zhì)量問題的信件。經(jīng)調(diào)查核實(shí)，認(rèn)定該成果存在嚴(yán)重質(zhì)量問題，出版后在學(xué)術(shù)界產(chǎn)生負(fù)面影響，損害了國家社科基金聲譽(yù)。根據(jù)《國家社會(huì)科學(xué)基金管理辦法》和《關(guān)于進(jìn)一步完善國家社會(huì)科學(xué)基金項(xiàng)目管理的有關(guān)規(guī)定》，經(jīng)研究決定，撤銷杜海軍主持的國家社科基金項(xiàng)目子課題“廣西石刻總集整理”；終止杜海軍主持的國家社科基金重大項(xiàng)目《六朝石刻匯校集注》（批準(zhǔn)號(hào)18ZDA246）；被撤銷和終止的項(xiàng)目按規(guī)定退回已撥經(jīng)費(fèi)或剩余資金；項(xiàng)目負(fù)責(zé)人5年內(nèi)不得申請(qǐng)或者參與申請(qǐng)國家社科基金項(xiàng)目。