曾任中共歙縣縣委組織部部長、書記，中共歙 (縣)績(溪)休(寧)中心縣委副書記兼組織部長等職。1940年9月調特委工作，在皖南事變中突圍，輾轉至江北開辟根據地，曾任皖南財委副主任、貨物管理局局長，桐 (城)、貴(池)、青(陽)工委書記、縣委書記。抗戰(zhàn)勝利后，在淮陰大成公司負責貿易和交通聯(lián)絡工作，利用商人身份，往來解放區(qū)和上海之間，輸出土產，運進軍需。1947年1月，與上海正原公司經理朱堯安(中共黨員)等人在連云港被捕。同年秋回皖南地委，開展游擊戰(zhàn)爭，任中共歙(縣)績(溪)旌(德)工委書記，獨立游擊隊政委等職。解放后，先后任徽州專署專員、皖南行署工商處處長、安徽省財貿部部長、省委常委、省委宣傳部長、省委副秘書長等職。1956年，出席中國共產黨第八次全國代表大會。

童年吳文瑞天性聰明好學，7歲入私塾。兩年后，改入西溪南崇文小學，深受老師吳輔仁（陶行知學生）的鐘愛，常給吳文瑞閱讀一些進步書籍。14歲高小畢業(yè)，苦于家境貧寒，無力升學，輟學在家務農，從事社會活動。

1936年底，上海黨組織派吳立奇回家鄉(xiāng)西溪南開展抗日宣傳活動，吳文瑞踴躍參加，了解了中國革命形勢和中國共產黨的抗日政治主張。在黨組織的教育下和革命斗爭實踐中，認識到只有共產黨才能拯救中國這一深刻的革命道理。1937年5月，經吳立奇介紹在西溪南加入中國共產黨，候補期3個月，轉為正式黨員。入黨后，在青年學生中進行抗日宣傳活動，籌辦民眾夜校。1938年春，新四軍集中巖寺，吳文瑞任中共歙縣縣委組織部長；4月，中共皖南特委在潛口建立，黨的建設得到鞏固和加強。秋，吳文瑞擔任中共歙縣中心區(qū)委組織委員。7月，任中共歙縣縣委書記。9月，任中共歙（縣）績（溪）休（寧）中心縣委副書記兼組織部長。這一年，曾受黨派遣去屯溪國民黨軍事委員會戰(zhàn)地黨政委員會工作，與皖南視察員方與嚴有過接觸。

皖南事變后，吳文瑞隨部隊突圍去江北，開辟陳瑤湖地區(qū)敵后游擊根據地。在反掃蕩戰(zhàn)斗中，光榮負傷。1941年夏，吳文瑞回到江南，任中共皖南特委財經委員會副主任，負責稅收工作。1943年1—9月間，先后任蕪（湖）繁（昌)銅（陵）貨物管理局局長和中共繁昌縣委委員。同年1O月，調任中共桐（城）貴（池）青（陽）工委書記。

抗日戰(zhàn)爭勝利后，吳文瑞隨軍北撤山東，先后任華東七縱隨軍干部隊隊長、七縱民運部教員、訓練班主任。1946年5月，經華東局國區(qū)部淮陰大成公司派往上海，與石原皋（安徽績溪人，地下共產黨員，在上海從事藥物研究）一道利用商人身份，從事地下活動，負責貿易和游擊區(qū)的交通聯(lián)絡情報工作，并負責輸送干部去皖南，開辟敵后游擊區(qū)。在上海期間，居住石原皋宅。由于工作關系，與宋亦英相識，共同的革命理想、志趣，使他們走到了一起。是年秋，石原皋宅遭到國民黨特務搜查，吳文瑞僥幸脫險。1947年11月，組織決定他回皖南工作，任中共皖浙工委委員兼中共歙（縣）績（溪）旌（德）工委書記。1948年5月，中共黃東工委成立后，任工委委員兼組織部長，主持工委的日常工作。同年9月，調任中共皖南地委財糧局副局長。1949年1月，兼任歙績旌工委書記。3月，組建中國人民解放軍歙（縣）績（溪）旌（德）總隊，兼任政治委員。在解放戰(zhàn)爭即將全面勝利、國民黨反動軍隊節(jié)節(jié)敗退之際，吳文瑞更是多方奔波、操勞，配合他的戰(zhàn)友們在旌德接收保五旅起義；在祁門攻打大刀會及國民黨殘余總隊；在黃山獅子林活抓改扮和尚的國民黨師長。歷次軍事行動中，表現(xiàn)出大智大勇。

1949年5月，皖南全境解放，吳文瑞任中共徽州地委委員兼徽州督察公署專員。同年10月，調皖南行政公署任工商處長。皖南、皖北兩行政公署合并后仍任工商處長。安徽省人民政府成立后，先后任省財經委員會主任、省糧食廳廳長。1954年下半年，調任中共安徽省委副秘書長。1955年冬，任省委財貿部部長。1956年夏，省第二次黨代表大會被選為省委委員。同年9月，出席黨的“八大”會議。1958年任省委常委。1959年兼任省委宣傳部長。同年11月，調任省委常委兼副秘書長。1963年在省第三次黨代表大會上繼續(xù)當選為省委委員、常委、副秘書長職務。吳文瑞在省委工作期間，堅持實事求是，經常深入基層調查研究，為社會主義革命和建設作出了應有的貢獻。

“文化大革命”中，吳文瑞遭到錯誤批判，備受迫害。1969年冬，調任宿縣地區(qū)革命委員會主任。1970年2月23日，在參加省委赴友鄰地區(qū)（徐州68軍）“春節(jié)慰問團”返皖途中，發(fā)生車禍，不幸犧牲。

吳文瑞一生光明磊落，不謀私利，不論職務高低，始終以一個“人民勤務員”出現(xiàn)在人民群眾當中。1972年清明節(jié)，宋亦英悼念吳文瑞詞：“河上下，江南北；風共雨，冰和雪。憶馳驅戎馬，崢嶸歲月。革命為家四十載，一朝分手千秋隔。算粉身碎骨為人民，初衷畢!”精辟地概括了吳文瑞戰(zhàn)斗的一生，同時表達了對吳文瑞同志真摯的情誼。

吳文瑞去世后被追認為烈士。