文化6年11月11日（1809年12月17日）生于山城國京都（京都府京都市）的貴族中山家。中山家是羽林家之家格的公家（家祿200石），系出藤原北家花山院流花山元庶流，始祖是平安時代的公卿、正二位·內(nèi)大臣中山忠親（藤原北家·藤原忠宗的第三子）。中山忠能的曾祖父中山愛親（正二位·權(quán)大納言·議奏，贈從一位）參與“尊號一件”事件（指京都朝廷與江戶幕府之間就光格天皇生父閑院宮典仁親王上尊號一事發(fā)生的爭議事件），與幕府對立。忠能的父親是正二位·權(quán)大納言中山忠賴，母親綱子出身藤原北家閑院流三條庶流正親町三條家（公家·大臣家）。中山忠能是中山忠賴與綱子夫婦的次子，系中山忠親第二十六世孫，中山家第二十四代當主。

文化7年1月10日（1810年2月13日）被授予從五位下的官位，文化9年1月20日（1812年3月3日）升敘從五位上。文化10年2月7日（1813年3月9日）任朝廷侍從（相當于拾遺），文化11年1月27日（1814年3月18日）升敘正五位，以侍從兼任阿波權(quán)介。文化13年3月7日（1816年4月4日）元服，升殿聽政。文化13年3月19日（1816年4月16日）升從四位下，侍從·阿波權(quán)介如元。文化15年1月5日（1818年2月9日）升敘從四位上，仍任侍從·阿波權(quán)介。文化15年1月28日（1818年3月4日）免阿波權(quán)介。文政3年1月4日（1820年2月17日）升敘正四位下，侍從如元。

文政4年5月10日（1821年6月9日）轉(zhuǎn)近衛(wèi)府，任左近衛(wèi)權(quán)少將（檢校左羽林中郎將）。文政5年4月3日（1822年5月23日）兼任伊予權(quán)介。文政7年6月19日（1824年7月15日）轉(zhuǎn)任右近衛(wèi)權(quán)中將（檢校右羽林將軍）、伊予權(quán)介兼皇太后宮權(quán)亮。文政13年2月2日（1830年2月24日）免伊予權(quán)介。天保2年12月19日（1832年1月21日）兼任內(nèi)教坊別當。天保5年7月8日（1834年8月12日）兼任藏人頭。天保5年8月4日（1834年9月6日）準著禁色服聽政，天保5年8月7日（1834年9月9日）申行宿衛(wèi)后朝之儀。天保5年8月28日（1834年9月30日）日升敘正四位上，任藏人頭·右近衛(wèi)權(quán)中將·皇太后宮權(quán)亮。天保6年8月5日（1835年9月26日）、天保6年10月4日（1835年11月23日）為神宮奉行。天保11年3月27日（1840年4月29日）補任參議（宰相、平章事），兼任右近衛(wèi)權(quán)中將·皇太后宮權(quán)亮。天保11年4月16日（1840年5月12日）聽直衣。

天保11年11月18日（1840年12月11日），光格上皇（光格天皇）崩御，圍繞“天皇謚號”問題，中山忠能以朝中唯一倡導(dǎo)反對論者令朝野為之側(cè)目（但是，反對論并不反對恢復(fù)謚號，而在于對退位天皇所贈“天皇號”的疑問，認為謚號的使用應(yīng)限于在位天皇崩御的情形下）。

天保12年閏1月22日（1841年2月13日），皇太后欣子內(nèi)親王（后桃園天皇之女、光格天皇中宮、仁孝天皇嫡母）出家，女院（新清和院）宣下，中山忠能停任皇太后宮權(quán)亮，改兼領(lǐng)新清和院別當。天保12年2月4日（1841年3月26日）升敘從三位，新清和院別當、參議兼右近衛(wèi)權(quán)中將如元。天保14年1月4日（1843年2月2日）升敘正三位，新清和院別當、參議兼右近衛(wèi)權(quán)中將如元。弘化元年12月22日（1845年1月29日）轉(zhuǎn)任權(quán)中納言（檢校門下侍郎），仍兼領(lǐng)新清和院別當。弘化2年2月18日（1845年3月15日）升敘從二位，新清和院別當、權(quán)中納言如元。弘化3年6月20日（1846年8月11日），新清和院崩御后，女院別當去任。弘化4年3月14日（1847年4月28日），鷹司祺子（仁孝天皇準后·女御、孝明天皇嫡母）被冊立為皇太后，中山忠能兼任皇太后宮權(quán)大夫。弘化4年5月27日（1847年7月9日）升敘正二位，任權(quán)中納言兼皇太后宮權(quán)大夫。弘化4年10月13日（1847年11月20日），鷹司皇太后（新朔平門院）崩御，止任皇太后宮權(quán)大夫。弘化4年12月27日（1848年2月1日）任權(quán)大納言。

嘉永4年（1851年），中山忠能的次女中山慶子被納入宮中充任典侍，成為孝明天皇的后宮，因深得天皇寵愛，不久就懷孕，嘉永5年9月22日（1852年11月3日）在京都石藥師的娘家中山邸誕下二皇子祐宮睦仁，也就是未來的明治天皇。安政3年（1856年9月29日），按照日本皇室傳統(tǒng)，睦仁從宮中移居中山家府邸，由外祖父中山忠能撫育。萬延元年7月10日（1860年8月26日）祐宮以準后·女御九條夙子（英照皇太后）之子的名分被立為儲君。

嘉永6年（1853年），美利堅合眾國的佩里艦隊來航（黑船來航）提出建交通商要求之際，中山忠能持攘夷論的主張，圍繞條約締結(jié)，批判關(guān)白九條尚忠。安政5年（1858年），江戶幕府老中堀田正睦上洛，向朝廷奏請締結(jié)日美友好通商條約的敕許許可之際，中山忠能與正親町三條實愛（嵯峨實愛）共同提出反對締約的建議書。安政5年3月12日（1858年4月25日），關(guān)白九條尚忠向天皇提出準許締結(jié)條約，中山忠能、巖倉具視、正親町三條實愛、大炊御門家信等88名堂上公家聯(lián)名參奏，強烈要求撤回條約案并靜坐抗議，其后，官務(wù)壬生輔世、出納平田職修等97名地下官人奏請撤回條約案，史稱“廷臣八十八卿列參事件”，中山忠能等88位公卿亦被稱為“安政勤王八十八廷臣”。

安政5年5月10日（1858年6月20日），中山忠能兼領(lǐng)議奏，成為朝議決策的組成人員。嘉永2年2月9日（1849年3月3日）為神宮上卿。文久2年12月9日（1863年1月28日）兼領(lǐng)朝廷之國事御用掛，向幕府施壓，敦促其攘夷。在這一時期，隨著公武合體論的興起，中山忠能作為公武合體派的公家，與巖倉具視一起推進和宮降嫁，萬延元年（1860年）擔任和宮御緣組御用掛，辦理和宮親子內(nèi)親王（孝明天皇的皇妹）與第14代幕府將軍德川家茂的婚事。文久元年（1861年）10月，中山忠能護送公主東下江戶。文久2年（1862年），他支持島津久光和薩摩藩主導(dǎo)的公武合體運動，因此激起了一部分極端的尊王攘夷派的憤怒，招致尊王攘夷志士和攘夷派廷臣們的攻擊。隨著尊攘派勢力的抬頭，中山忠能在文久3年1月27日（1863年3月16日）被迫辭去議奏一職而下臺，文久3年2月14日（1863年4月1日）辭任權(quán)大納言。文久3年8月17日（1863年9月29日），中山忠能的兒子中山忠光（尊攘派公家的急先鋒）被過激的尊王攘夷派天誅組推舉為盟主，在大和國舉兵起義，這是尊攘派武力對抗幕府的起點，史稱“天誅組之變”。結(jié)果事變在幕府發(fā)兵討伐下失敗，忠光逃亡長州藩，第一次征伐長州后，長州藩內(nèi)主張妥協(xié)恭順的俗論黨得勢，并指使刺客暗殺了中山忠光。

元治元年7月19日（1864年8月20日），長州藩為奪回因“八月十八日政變”失去的京都控制權(quán)而舉兵上洛，中山忠能支持長州藩發(fā)動的禁門之變。忠能支持長州藩的政變，顯然是想借著政變成功，使自己復(fù)歸朝廷的權(quán)力中心。然而，長州藩在禁門之變中敗北，中山忠能充當內(nèi)應(yīng)的事被揭發(fā)，孝明天皇大怒，中山忠能受到禁足的處分，被禁止參朝、與他人會面和外出。慶應(yīng)2年12月25日（1867年1月30日），孝明天皇崩御，中山忠能的外孫皇太子睦仁親王踐祚登基，是為明治天皇，慶應(yīng)3年1月25日（1867年3月1日），中山忠能獲大赦被解除處分，敕許恢復(fù)參朝。慶應(yīng)3年4月19日（1867年5月22日）再次被委任為議奏，固辭不受。慶應(yīng)3年9月27日（1867年10月24日）本座聽政。

慶應(yīng)3年10月14日（1867年11月9日），中山忠能聯(lián)合中御門經(jīng)之、正親町三條實愛以明治天皇的名義向薩摩藩和長州藩秘密下達討伐幕府將軍德川慶喜的詔書，即“討幕密敕”。密敕由巖倉具視主導(dǎo)，其心腹玉木真弘起草，中山忠能、中御門經(jīng)之、正親町三條實愛署名。與密敕同時下達的還有命薩長兩藩誅殺會津藩藩主松平容保和桑名藩藩主松平定敬的敕書。慶應(yīng)3年12月9日（1868年1月3日），中山忠能與巖倉具視、中御門經(jīng)之共同策劃發(fā)動王政復(fù)古政變，發(fā)布“王政復(fù)古大號令”，廢除攝政·關(guān)白和幕府的舊朝幕體制，成立明治維新政府。政變后，新設(shè)三職制（總裁、議定、參與）的政府體制，中山忠能任政府議定，同時解任國事御用掛（該職廢止）。同日召開小御所會議，中山忠能總司會務(wù)。慶應(yīng)4年1月17日（1868年2月10日）兼領(lǐng)明治政府神祗事務(wù)總督，掌管國家宗教事務(wù)。慶應(yīng)4年2月3日（1868年2月25日） 由政府神祗事務(wù)總督改任政府輔弼，議定如元。慶應(yīng)4年閏4月20日（1868年6月10日）辭去政府輔弼。慶應(yīng)4年閏4月21日（1868年6月11日）官制改革后，改任議政官上局議定（上議院議員）。

慶應(yīng)4年閏4月26日（1868年6月16日）升敘從一位，補任準大臣（此職相當于中國的開府儀同三司），著異紋位袍輪違并小直衣，上局議定如元。明治2年5月15日（1869年7月4日） —— 明治2年7月8日（1869年8月25日）兼任神祗官知事，免議定。明治2年7月8日（1869年8月15日）—— 明治4年6月25日（1871年8月11日）改任神祗伯，明治2年10月3日（1869年11月6日）兼任宣教長官。當時，神祗官獨立于太政官，置于國家行政機關(guān)首位的地位，管轄祭祀、祝部、神戶（神社的封戶）、諸陵（天皇陵）和宣教（神道思想的普及）事務(wù)。

明治2年9月26日（1869年10月30日）以王政復(fù)古之功勛（贊襄恢復(fù)之策、匡輔中興大業(yè)）被永世下賜賞典祿1500石（永世祿）。明治3年12月10日（1871年11月16日）賜家祿280石6斗（永世下賜）。明治4年6月25日（1871年8月11日）辭任神祗伯兼宣教長官，賜終身祿500石，就任麝香間祗候（受天皇召對、備國事咨詢）。明治7年（1874年）為創(chuàng)立華族會館（今霞會館）而盡力。明治9年（1876年）1月20日賜馬車一輛以優(yōu)渥老臣。明治11年（1878年）12月5日任御歌會式取調(diào)掛·文學(xué)御用掛。明治12年（1879年）5月12日任權(quán)典侍柳原愛子（大正天皇生母）御產(chǎn)御用掛。明治12年（1879年）12月7日任明宮嘉仁親王（大正天皇）御用掛，擔當曾外孫嘉仁親王的養(yǎng)育。按照皇室風(fēng)俗，嘉仁在出生滿月后寄養(yǎng)在中山忠能位于麹町區(qū)（今千代田區(qū)）有樂町一丁目的宅邸，由曾外祖父撫育。明治17年（1884年）7月7日，日本頒布施行《華族令》，建立華族制度，中山家因為是明治天皇的外戚以及多年來維新輔弼之功勛，故而中山忠能在敘爵時被封為侯爵。

明治21年（1888年）6月12日，中山忠能薨逝于東京，享年80歲。墓所在東京都文京區(qū)的豐島岡墓地（皇族專用墓地）。

1810年2月13日（文化7年1月10日）-從五位下；

1812年3月3日（文化9年1月20日）-從五位上；

1814年3月18日（文化11年1月27日）-正五位；

1816年4月16日（文化13年3月19日）-從四位下；

1818年2月9日（文化15年1月5日）-從四位上；

1820年2月17日（文政3年1月4日）-正四位下；

1834年9月30日（天保5年8月28日）-正四位上；

1841年3月26日（天保12年2月4日）-從三位；

1843年2月2日（天保14年1月4日）-正三位；

1845年3月15日（弘化2年2月18日）-從二位；

1847年7月9日（弘化4年5月27日）-正二位；

1868年6月16日（慶應(yīng)4年閏4月26日）-從一位；

1880年（明治13年）11月2日-勛一等旭日大綬章；

1884年（明治17年）7月7日-侯爵；

1888年（明治21年）1月26日-御紋付御杯一組；

1888年（明治21年）5月14日-大勛位菊花大綬章。

中山忠能著有《中山忠能日記》（原題為《正心誠意》）全3卷，是研究幕末、維新時期歷史的珍貴資料。