912年12月加陸軍少將銜。自幼習武，膂力過人，清光緒乙酉（1885）中武科舉人，初授循化奇臺堡守備，后歷任鎮(zhèn)標前營都司、督標后營游擊、城守營參將、馬營監(jiān)游擊。因功賞戴花翎，二品頂戴，賜號“勝勇巴圖魯”。光緒二十年（1894）中日 甲午戰(zhàn)爭時奉調(diào)進京守衛(wèi)，八國聯(lián)軍進犯北京時，隨軍扈從慈禧、光緒帝西逃，沿途忠心護駕，兩宮返京，晉總兵加提督銜。宣統(tǒng)三年（1911年）在馬安良部任精銳營統(tǒng)領。辛亥革命爆發(fā)，隨馬安良率部赴陜西 州、乾縣攻打革命軍，清帝退位，馬占奎撤回蘭州。民國元年（1912年）三月響應共和，在蘭州首倡裁軍。后授陸軍中將銜、二等文虎章、二等嘉禾章，任甘肅督標中軍副將，鎮(zhèn)守蘭州。民國八年（1919年）時局混亂，各派紛爭，馬占奎辭去軍職，往麥加朝覲，返回后潛心經(jīng)學。民國二十九年（1940年）去世，終年82歲。民國三十年（1941年）立碑于臨夏西郊，現(xiàn)墓碑存于臨夏縣政協(xié)院內(nèi)