龔顯曾早年是同里舉人許祖淓的學(xué)生，深為許祖淓贊賞。稍后與內(nèi)兄陳棨仁、內(nèi)弟陳棨儀拜告老回鄉(xiāng)的御史陳慶鏞為師，攻研經(jīng)學(xué)，旁及金石考據(jù)學(xué)。

咸豐九年(1859年)，龔顯曾考中舉人。同治二年(1863年)，中進(jìn)士，授翰林編修。

龔顯曾擅長古近體詩和駢文，是泉州晚清著名的詩人之一。咸豐九年與許祖淓等文人雅士組織桐蔭吟社，刊印《桐蔭吟社甲乙編詩集》。他的詩典雅艷麗，風(fēng)調(diào)冠絕一時。

龔顯曾重視對泉州鄉(xiāng)邦文獻(xiàn)的搜集與整理。他與陳棨仁合輯《溫陵詩紀(jì)》，認(rèn)真查閱上百種有關(guān)資料，逐一考訂，甄錄泉州117家詩作。龔顯曾收集的歷代泉州人著述很多，有版本、抄本等。經(jīng)他整理校訂后鈐上“晉江龔氏校藏本”、“詠樵經(jīng)眼”等印鑒便成珍本。

龔顯曾平日好讀書、著書，嗜好金石文字，常與當(dāng)時各地的名儒一起摩挲鼎彝，搜剔碑刻。其著作至今傳世的還有《溫陵遺書》抄本、《薇花吟館詩存》、《龔顯曾叢抄》、《亦園脞牘》、《蒧齋金石目》、《蒧齋詩話》、《金史藝文志補(bǔ)錄》等。

光緒九年(1883年)，法越戰(zhàn)事起，清廷派兵去安南拒抗法軍，龔顯曾正任詹事府贊善。團(tuán)練大臣林壽圖奏請他為襄辦。龔顯曾到任后，積勞成疾，于光緒十一年病逝。