蘇祖馨蘇明珍父親，母親李作英。兄弟姐妹6人，祖馨排行長(zhǎng)兄。其少年家境清貧，父體弱多病，全賴其母勤儉持家，維持生活。他七歲入新塘小蒙館，后入大仁山大館。1909年冬以優(yōu)異的成績(jī)考入廣西陸軍小學(xué)第4期，與黃紹竑、白崇禧同學(xué)。

1911年辛亥革命爆發(fā)，廣西陸軍小學(xué)改為廣西陸軍速成學(xué)校，蘇祖馨轉(zhuǎn)入步兵科學(xué)習(xí)，1914年冬畢業(yè)后在陸榮廷部第一師見習(xí)，后任排長(zhǎng)。1917年轉(zhuǎn)到馬曉軍模范營(yíng)任連附。1922年隨黃紹竑經(jīng)廣東廉江回容縣，與在玉林的李宗仁合作。1923年任黃紹竑部連長(zhǎng)。1924年夏在“定桂討賊聯(lián)軍”伍廷風(fēng)第二縱隊(duì)任營(yíng)長(zhǎng)。1925年在進(jìn)剿舊桂系沈鴻英部時(shí)，在宜北擊葬沈部師長(zhǎng)鄭右文，為李、黃、白統(tǒng)一廣西立下戰(zhàn)功。

1926年7月6日李宗仁率第7軍夏威、胡宗鐸、李明瑞三個(gè)旅赴湘北伐，蘇祖馨進(jìn)任營(yíng)長(zhǎng)，率先入湘，旗開得勝。后又參加著名的賀勝橋、箬溪、德安等戰(zhàn)役。10月在王家鋪戰(zhàn)役負(fù)傷。1927年5月攻克安徽明光等地，6月進(jìn)占徐州后，蘇升任第7軍第3師16團(tuán)團(tuán)長(zhǎng)。后又參加北伐龍?zhí)吨畱?zhàn)及討伐唐生智戰(zhàn)役。

1929年3月，在蔣桂戰(zhàn)爭(zhēng)中，新桂系在武漢的實(shí)力被蔣介石瓦解，蘇所在之第7軍第3師被蔣介石改編為第9師，蘇任旅長(zhǎng)。同年冬，蘇離蔣回桂，在黃旭初教導(dǎo)2師任副師長(zhǎng)兼61團(tuán)團(tuán)長(zhǎng)。1930年3月，新桂系與第4軍張發(fā)奎聯(lián)合通電反蔣，5月兩軍傾巢入湘，蘇所在教導(dǎo)2師亦北上。6月在衡陽與蔣軍激戰(zhàn)中桂軍慘敗，桂張軍被迫撤回廣西。

1931年蘇祖馨任第7軍19師副長(zhǎng)兼55團(tuán)團(tuán)長(zhǎng)，在桂、柳、邕一帶補(bǔ)訓(xùn)。1936年6月1日陳濟(jì)棠、李宗仁發(fā)動(dòng)兩廣“六一”事變，反對(duì)蔣介石，蘇升任抗日救國(guó)軍第4集團(tuán)軍第15軍（后改為48軍）第四十五師師長(zhǎng)，蔣、桂和解后，蘇進(jìn)南京陸軍大學(xué)特別班第三期深造。

抗日戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)后，廣西新成立31軍，蘇任該軍第135師中將師長(zhǎng)。轄403、405兩旅4團(tuán)共9900余人，于1937年11月到達(dá)蘇北海州布防，受第五戰(zhàn)區(qū)司令官李宗仁指揮。1938年1月中旬，蘇祖馨奉命開赴安徽明光鎮(zhèn)（今嘉山縣城），與日寇展開極為激烈的明光爭(zhēng)奪戰(zhàn)，明光幾得幾失。日冠在以蘇祖馨的135師為主力的31軍勇猛阻擊下，傷亡2000多人，是日冠在淮河流域遭受到的第一次沉重打擊。此役蘇師也傷亡、失蹤1182人。蘇師所在的31軍在明光阻擊牽制敵軍40多天，為臺(tái)兒莊戰(zhàn)役的勝利殲敵12000余人創(chuàng)造了良好的條件，蘇祖馨因此獲記大功一次。日軍在臺(tái)兒莊失敗后，糾集30余萬兵力包圍徐州，企圖一舉殲滅我第五戰(zhàn)區(qū)主力。因此我軍主動(dòng)撤出徐州，蘇師也奉命突圍，為掩護(hù)第48軍和淮北兵團(tuán)撤退，蘇師在正陽關(guān)與日軍激戰(zhàn)5天，蘇師傷亡1200余人。之后，在大別山以南、長(zhǎng)江以北與西犯日軍戰(zhàn)斗。在數(shù)次戰(zhàn)斗中，蘇師擊敗敵軍700余人，自己也傷亡慘重。自1月中旬戰(zhàn)至9月上旬，僅剩下不足兩個(gè)營(yíng)的兵力。后第五戰(zhàn)區(qū)命令第31軍131師士兵歸并135師。10月15日，蘇祖馨135師奉命扼守豫鄂兩省交界之重要關(guān)口平靖關(guān)，阻滯日軍攻占武漢，掩護(hù)友軍西撤。蘇師在此關(guān)與日軍璣谷第十師團(tuán)血戰(zhàn)七晝夜，殲敵1200余人，蘇師傷亡、失蹤1500余人。是役蘇祖馨以“作戰(zhàn)出力，統(tǒng)籌有方”記大功一次。

1938年11月，第31軍干部奉調(diào)廣西補(bǔ)訓(xùn)。翌年春，重建之蘇師轄三個(gè)團(tuán)共5000余人。1939年11月22日，日寇到達(dá)邕江南岸。23日清晨，蘇祖馨臨危受命為邕江北岸守備司令，當(dāng)天日軍強(qiáng)渡邕江，蘇師雖多為新兵，仍與優(yōu)勢(shì)之?dāng)愁B抗戰(zhàn)斗。1940年7月1日，蘇升調(diào)第五戰(zhàn)區(qū)代理第48軍軍長(zhǎng)（在安徽）。蘇因南寧失守，十幾個(gè)縣的百姓遭受蹂躪，不愿就位。10月13日，蘇收家電悉父病故，他匆忙料理完父親喪事，即歸隊(duì)指揮所部參加龍州戰(zhàn)役。28日克復(fù)龍州，日寇向越南退逃。30日，第35集團(tuán)軍克復(fù)南寧。

1942年3月28日，蘇祖馨擢升第48軍軍長(zhǎng)（駐安徽），同年12月18日，蘇指揮所部之414團(tuán)于太湖縣擊落敵機(jī)一架，擊斃駐漢口日寇第11軍司令官冢田攻大將和高級(jí)參謀藤原武大佐等11人。敵機(jī)毀人亡，為了報(bào)復(fù)泄忿，隨調(diào)集大部隊(duì)，在飛機(jī)掩護(hù)下大肆掃蕩我大別山游擊根據(jù)地，所到之處實(shí)燒光、搶光、殺光的“三光”政策。此后，蘇在大別山地區(qū)與日軍作戰(zhàn)中，殲敵1000余人。

1945年8月26日，蘇以治軍有方，戰(zhàn)功顯赫，升任第31集團(tuán)軍副總司令兼第48軍軍長(zhǎng)。同年8月14日，日本宣布無條件投降，蘇祖馨任安慶區(qū)受傷降官，負(fù)責(zé)接受日軍受降事宜。9月15日在安慶城舉行受降儀式。蘇祖馨身著戎裝，神采奕奕，正式入城。日軍第131師團(tuán)長(zhǎng)小倉達(dá)達(dá)次中將、獨(dú)立混成旅旅長(zhǎng)門脅衛(wèi)大佐率軍官及樂隊(duì)十里郊迎。受降日軍兩部官兵共計(jì)20370人。當(dāng)晚，蘇祖馨在宴席上即度致詞說：“今日之會(huì)，為我國(guó)家至高上光榮，亦是我全國(guó)軍民最大幸事�；叵爰孜缫詠�，國(guó)家受盡日人欺凌，吾人能及身雪恥，接受日軍肉袒受降，此乃八年抗戰(zhàn)換來之代價(jià)，至堪慶祝；惟今后建國(guó)工作，仍甚艱巨，吾人必須共同努力，完成建國(guó)大業(yè)�！�

抗戰(zhàn)勝利后，蘇祖馨希望國(guó)家統(tǒng)一，民族振興，安定富強(qiáng)，所以他因厭惡內(nèi)戰(zhàn)，加之與21集團(tuán)軍總司令李品仙不和，于是他辭職回鄉(xiāng)，1946年秋返谷縣楊梅鄉(xiāng)老家閑居。他與鄉(xiāng)人言：“我已盡責(zé)，于心無愧，吃刀口、睡刀背幾十年，今天能平安回來足矣！”日常以詠詩、習(xí)書法為樂。他常以“貧賤不能移，富貴不能淫，威武不能屈”、“將相本無種，男兒當(dāng)自強(qiáng)”來教子，要求兒子奮發(fā)讀書，致力科學(xué)。

1949年11月，新桂系主力第3兵團(tuán)被解放軍擊潰退至廣西，兵團(tuán)司令張淦于11月20日前后率軍路過容縣時(shí)，曾請(qǐng)?zhí)K祖馨“出山”，但蘇堅(jiān)決推辭。廣西解放后不久，蘇祖馨移居香港。一些故舊勸其去臺(tái)灣，他亦不去。1963年5月3日，蘇祖馨在香港病逝，終年67歲。

蘇祖馨生育六子：蘇尚基、蘇尚荘、蘇尚嚴(yán)、蘇尚堅(jiān)、蘇尚周在內(nèi)地工作，蘇尚智在香港。