嘉靖三十三年（1554年）秋，倭寇復自江南來犯，分守通泰參將梅�？渍{(diào)掘港場把截、宿州衛(wèi)鎮(zhèn)撫呂圻、通州所千戶顧萬元，會同百戶伯永福等，并力堵截。嘉靖三十四年（1555年），倭寇復自江南大舉犯通州，焚掠諸鹽場。伯永福、呂圻等官軍與倭賊水戰(zhàn)三日，賊勢益沮。事寧，鎮(zhèn)撫呂圻升一級。嘉靖四十年（1561年）四月，倭寇乘船從外洋進象山港，大舉進犯浙東南沿海鄞州、奉化、象山等地，參將呂圻，同當?shù)毓佘姽餐�剿殺倭賊。嘉靖四十年（1561年）五月二日，倭賊乘船16艘從奉化西（棲）鳳嶺登岸。盧鏜、何本源鼓行前趨。呂圻、王應岐兵前后繼發(fā)，賊大敗。嘉靖四十年（1561年）五月八日，從梅山港突入天童的近二百賊，被呂圻追至東湖，哨兵湯時茂等士兵斬賊酋一人。呂圻抗倭戰(zhàn)功卓著，被封為都指揮使、鎮(zhèn)國將軍。