馬曉軍父麗南、母覃氏。兄弟5人，他排行第二。其少年即穎悟異常，讀書(shū)勤奮，參加童試，以縣試第一名考取梧州府學(xué)員，中榜秀才。后投筆從戎，被選送保定陸軍速成學(xué)校學(xué)習(xí)，旋為陸軍部選送赴日本振武學(xué)校，補(bǔ)習(xí)普通科三年，轉(zhuǎn)聯(lián)隊(duì)為入伍生，在東京加入同盟會(huì)。受訓(xùn)剛期滿(mǎn)，孫中山領(lǐng)導(dǎo)的辛亥革命爆發(fā)，他即回國(guó)參加革命，任南京留守府參謀兼學(xué)生軍隊(duì)長(zhǎng)。南北議和后回廣西任混成旅參謀。孫中山領(lǐng)導(dǎo)的二次革命失敗后，他再次東渡，入日本陸軍士官學(xué)校中國(guó)學(xué)生隊(duì)第十期步兵科深造。1915年畢業(yè)后回到北京，在陸軍第十師見(jiàn)習(xí)，同年奉蔡鍔命回廣西。途經(jīng)南京時(shí)被袁世凱的爪牙發(fā)現(xiàn)扣留數(shù)習(xí)，脫險(xiǎn)后回到廣西。他與廣西當(dāng)局格格不入，但為了事業(yè)發(fā)展，只好遷就，1917年在都督府任中校參謀，參加護(hù)國(guó)運(yùn)動(dòng)。

　　此時(shí)正值青春年華的馬曉軍滿(mǎn)懷雄心壯志，但又深感孤掌難鳴，想謀取一個(gè)事業(yè)的發(fā)展點(diǎn)，以便集中有志青年共同奮斗。于是他向廣西督軍陳炳焜建議創(chuàng)辦陸軍模范營(yíng)，希望以此集中精力，營(yíng)造日后發(fā)展的資本。為改變部隊(duì)素質(zhì)，經(jīng)多方陳說(shuō)，意見(jiàn)終被采納，陳炳琨任他為營(yíng)長(zhǎng)，使他的理想計(jì)劃初步實(shí)現(xiàn)。

　　此時(shí)任廣西都督的陸榮廷，出身于巡防軍。他的部下也多為巡防舊軍，官兵可以不學(xué)而充。當(dāng)時(shí)的將領(lǐng)，除陳炳琨較有理智外，其他對(duì)新軍如隔山萬(wàn)重，從軍校畢業(yè)的學(xué)生尤為顧忌不敢重用。原因是擔(dān)憂(yōu)武昌起義時(shí)新軍相繼參加革命的事實(shí)重演于門(mén)下。所以廣西青年軍官由保定陸軍軍官學(xué)校畢業(yè)后想在廣西省內(nèi)工作，大多被拒絕。如后來(lái)戰(zhàn)功顯赫的李品仙、廖磊、葉琪、何柱國(guó)等，從軍校畢業(yè)之后只好到湖南，或者到關(guān)外去找工作。所以，馬曉軍創(chuàng)辦陸軍模范營(yíng)，就為在外地軍校畢業(yè)的青年回桂效力創(chuàng)造了一個(gè)十分難得的用武之地。

　　馬曉軍被任命為模范營(yíng)營(yíng)長(zhǎng)后，即著手進(jìn)行該營(yíng)的組建：以馬軍毅為營(yíng)附，羅經(jīng)為副官，黃旭初、朱為珍、曾志沂、蘇端為連長(zhǎng)；黃紹竑、白崇禧、夏威、周己任、徐啟明、余志芳、張淦、梁朝璣、黃中聰?shù)?3人為連附，招考高小畢業(yè)的學(xué)兵六百余人。凌壓西、馮璜、馬偉新等人經(jīng)考取后宣誓人營(yíng)。并由第一師抽調(diào)優(yōu)秀士兵，先期加以訓(xùn)練，充任班長(zhǎng)，故干部士兵程度、水準(zhǔn)頗為整齊。再者訓(xùn)練教育均仿效日本，所以實(shí)不愧為當(dāng)時(shí)之模范軍隊(duì)。

　　模范營(yíng)第一期教育期滿(mǎn)，適遇護(hù)法軍興，馬曉軍率營(yíng)隨軍援湘。模范營(yíng)戰(zhàn)功顯著，備受上方賞識(shí)。馬曉軍升任廣西護(hù)國(guó)軍副司令。他乘機(jī)與督軍譚浩明商量，建議將模范營(yíng)官兵分調(diào)各舊軍中，充任教練工作。他想借機(jī)將他的部屬插予壘省軍隊(duì)，以擴(kuò)展培植他的實(shí)力。他的建議得到譚浩明的采納，于是將模范營(yíng)大部分干部和學(xué)生分調(diào)出去，這樣使他們也獲得升級(jí)的機(jī)會(huì)，不致于局限在模范營(yíng)內(nèi)。同時(shí)，黃旭初得升任營(yíng)附，白崇禧、黃紹竑、夏威等升任連長(zhǎng)，馬曉軍本人也升為第一支隊(duì)司令。

　　1919年冬，馬曉軍因?yàn)槁薁I(yíng)援湘及回桂后剿匪屢立戰(zhàn)功，被當(dāng)局委為兼任團(tuán)長(zhǎng)，增擴(kuò)兩營(yíng)兵力，黃旭初、白崇禧升為團(tuán)附，黃紹竑升為模范營(yíng)營(yíng)長(zhǎng)。

　　馬曉軍此時(shí)兼任團(tuán)長(zhǎng)，表面上工作據(jù)點(diǎn)較前擴(kuò)大，但新?lián)艿膬蓚�(gè)營(yíng)均為陸榮廷的舊部，與馬曉軍的新軍意氣不相投。所以1920年馬曉軍率部人粵時(shí)，孫中山領(lǐng)導(dǎo)的國(guó)民黨起來(lái)推翻廣東都督莫榮新(廣西人)，馬曉軍當(dāng)時(shí)極欲響應(yīng)，最終因?yàn)檫@兩個(gè)營(yíng)梗阻未遂。后來(lái)馬曉軍班師回桂到梧州，該營(yíng)營(yíng)長(zhǎng)向陸榮廷讒言馬曉軍并欲陷害。馬曉軍幸得友人在陸榮廷面前疏通，而免遭災(zāi)禍。但馬曉軍部因此而調(diào)駐百色，陸榮廷意在使馬曉軍不能接近粵境與粵軍相勾結(jié)。

　　1921年5月，孫中山在廣州就任大總統(tǒng)。廣西都督陸榮廷聽(tīng)命于北洋軍閥政府，分兵三路攻粵。廣東方面選派出密使來(lái)廣西作內(nèi)應(yīng)，之后反攻廣西。當(dāng)粵軍攻桂時(shí)，陸榮廷部將劉宸寰、沈鴻英在梧州懷集倒戈，馬曉軍也在百色舉旗響應(yīng)。陸榮廷見(jiàn)勢(shì)不支，被迫下野。廣西于是被孫中山領(lǐng)導(dǎo)的革命力量占領(lǐng)，馬曉軍被任命為廣西田南道十三屬警備司令，擴(kuò)編兵力為大營(yíng)，內(nèi)分兩統(tǒng)領(lǐng)：白崇禧任第一統(tǒng)領(lǐng)，黃紹竑任第二統(tǒng)領(lǐng)。夏威、韋云淞等為營(yíng)長(zhǎng)。馬曉軍的隊(duì)伍擴(kuò)編尚未完整，粵軍總司令陳炯明背叛孫中山大總統(tǒng)而將在桂的粵軍調(diào)回廣東。廣西陸榮廷的舊部稱(chēng)自治軍乘機(jī)四起，反粵客軍。馬曉軍部奉廣西省長(zhǎng)馬君武之命從百色調(diào)往南寧助守省府，與自治軍抗衡。

　　馬曉軍部由黃紹竑率領(lǐng)赴南寧，到南寧后見(jiàn)勢(shì)不利，在黃紹宏積極建議下，即轉(zhuǎn)向靈山縣撤退。馬曉軍在此間離開(kāi)部隊(duì)與陳雄往北海后往廣州，部隊(duì)由黃紹竑指揮。黃率部往玉林與李宗仁合作。

　　馬曉軍到廣州后被孫中山任命為元帥府大本營(yíng)參軍，此后歷任國(guó)民革命總司令部高級(jí)參謀，軍事委員會(huì)辦公廳主任，軍政部主任參事等職。三、四十年代任僑務(wù)委員會(huì)委員，立法院立法委員等。

　　1929年3月27日蔣桂戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)，桂系失敗。1930年8月21日黃紹竑電蔣介石“息兵和談”。10月26日，李濟(jì)深、陳鉻樞鑒于黃紹竑、白崇禧等均為馬曉軍舊部，故請(qǐng)馬氏主持兩廣和平。是日，國(guó)民政府派馬曉軍自滬赴港轉(zhuǎn)梧州收拾桂局。

　　馬曉軍熱心公益事業(yè)，在廣西倡議建武博公路，開(kāi)全省路政先河。在南京重建兩廣賓館，使在南京的兩廣鄉(xiāng)親有聯(lián)誼之所。他還在南京創(chuàng)辦兩廣中學(xué)。抗戰(zhàn)時(shí)期馬曉軍居住桂林，創(chuàng)設(shè)世界紅十字會(huì)廣西分會(huì)，為抗日救死扶傷募集了大批資金。

　　1949年馬曉軍移居臺(tái)灣。1959年2月23日夜，在訪白崇禧回來(lái)的路上，被美國(guó)軍車(chē)撞成重傷，經(jīng)醫(yī)院搶救無(wú)效而去世，終年79歲。其骨灰原葬于臺(tái)北士林鎮(zhèn)大直山。白崇禧撰寫(xiě)“立法委員馬翰東先生墓表”及“馬曉軍行狀”。舉行國(guó)葬時(shí)，蔣介石題詞日：“志業(yè)長(zhǎng)昭”。香港的兩廣同鄉(xiāng)會(huì)舉行追悼會(huì)時(shí)，由張發(fā)奎、黃旭初主持。1995年農(nóng)歷8月初4日，按馬曉軍生前遺愿，其骨灰移葬于故鄉(xiāng)容縣松山鎮(zhèn)慈堂村高櫻嶺。

　　馬曉軍深受儒家思想熏陶，為人謙恭有禮，辦事持重嚴(yán)謹(jǐn)，不嗜煙酒，對(duì)晚輩關(guān)懷備至。著述有《廣西革命軍發(fā)源之自路》、《中國(guó)兵力之比較》等。

　　馬曉軍一生最令人稱(chēng)道的業(yè)績(jī)，是創(chuàng)辦廣西陸軍模范營(yíng)。培植了新桂系一批重要將領(lǐng)，如：黃紹竑、白崇禧、黃旭初、夏威等，為統(tǒng)一廣西作出了貢獻(xiàn)。