乃元早年中過秀才。光緒三十年(1904)，成立開文學(xué)堂和醒社，他是創(chuàng)辦人之一。三十二年(1906)，他留學(xué)日本，在東京警察講習(xí)所學(xué)習(xí)，并加入同盟會(huì)。三十四年(1908)，畢業(yè)回國(guó)，在莆田礪青小學(xué)堂任教。宣統(tǒng)二年(1910)，他加入同盟會(huì)在福州設(shè)立的總機(jī)關(guān)部——橋南公益社。

民國(guó)元年(1912)，乃元當(dāng)選為福建省臨時(shí)參議會(huì)議員。次年，當(dāng)選為福建省議會(huì)議員，并接任礪青小學(xué)堂堂長(zhǎng)。袁世凱竊國(guó)，解散國(guó)會(huì)，他參加“倒袁”，被迫逃往上海、廈門等地。護(hù)法軍興，他加入民軍，前往廣東。后隨福建靖國(guó)軍司令方聲濤入仙游，任軍法官。粵、閩分裂，方部失敗，他重往廈門，應(yīng)陳嘉庚之聘，任集美女子師范部主任。

民國(guó)16年，何應(yīng)欽率北伐軍入閩，成立福建省政務(wù)委員會(huì)。乃元赴省，任省政府臨時(shí)委員、財(cái)務(wù)委員會(huì)委員長(zhǎng)，數(shù)月后，兼代政務(wù)委員會(huì)主席。在這段時(shí)間里，曾大力實(shí)行“教育改造”方案，改校長(zhǎng)制為校務(wù)委員制。

民國(guó)17年，楊樹莊任福建省政府主席，任乃元為省政府委員兼民政廳廳長(zhǎng)。一度代行省主席職務(wù)。有富商想用三萬元為兒子謀取縣長(zhǎng)官銜，托人向他說情，遭到嚴(yán)詞拒絕。

民國(guó)19年，尤溪盧興榮發(fā)動(dòng)“一六事變”，乃元和其他四個(gè)省政府委員被劫持到尤溪囚禁。不久，乃元病卒，終年52歲。事平，遺體返葬于莆田的筱塘山。