大學畢業(yè)后，他在成都華陽中學等校任教，曾主編《西方日報》《稷下》等副刊，并被蒙文通先生聘為尊經(jīng)國專西方哲學史教席。解放初，參加接管華西大學，五十年代中被派往北京大學進修，繼調(diào)武漢大學哲學系。歷任武漢大學中國哲學教授、博士研究生導師、湖北省社聯(lián)學術委員，中國哲學史學會副會長，中華孔子學會副會長，國際道聯(lián)學術委員、國際儒聯(lián)顧問團成員、中國文化書院導師。長期從事中國哲學和文化的教學研究，曾多次參加或主持國內(nèi)外舉行的國際學術會議，并應邀赴美國哈佛大學、德國特里爾大學短期講學。

經(jīng)典著作
　　在國內(nèi)外發(fā)表學術論文百余篇，主要編著有：《中國哲學史》上、下卷，《中國辯證法史稿》第一卷，《哲學史方法論研究》，《王夫之辯證法思想引論》,《大乘起信論·釋譯》、《玄圃論學集》、《眾妙之門》等；又出版了《船山哲學引論》、《明清啟蒙學術流變》、《中國哲學史史料源流舉要》、《吹沙集》、《吹沙二集》、《吹沙紀程》等專著。對中國古代辯證法史、先秦儒道思想、明清哲學、近現(xiàn)代文化思潮等有較多的研究。堅持論史結合、中西比較、古今貫通的治學原則，強調(diào)德業(yè)雙修、學思并重、做人與為學的統(tǒng)一。曾提出哲學史研究方法，一方面應純化為哲學認識史，以便揭示哲學矛盾運動的特殊規(guī)律；另一方面還應泛化為哲學文化史，以便更充分地反映人的智慧創(chuàng)造的全過程。從哲學史泛化的角度重點考察了明清學術流變，主張"從萬歷到五四"可以視為一個連續(xù)的文化歷程；注意從中西哲學文化發(fā)展軌跡的對比中揭示其同中之異與異中之同，超越中西殊途、體用割裂的思維模式；注意文化發(fā)展中一與多、共與殊、常與變的矛盾聯(lián)結，以及文化的民族性差異與時代性差異的經(jīng)緯關系；強調(diào)應從十七世紀以來曲折發(fā)展的啟蒙思潮中去發(fā)現(xiàn)中國文化走出中世紀、邁向現(xiàn)代化的內(nèi)在歷史根芽，正確把握傳統(tǒng)文化與現(xiàn)代化之間的歷史接合點。在當代文化問題的討論中，獨標新意，成一家言。
思想肯定
　　在中國哲學史研究中，蕭萐父注重對哲學史的宏觀把握，主張哲學史的研究應當堅持歷史與邏輯相統(tǒng)一的方法論原則，以螺旋結構取代對子結構，探索中國哲學發(fā)展的邏輯，主張還哲學智慧于哲學史。這一方面的代表性成果就是80年代初問世的由他與李錦全主編的兩卷本《中國哲學史》。這是一部具有鮮明理論特色的哲學史著作，出版后受到學術界的普遍贊譽，眾多高校選作教材，被國家教委評為優(yōu)秀教材一等獎。明清哲學是蕭萐父卓有建樹的研究領域，60年代初他因《王夫之哲學思想初探》、《淺論王夫之的歷史哲學》二文而以船山學研究的倡導者名世，此后有一系列關于船山學的研究成果，全面考察了船山哲學思想的理論體系，系統(tǒng)梳理了船山哲學的諸范疇及范疇間的聯(lián)系，對船山辯證法作了多層次、多側面的剖析，凸現(xiàn)了船山辯證思維的邏輯進程，把船山哲學研究推進到一個新的高度。他還從哲學史泛化的角度，考察了明清啟蒙學術流變，主編了《明清文化名人叢書》。在80年代的文化大討論中，他獨標新意，成一家言，提出了著名的“中國哲學啟蒙說”。這一學說主張“從萬歷到五四“應視為一個同質(zhì)的、連續(xù)的文化歷程，應當從中西哲學文化發(fā)展軌跡的對比中揭示其同中之異與異中之同，超越中西殊途、體用割裂的思維模式；注意文化發(fā)展中一與多、共與殊、常與變的矛盾聯(lián)結，以及文化的民族性差異與時代性差異的經(jīng)緯關系；強調(diào)應從17世紀以來的曲折發(fā)展的啟蒙思潮中去發(fā)現(xiàn)中國文化走出中世紀、邁向現(xiàn)代化的內(nèi)在歷史根芽，正確地把握傳統(tǒng)文化與現(xiàn)代化之間的的歷史接合點。近年來，蕭萐父進一步注意到中國文化發(fā)展中多維互動的總趨勢，反對把中國文化單一化、凝固化、儒家化，而主張以多元開放的文化心態(tài)，“通觀儒釋道”，“涵化印中西”，通過“中國傳統(tǒng)文化的現(xiàn)代化”與“外國先進文化的中國化”的交涵互動，實現(xiàn)中國傳統(tǒng)文化的結構與重構，推陳出新，更有準備地參與“世界性的百家爭鳴”，對人類文化的新整合與新發(fā)展做出應有的貢獻。

　　蕭萐父是一位言傳身教、誨人不倦的教師，他堅守教職，勤耕不輟。半個多世紀以來，他為武漢大學中國哲學學科的系統(tǒng)建設費盡心血，特別著力于研究生的培養(yǎng)，在實踐中總結出“論史結合、中西比較、古今貫通”的治學原則，更強調(diào)德業(yè)雙修、言行相掩、做人與為學統(tǒng)一。蕭萐父既是一位正直不阿、特立獨行、儒道釋兼容的智者，亦是一位敢恨敢愛、能哭能歌、富于激情的詩人。在情與理的沖突中求和諧，在形象思維與邏輯思維的互斥中求互補，在詩與哲學的差異中求統(tǒng)一，是蕭萐父心向往之的精神境界。