其先世為小興州（今河北欒平北）人，本姓宓，自八世祖時徙居直隸新城，贅于王氏，因改姓王。王余佑的父親名延善，字維嬰。伯父名建善，字恢嬰。有一兄一弟，兄名余恪，弟名余巖。在崇禎十三年（1640）以前，王余佑已被過繼給伯父為嗣子。

王余佑幼偉岸，有大志。聰穎，讀書識大體。十六歲時，補博士弟子員。初隨定興人鹿善繼學(xué)，后受業(yè)于容城人孫奇逢，又與茅元儀、杜越、刁包等人為師友，并曾得到桐城人左光斗的賞識。鹿善繼、孫奇逢二人為明末北方的學(xué)術(shù)大師，對王余佑甚為器重，亟稱之。而清初北方的學(xué)術(shù)大師顏元（字渾然，號習(xí)齋）、李塨（字剛主，號恕谷）則為王余佑弟子，對王余佑雅相敬重。顏元曾說：“夫子溫、良、恭、儉、讓，介祺得其二，溫、恭是也。”稱王余佑氣度包羅，可資師法，自謂平生所不能及，以至對王余佑“以父道事之”。李塨也說：“春風(fēng)滿坐，經(jīng)濟滿懷，吾不及五公。”而在王余佑卒后，其長子王孚則亦以為李塨最能傳其父之學(xué)。到王余佑在獻(xiàn)陵書院講學(xué)時，門弟子遠(yuǎn)近從游的多至數(shù)百人。

新城、易州、獻(xiàn)縣均相距不遠(yuǎn)。王余佑生長于幽燕之地，自幼受性理實學(xué)的熏陶，又遭逢明末與閹黨斗爭和明亡的激變，故其為人頗有燕趙慷慨悲歌之遺風(fēng)。其治學(xué)則以性理為根本，以實學(xué)及物為主旨，以明體達(dá)用為宗，以間邪存誠為要。其治身心專以誠敬為主，其于日用專以躬行實踐為事。待人則教以忠孝，和易簡諒，對己則立身孤介，刻苦砥礪，喜通任俠，敦尚氣節(jié)，有古獨行之風(fēng)。王余佑雖為儒林中的士子，但是他讀書的態(tài)度決不是追仿時文或是空談性理，而是沿著實學(xué)一派的傳統(tǒng)獨開一徑。其治學(xué)范圍，舉凡天文地理、禮樂政刑、耕桑醫(yī)卜，以至西洋語文，無不窮析端委，上下數(shù)千年如指掌。他還擅長書法，風(fēng)格遒逸。而對于清代極盛的考據(jù)之學(xué)，則多所忽略，蓋其心意不重在此。喜作詩文，但都由興所之，本乎性情，興酣筆落，頃刻數(shù)紙，然而寫后常隨手散失，且多不合格律。王余佑頃重的是實學(xué)，他的門人李興祖說他：“極縱橫上下之說，數(shù)千年間事如燭照數(shù)計。及指陳得失，蒿目時艱，真有坐而言可起而行者�！蓖跤嘤拥膶崒W(xué)才能在當(dāng)時已被譽稱為有本之學(xué)、王佐之才、命世之才、王霸大略、足以安民濟世。李興祖說：“從來講理學(xué)者弊在拘方而不適用，談經(jīng)濟者流為功利而不入于純”，王余佑則能“本理學(xué)為經(jīng)濟”，明體達(dá)用一以貫之。這個評價是很中肯的。尹會一也極力稱贊說：“嗟呼！吾嘗怪世之人動以儒術(shù)迂疏為道學(xué)詬病，如先生者隱而未見耳！使獲見用于世，其不一雪斯言也與？”

有幾件事很能說明王余佑躬行實踐的實學(xué)精神和他北方學(xué)者慷慨悲歌的任俠性格。
一是明末天啟五年（1625）魏大中、楊漣、左光斗等人被閹黨魏忠賢逮捕入獄，魏大中長子魏學(xué)洢至京師抗?fàn)�，�?dāng)時閹黨邏卒四布，王余佑與鹿善繼、孫奇逢、杜越等人予以掩護(hù)，奮不顧身，相與周旋患難。
二是在山西臨縣時，條列時弊數(shù)千言上之，由于拂忤當(dāng)事者之意，繼父王建善被調(diào)任魯山，實欲困之。王余佑見時世不可為，遂力勸繼父解印歸田。
三是在明末清初，經(jīng)歷了父兄的死難。王余佑的生父王延善為縣諸生，為人尚氣義，曾以萬金家產(chǎn)結(jié)客。明末兵亂，王余佑正校試于易州，聞訊投筆而歸。路經(jīng)容城，與孫奇逢謀起兵。于是王延善率三子以及兩個從子余厚、于慎聯(lián)合雄縣人馬魯（一作馬于）建義旗，傳檄起兵，聚眾千余人。孫奇逢也在容城起兵，共同收復(fù)了雄縣、新城、容城三縣。這時清兵入關(guān)，諸人遣散。不料王延善卻遭仇家陷害，以抗清的罪名被捕入京。余恪、余佑、余巖三人準(zhǔn)備進(jìn)京赴難，余恪以余佑已過繼伯父為嗣，不可輕死，于是偕余巖赴京。馳至琉璃河，夜聞人唱《伍員出關(guān)曲》，余恪說：“阿弟，誤矣！吾二人俱死，誰可復(fù)仇者？弟壯，可復(fù)仇，我死之！”揮余巖去，自赴京，大呼曰：“我起義生員王某長子也，來赴死！”于是父子二人俱死燕市。余巖歸，夜率壯士入仇家，盡殲其老幼三十余口無孑遺。官府急捕余佑、余巖兄弟，幸得保定知府朱嵚（一作朱甲）及易州道副使黃國安知其冤，為之力解乃免。王余佑聞父兄罹難，痛不欲生，招魂葬父兄畢，即奉繼父母隱居易州五公山雙峰村，自稱五公山人，躬耕養(yǎng)親，不求聞達(dá)，三十年不入城市，而為學(xué)益勤。有時登臨峰頂，慷慨悲歌，泣數(shù)行下。
王延善敦尚氣義，散萬金結(jié)客。王余佑也和其父一樣，任俠重友，慷慨好施，時人常稱其能“困者周之，危者拯之，歿者斂之”。
孫奇逢以奇節(jié)自許，但這并不妨礙他平易和淡與世往來。仁以律己，恕以待人。其治身務(wù)自刻厲，而于人無論賢愚，茍問學(xué)，必開以性之所近，使自力于用行。與人無睚畔，雖武夫悍卒、野夫牧豎，必以誠意接之，由此名在天下而無人忌嫉。王余佑也和其師一樣，“信道篤而任道勇，近仁之質(zhì)，得諸剛毅”，然而與人和易，從容簡諒。晚年時，時乘牛車往來于上谷、渤海、嵩岱之間，兒童野夫見其過，皆聚迎隨觀，爭相慰藉，說：“王先生來矣！”王余佑也時時停車，問勞而去。