蓬瀛仙館十分重視學術研究。1999年相繼邀請四川、上海、北京、福建各地學者和高道大德創(chuàng)辦“道教文化資料庫”，并由館方組織委員會策劃及管理。“資料庫”內(nèi)容廣泛而豐富，包括道教概貌、道教信仰、神仙簡譜、道教經(jīng)典、道教活動及禮儀，道教與人類文明、大道流行等目錄。各項細目更具體而精微，現(xiàn)已成為道教文化傳播的重要渠道之一。2002年，道教文化資料庫與利文出版社聯(lián)合出版了對香港道教的歷史和現(xiàn)狀進行全面介紹的大型配文畫冊《道風百年》，獲得社會好評和學界重視（曾入選2002年香港書展“名家推介”三十本好書之一）。道教文化資料庫與廈門大學宗教學研究所、道學與傳統(tǒng)文化研究中心共同主辦的學術期刊《道學研究》于2003年問世。2002年起，蓬瀛仙館簽訂合作項目，分5年向香港中文大學宗教系撥款575萬港元，設立“蓬瀛仙館道教學術研究基金”，用以增設一個道教研究的教授席位，招收道教研究生，并在2006年與該系合作成立了“道教文化研究中心”。2003年，蓬瀛仙館與北京宗教文化出版社簽訂合作協(xié)議，由仙館策劃，出版博士論文系列、神仙傳記系列等多個系列道教文化叢書。為配合與各地同道交流日益頻繁的需要，蓬瀛仙館于2008年2月啟動了以報道各類道教資訊為主的“道教文化中心網(wǎng)站”。

2004年，蓬瀛仙館與香港寬頻網(wǎng)絡有限公司合作的“通道天地”開始在香港寬頻電視播放。這是全球首個24小時不間斷播放的道教電視頻道，其節(jié)目內(nèi)容以“展現(xiàn)中華文化，發(fā)揚道教思想”為宗旨，以通俗化和生活化為制作方向，所制作的“仙蹤道跡”和“信仰要問”均受到觀眾歡迎。

蓬瀛仙館現(xiàn)有館員約300余名。館內(nèi)每年的主要節(jié)慶有：春節(jié)贊星行大運，正月十九日丘長春祖師誕，二月十五日太上道祖誕，四月十四日呂純陽祖師誕，七月十五日中元法會及水幽，九月初一至初九的九皇誕，還有春秋二祭及歲末酬神大典。

蓬瀛仙館是香港最著名的園林宮觀之一，2002年11月，香港特區(qū)政府將其列為北區(qū)觀光旅游的重點景點之一。