秦昌遇，文學(xué)家秦裕伯的裔孫。昌遇幼年多病，故于讀書之余，也留心學(xué)習(xí)醫(yī)學(xué)知識(shí)，體驗(yàn)病理。后來，逐漸對醫(yī)學(xué)發(fā)生興趣，由于他古文基礎(chǔ)扎實(shí)，對較深?yuàn)W的醫(yī)學(xué)理論，也能讀懂并理解。成年后，便開始為家人及鄉(xiāng)鄰看病。診治兒科疾病出神入化。不由師授，而遍通方脈，妙語入微。每遇患者病重，一般醫(yī)生束手無策，而秦昌遇投劑即能治好，因此名動(dòng)四方。他出診往來無寧時(shí)，而從不厭煩。其坦誠、認(rèn)真的醫(yī)學(xué)道德為世人稱贊。

秦昌遇著述甚豐，計(jì)有《癥因脈治》5卷（1641年）、《脈法頷珠》4卷（1641年）、《幼科折衷》2卷、《幼科金針》2卷、《痘科折衷》2卷，另有《大方折衷》、《病機(jī)提要》、《大方醫(yī)驗(yàn)大成》抄本、《傷寒總論》、《女科秘方摘要》抄本等。 昌遇深感前人脈書的種種弊端，于是編纂《癥因脈治》一書，評價(jià)前人癥因誤治及癥因各種治法的不同，依次敘述各病的癥、因、脈、治。對內(nèi)科常見病癥如中風(fēng)、咳嗽、嘔逆、胃腕痛、腹痛、便秘、泄瀉、嘔吐、黃疸等都有詳細(xì)記述。昌遇主張先辨證候，次查病因，再審脈象，最后確定治法，并以順序命名其書，這一主張至今對部分中醫(yī)臨癥仍有一定的影響。昌遇認(rèn)為，以往醫(yī)書每將各種病證的外感和內(nèi)傷諸證混雜一起敘述，未分條例，易使學(xué)習(xí)者虛實(shí)不分，證治不符。他主張于病證必首分為外感和內(nèi)傷兩大類，然后再分述其證、因、脈、治四項(xiàng)。在治法中則設(shè)有“從脈”和“從證”兩項(xiàng)，并附有方藥的加減運(yùn)用，使理、法、方、藥悉俱，切合臨床實(shí)用。秦氏自學(xué)成醫(yī)，始以治兒科病著稱，后又精通內(nèi)科，臨證治療多奇效，是當(dāng)時(shí)著名的臨床大家。

秦昌遇還喜作詩，常和文壇大家來往唱和，著有《澹香堂詩文集》，書畫家董其昌（1555－1636）曾繪有《六逸圖》一幅，昌遇是六位逸土中最年輕的一位，年60歲病逝。其侄孫之楨承家傳，亦為良醫(yī)。

秦昌遇，明末清初以醫(yī)術(shù)精湛而出名，對付痘疹更是靈驗(yàn)，人們都稱他有造化之手。一天清晨，秦昌遇應(yīng)召去鄰鄉(xiāng)出診，船停城外，看見一女子在橋下織布，就對身邊的仆僮說：“你悄悄上去，抱這女子的腰，攪鬧她一下�！逼唾渍f：“她的父兄多在，我這樣做會(huì)挨打的�。　鼻夭�遇笑著說：“有我在，怕什么？” 仆僮躡步潛往女子背后，用力按抱。那女子大駭，驚叫起來，村里人聚集過來，逮住仆僮要揍他。秦昌遇見狀，站在船頭，大聲呼叫：“是我指使的�！贝迕翊蠖嗾J(rèn)識(shí)秦昌遇，連忙將他迎上岸。

秦昌遇問那女子：“你還沒有出天花吧？”回答：是的。秦昌遇就對眾人說：“人即將出天花，痘毒隱伏于腎，比較危險(xiǎn)，藥物也難根治，現(xiàn)在驚嚇之下，使痘毒引升到肝，這樣就可著手處置了。”村民們恍然大悟，對秦昌遇的神技更加信服。

秦昌遇喜歡弈棋，一入局戲，則天子呼來不上船。南翔有富家弟兄均卒，妯娌共一子，年數(shù)歲出痘，其母遣仆飛舟迎之，限以晷刻。偏偏秦昌遇正在下棋，就推托潮水不順，遲遲不肯動(dòng)身。來到南翔，脈象已成反關(guān)。秦昌遇正想拂衣而去，不料其母手執(zhí)尖刀，一把將他拉住，說道：“我今快棹來迎，此間無長江大湖，何所潮汛？兒子前時(shí)身上還出現(xiàn)紅色丘疹，現(xiàn)在卻又隱了下去，如果這是絕癥，都是由你而致，兒子不能生，我亦不欲生，你也不得生也！”

秦昌遇滿臉慚愧，說不出話來。婦人又復(fù)激曰：“大家多知道你醫(yī)術(shù)高超，現(xiàn)在卻不能治療一個(gè)小孩，你這半生不是欺世盜名嗎？”秦昌遇低頭沉思說：“有一辦法，姑且試試�！蹦肆罹蛞豢�，鋪條席子，小孩仰臥席上，用細(xì)黃土圍遮全身，只留面目，煎藥水灑之，再以席蓋上。婦人將門鎖住，與秦昌遇一起守護(hù)著。到半夜，忽聞奇臭不可耐，秦昌遇欣然大喜：“好啦！”看那孩子，痘已復(fù)顯，全身皮敗肉腐，悉成通漿，已無性命之憂了。

婦人喜出望外，愿奉千金為酬。第二天約來數(shù)人與秦昌遇對弈，秦昌遇也高興得樂不思蜀。附近父老鄉(xiāng)親聞?dòng)�，紛紛前來就診，于是酬金復(fù)倍。秦昌遇臨走時(shí)，堅(jiān)決不受酬金，可婦人強(qiáng)行把酬金放在船內(nèi)�；丶液螅�秦昌遇就用這筆錢在家鄉(xiāng)清真觀之左廂，造了一個(gè)痘神院。