嘉靖三年（1524），授太醫(yī)院吏目，嚴元日夜在殿內(nèi)侍奉。嘉靖中葉，朝廷篡修《袖珍諸方錄》，書成后，皇帝賜銀幣甚渥。有旨，命嚴元任扈從，隨侍皇帝而出巡。即使無病，也常宣其察視。嚴元治療太子，皇后之病，多次有奇效，被賞賜金帛。嚴元一到，甚至皇上進餐時，也會撤御前酒饌而接待，優(yōu)寵有加。滿九年后授以御醫(yī)。

嘉靖十二年（1533），司藥署官員缺，內(nèi)監(jiān)以其他人選上奏，而皇上特地降旨改任嚴元。嚴元感激圣恩而更加勤奮。后為人所忌，竟因流言蜚語而落職。嚴元以慷慨闊達，有古人之風(fēng)，對父母孝順而著稱。至其為醫(yī)，熟察標本及陽陰脈胳，皆極洞暢，用以起人疲癃，治病從無失誤。對貧病施藥不取報酬，因而聲譽卓著。