孫乃民長期從事理論研究和理論宣傳工作。1992年被聘為研究員，是國家科技部、省科技廳軟科學(xué)專家，享受政府特殊津貼專家，省哲學(xué)社會科學(xué)規(guī)劃學(xué)科組組長，吉林省哲學(xué)社會科學(xué)聯(lián)合會副主席，吉林省哲學(xué)學(xué)會、倫理學(xué)會副理事長，被授予吉林省十佳理論工作者稱號。

獨(dú)著《道德縱橫談》，合著《共產(chǎn)主義道德講話》、《職業(yè)道德簡明教程》等8部著作，其中3部獲省哲學(xué)社會科學(xué)優(yōu)秀成果獎。主編大型史書《吉林通史》、《中日關(guān)系史》。

1995—2002年，每年主編-套《吉林藍(lán)皮書》叢書，用數(shù)量經(jīng)濟(jì)方法，對吉林省經(jīng)濟(jì)社會發(fā)展進(jìn)行預(yù)測預(yù)報。《吉林藍(lán)皮書》多次得到省委、省政府主要領(lǐng)導(dǎo)的褒獎，國內(nèi)學(xué)術(shù)界也給予充分肯定，連續(xù)獲得吉林省哲學(xué)社會科學(xué)優(yōu)秀成果-等獎。2001年起，每年又主編《東北經(jīng)濟(jì)藍(lán)皮書》，組織遼寧、黑龍江、內(nèi)蒙古和吉林的一些經(jīng)濟(jì)專家對東北經(jīng)濟(jì)區(qū)的運(yùn)行、發(fā)展做出預(yù)測,提出對策建議。《東北經(jīng)濟(jì)藍(lán)皮書》得到四省區(qū)領(lǐng)導(dǎo)和國內(nèi)著名專家王洛林、李京文等的贊賞。2000年曾主持編制《吉林省“十五”國民經(jīng)濟(jì)和社會發(fā)展綱要B方案》，受到省政府表揚(yáng)。主持承擔(dān)的國家社科基金項目有《東北經(jīng)濟(jì)區(qū)經(jīng)濟(jì)關(guān)聯(lián)度分析與合作研究》，省軟科學(xué)項目《遼吉黑三省經(jīng)濟(jì)發(fā)展比較研究》、《吉林省國有企業(yè)改革與發(fā)展研究》、《吉林省民營經(jīng)濟(jì)結(jié)構(gòu)調(diào)整研究》及省社科基金項目《經(jīng)濟(jì)全球化下的世界民族沖突與融合》等多項。

孫乃民曾任省政府決策咨詢專家，多次主持省委、省政府交辦的重大調(diào)查研究項目。

在理論宣傳方面，曾主編過《四項基本原則是立國治國之本》、《堅持社會主義道路，大力發(fā)展農(nóng)村經(jīng)濟(jì)》、《吉林省普法讀本》等著作。

多年來，在《哲學(xué)研究》、《黨建研究》、《當(dāng)代韓國》、《吉林大學(xué)學(xué)報》、《社會科學(xué)戰(zhàn)線》等報刊上發(fā)表論文百余篇，有的被《新華文摘》、《人大報刊復(fù)印資料》轉(zhuǎn)載。

孫乃民在主持省社會科學(xué)院工作的十年中，主要依靠自籌資金，先后建起了1.4萬平方米的辦公大樓和3萬平方米的職工宿舍；實現(xiàn)了社會科學(xué)研究從基礎(chǔ)研究（文史哲）為主向現(xiàn)實應(yīng)用、對策研究為主的轉(zhuǎn)變，培養(yǎng)了一批學(xué)科帶頭人，擴(kuò)大了在國內(nèi)外的影響，使吉林省社會科學(xué)院成為全國一流的地方社會科學(xué)院。