武藏國巖槻藩3代藩主阿部定高之次男，正室為山內(nèi)豐昌之女、繼室為春日氏。子女有阿部正羽（三男）、阿部正福（四男）、阿部正容（五男）、女兒（與榊原政倫有婚約、早夭）、女兒（土井利實(shí)正室）、女兒（丹羽秀延正室）、女兒（井伊直矩正室）、女兒（六鄉(xiāng)政長正室）。幼名為作十郎。

萬治元年（1658年），作為武藏國巖槻藩阿部3代藩主·阿部定高的次男出生。父親定高于萬治2年（1659年）、25歲去世，因嫡子正邦年僅2歲，定高之弟阿部正春代之就任4代藩主。但是，家臣中有人不滿，于是寬文11年（1671年）12月19日、正春將家督讓位于正邦，正邦在14歲成為5代藩主（9萬9000石）。但是，正邦與幕府關(guān)系疏遠(yuǎn)，10年后的天和元年（1681年）轉(zhuǎn)封丹后宮津藩（9萬9000石），在16年后的元祿10年（1697年）增加1000后轉(zhuǎn)封下野宇都宮藩，成為10萬石的大名，又于13年后的寶永7年（1710年）、轉(zhuǎn)封備后福山藩（10萬石）。入封福山藩之時的正邦已經(jīng)53歲了。

正邦在入封備后福山藩的翌年、正德元年（1711年）3月28日進(jìn)入福山國，命令各村提交“指出帳（寶永差出帳）”來把握領(lǐng)內(nèi)的實(shí)情。此差出帳記錄了各村的米谷的收獲量、寺社、商品作物、火槍等村中概要和地租繳納的方法以及五人組等各種制度。同年9月各郡奉行公布與各村治安有關(guān)的條例“條條”35條，抑制了領(lǐng)主交替時而發(fā)生的動亂，2年（1712年），發(fā)布了有關(guān)地租繳納方法的承諾書。又于正德3年下達(dá)了有關(guān)節(jié)約各村財政預(yù)算的和村政公正化的命令。改善商業(yè)也在寶永7年（1710年）實(shí)施了。因此，正德3年（1713年）前后正邦在福山藩領(lǐng)內(nèi)的統(tǒng)治，使西國街道的譜代大名的存在意義落實(shí)化了。這樣正邦積極專心致力于阿部家福山藩的藩政，但轉(zhuǎn)封5年后的正德5年（1715年）、在江戶去世。家督由四男·正福繼承。