在1957年的反右派斗爭、1958年“大躍進”、1959年的“反右傾”斗爭，以及“文化大革命”期間，尤淇曾多次在新華社內參著文，批評中央錯誤的“左傾”政策。譬如，1956年，在起擔任新華社廣東分社社長期間，尤淇由于批評地方農業(yè)合作化運動的冒進而受到嚴厲批評。1959年，他在新華社浙江分社工作期間，曾在諸暨縣楓橋公社進行調查并撰寫4篇內參稿，直指“大躍進”的弊端，如使農業(yè)生產出現(xiàn)萎縮，導致農村勞動力外流，以及不合理的分配制度使基層農村干部受益等問題。尤淇明確指出：“人民公社辦早了，辦糟了，希望中央趕快糾正，若不糾正，天下從此多事矣”（注：沙金：《新聞記者要有脊梁骨》，刊《新聞記者》1985年第9期第17頁）。

由于這些尖銳的批評性文章，在隨后展開的“反右傾”運動中，尤淇被定為“右傾機會主義分子”，被撤銷黨內外一切職務，行政級別連降4級，并被下放到無錫家鄉(xiāng)從事農村勞動。但他并為因此而停止關心基層問題和普通民眾的實際困難。1960、1961兩年，他先后兩次寫信給毛澤東，痛陳人民公社的種種弊端，以及基層農民對人民公社的反感。在1966年開始的“文化大革命”中，尤淇因這兩次上書而受到更加嚴厲的迫害。1970年，他被開除黨籍和公職，下放工廠勞動。直到1981年“撥亂反正”后，才獲得平反，并被重新任命為新華社安徽分社社長。