1908 出生于日本福島縣相馬都原町市，1918 全家搬到東京，1921 進(jìn)入早稻田中學(xué) ，1926 進(jìn)入文化學(xué)院美術(shù)科。

1928留學(xué)蘇聯(lián)，起初的目的是學(xué)習(xí)繪畫(huà)，后因在觀看蘇聯(lián)導(dǎo)演雅科夫·布里奧赫的記錄片《上海紀(jì)事》之后深受觸動(dòng)，立志于電影。1931患結(jié)核病回國(guó)，在母親開(kāi)設(shè)的療養(yǎng)院中度過(guò)了2年療養(yǎng)生活。

1933進(jìn)入新東寶的前身pcl工作，1937在東寶電影文化部導(dǎo)演，剪輯制作記錄片《上�！�，引起日本陸軍省“關(guān)注”。

1939受陸軍省委托制作電影《戰(zhàn)斗中的士兵》，影片完成后被陸軍省審查認(rèn)定為“與其說(shuō)是《戰(zhàn)斗的士兵》，不如說(shuō)分明是《疲憊的士兵》!”隨后被禁止上映。他本人也以涉嫌違反治安維持法被捕入獄。1940完成代表作之一---信濃三部曲之《小林一茶》，由于未得到文部省的審批，便以“文部省未審批電影“的名義在全國(guó)上映，大受歡迎。1945以新聞片為素材剪輯，制作了《日本的悲劇》，追問(wèn)昭和天皇的戰(zhàn)爭(zhēng)責(zé)任，駐日盟軍總司令部同意上映，但本片激怒了當(dāng)時(shí)的首相吉田茂，電影遭到查禁，膠片被沒(méi)收，同年回歸東寶，與山本薩夫共同執(zhí)導(dǎo)了大獲成功的《戰(zhàn)爭(zhēng)與和平》，東寶大罷工事件后被東寶公司驅(qū)逐，離開(kāi)時(shí)留下名言:“文化是永遠(yuǎn)不會(huì)被暴力壓服的“。

1950與山本薩夫，今井正等被驅(qū)逐的左傾東寶電影人創(chuàng)辦新星電影社，成為戰(zhàn)后獨(dú)立制片單位的先驅(qū)。期間拍攝了《一個(gè)女礦工》《母親，女人》等作品。1955民間獨(dú)立制片因?yàn)橘Y金問(wèn)題和社會(huì)風(fēng)氣轉(zhuǎn)向急劇衰敗，龜井轉(zhuǎn)而創(chuàng)建了“株式會(huì)社日本記錄電影”，拍攝了一系列社會(huì)政治性強(qiáng)烈的作品，包括描寫(xiě)原子彈受害者景況的《活著真好》(1956)，日本民間反對(duì)美軍基地建設(shè)的《流血的記錄。砂川》(1957)，通過(guò)極度震撼的真實(shí)材料反對(duì)核武器的《世界陷入恐懼》(1957)，和關(guān)注社會(huì)底層生活的《人人皆兄弟》等，據(jù)說(shuō)美國(guó)總統(tǒng)約翰·肯尼迪看過(guò)《活著真好》之后深受感動(dòng)，特地向龜井發(fā)出訪美邀請(qǐng)函，但日本政府拒絕簽署出境手續(xù)。

1973創(chuàng)建古董商店《東洋人畫(huà)廊》，親自擔(dān)任店主，發(fā)揮了出色的經(jīng)營(yíng)才能。1986推出傾注畢生心血的影片《鳥(niǎo)兒，蟲(chóng)兒，魚(yú)兒的搖籃曲》，這是他的警世臨終之作，歷時(shí)四年構(gòu)思，制作又耗去了三年時(shí)間。導(dǎo)演在影片中寄予了自己的臨終愿望---期待病態(tài)的現(xiàn)代社會(huì)可以起死回生。龜井在制作完成這部影片后逝世，享年78歲。