民主革命至大革命時期，青年時期從軍，歷任西北軍（其父馬安良精銳軍）甘肅騎兵旅營長、團(tuán)長、旅長，甘肅聯(lián)軍隴南路司令等職。1926年4月3日被北洋政府授予陸軍少將銜。

土地革命戰(zhàn)爭時期，1928年11月與其三兄馬廷勷退往青海藏區(qū)，聯(lián)合馬仲英殺害許多無辜藏民。不久隨馬廷勷投蔣介石，任討逆軍第十五路軍第1路縱隊(duì)司令。1930年利用中原大戰(zhàn)之機(jī)，率部回西北，攻下天水縣城。1月22日至26日率部留駐武山縣，渭河南北兩川民房全部被搶占，群眾避逃深山。所部日間搜山，夜間放火，燒殺淫掠。26日因國民軍追剿西逃隴西，掠走婦女多人。1930年5月又攻陷了天水。天水被占后，隴南十三縣不戰(zhàn)而降。5月6日糾合韓進(jìn)祿、王占林、馬入倉等1萬余人由靜寧南下攻占天水縣城，燒殺淫掠，兩小時慘殺無辜百姓3000多人。禮縣縣長馬紹棠被委任為第二旅旅長。不久，馬廷賢通知馬紹棠去秦安任職。馬紹棠疑慮重重，認(rèn)為是“調(diào)虎離山”，便籌集糧食，擴(kuò)充民團(tuán)，整修城防，準(zhǔn)備武力抗拒，并四處求援。作好準(zhǔn)備后，馬紹棠即將新派來的縣長安瀾拘押入獄。馬廷賢聞訊大怒，派韓進(jìn)錄、王占林率兵六千直奔禮縣。農(nóng)歷六月十七日開始圍城，并猛攻四面城門。馬紹棠則據(jù)城固守，雙方對峙二十余日，馬紹棠糧盡彈絕，外援無望，派人談判。韓進(jìn)錄、王占林一面談判，一面請煤礦技工，準(zhǔn)備炸城。閏六月十日，馬廷賢軍隊(duì)挖地道至東北城墻下，遂用炸藥炸倒城墻，人馬蜂擁而入。馬紹棠督軍死戰(zhàn)，終不能敵，遂四散逃走。韓、王軍如狼似虎，不分老小，逢人便殺。屠殺整整持續(xù)了一天一夜，城內(nèi)八千余人，死亡七千二百多，死尸遍地，血流成河。馬紹棠被俘，押解到天水后被殺。僅禮縣保安隊(duì)丁隊(duì)長以下20余人縋城而出，城內(nèi)排水渠內(nèi)血流成溪。平民僅本縣東鄉(xiāng)寬川廖紳士（時為天水參議局參議）家店鋪內(nèi)躲藏的百余人未受其戕害。5月12日自稱“甘肅國民軍”總司令，編所部為第3軍，分駐隴南15縣。收編各地土匪，更換各縣縣長。6月27日天水縣牡丹園、楊家寺民眾組織“扇子會”，反抗第3軍的暴行。遂下令派軍鎮(zhèn)壓，并將所殺者的首級展示在電燈局門口。是年下令銷毀轄境一切紙幣，交易納稅全部用銀元。

1931年3月其部接受改編，被南京政府任命為陸軍少將隴南綏靖指揮。2月8日至16日和部下韓進(jìn)祿內(nèi)訌，韓占據(jù)天水大城，集合各縣軍隊(duì)圍攻，激戰(zhàn)破城，大肆搶掠。5月2日隴南各縣群眾代表通電控訴隴南綏靖軍屠殺民眾、苛征稅捐等罪行。國民黨中央派赴甘肅視察員嚴(yán)爾艾查報(bào)，嚴(yán)收受馬廷賢重賄20萬元，即顛倒事實(shí)，為馬廷賢掩飾。后民眾又控告于國民政府監(jiān)察院，結(jié)果不了了之。10月中旬蟄伏四川的軍閥吳佩乎帶領(lǐng)隨員200余人經(jīng)武都抵達(dá)天水縣城。便在九問樓為吳佩孚設(shè)“孚威上將軍行轅”，一時十紳官僚爭相攀附。后吳佩孚風(fēng)聞陜軍有驅(qū)逐意向，即離天水經(jīng)甘谷前往蘭州。1932年1月11日川軍鄧錫侯部師長黃隱率三路支隊(duì)并聯(lián)合各反馬（廷賢）力量會攻天水。與川軍作戰(zhàn)失敗逃往寧夏，率殘部投馬鴻賓麾下。馬鴻賓認(rèn)為所部多為慣匪，怕這些人難以駕馭，便收繳一批馬匹槍支后，大部分士兵被遣散。因得不到重用，后逃往天津，從此銷聲匿跡。

抗日戰(zhàn)爭至解放戰(zhàn)爭時期，被日軍委為“西北長官”，后一度去包頭，又化裝回天津，改名換姓藏匿于民間。1941年回甘肅河州。

中華人民共和國成立后，被人民政府逮捕，后獲釋出獄。1958年再次被捕。1962年在家鄉(xiāng)被臨夏縣人民政府處決，終年66歲。