官太史、翰林院編修。兄曹元忠，亦為藏書名家。少時寫卷子，一“灶”字占三格，人戲稱其“三眼灶”。辛亥革命后，閉門謝客，不與外界接觸，以衛(wèi)道士自居,攻擊革命者“無父無君”,贊美“禮為國家之命”，至死仍留著清朝的小辮子入葬。一生研究禮學(xué)，他認(rèn)為：“六經(jīng)同歸,其指在禮，《易》之象,《書》之政,皆禮也”。與著名藏書家梁鼎芬、劉承干關(guān)系非同一般，藏書2萬余卷，多稿抄校本。卒后，由蘇州文教廳及文管會點(diǎn)收。著《箋注十三經(jīng)》、《禮經(jīng)校釋》、《周易集解補(bǔ)釋》、《經(jīng)學(xué)開宗》、《周易學(xué)》。 所著有《孝經(jīng)學(xué)》七卷、《禮經(jīng)學(xué)》七卷、《禮經(jīng)校釋》二十二卷、《周易鄭氏注箋釋》十六卷、《古文尚書鄭氏注箋釋》四十卷、《復(fù)禮堂文集》十卷、《復(fù)禮堂述學(xué)詩》十五卷。

先生生而奇慧，三歲，祖父教以八卦奇偶，頗能辨別。四歲，父親教以易本義前卦歌，及四子書，群經(jīng)已能通曉大意。

1881年以童試第四名進(jìn)入學(xué)宮受教。元和（即蘇州）訓(xùn)導(dǎo)唐毓和閱先生之卷，心生佩服，乃將女兒許配于他。

1885年入江陰 南菁書院肄業(yè)，向 黃以周問學(xué)。當(dāng)時大江南北才俊賢士云集 南菁書院，朝夕切磋學(xué)問，先生尤與 張錫恭、 唐文治交往甚篤。同年奪得拔貢生第一名。江蘇學(xué)政 黃體芳亦是非常贊賞，在先生卷后加批：“他日當(dāng)以經(jīng)濟(jì)氣節(jié)名世�！辈痪孟壬鷬Z得本省鄉(xiāng)試第二十七名。

1886年赴京參加會試，與 孫詒讓論禮甚為滿意，并與其子孫紹箕建立昆弟交。

1889年，母親逝世，先生非常悲傷，撰《北堂侍立記》以志懿德。居喪時，先生對歷年讀禮之條記進(jìn)行整理，撰成《禮經(jīng)校釋》二十二卷：校者，校正經(jīng)、注、疏之訛文；釋者，闡釋經(jīng)、注、疏之隱義。“自唐朝賈公彥疏至清代胡培翬正義，都只是順其上下，推其本意，正訛補(bǔ)脫，逸衍改錯。其說之異于注者，推其致誤之由以訂正之，務(wù)求按之經(jīng)而合，問之心而安�！�

1891年刊成行世。當(dāng)時學(xué)者 李慈銘、 王頌蔚評價(jià)頗高。

1894年會試中選。因?yàn)檠奂矝]有參與廷試，1895年補(bǔ)考殿試，當(dāng)時殿廷試崇尚書法，習(xí)以成風(fēng)，先生自幼因?yàn)檫^于勤奮，眼疾嚴(yán)重，不能作楷書，閱卷者既把他的卷子列為二等。御史熙麟?yún)⒆�，奉旨提卷呈覽。 翁同龢面奏說“曹元弼雖寫不成字，實(shí)大江以南通經(jīng)博覽之士”，最后因字跡模糊，降列為三等五十名，委以 內(nèi)閣中書之職。 翁同龢嘆息說：“經(jīng)生安能與時流爭筆畫之工哉！”當(dāng)時兩江總督張之洞延攬其為廣雅書局總校。1895年，父親逝世，先生同樣悲傷。

1897年， 張之洞轉(zhuǎn)任 兩湖總督，又延聘先生主講兩湖書院。先生撰《原道》、《述學(xué)》、《守約》三篇，向諸生展示治學(xué)之方。在書院先生與 梁鼎芬（梁文忠公）一起輯成《經(jīng)學(xué)文鈔》，而相與論學(xué)者，則有馬貞榆、陳宗穎、胡元儀、 陳慶年、王仁俊、 楊守敬、桑宣、 蒯光典、姚晉圻。隨后 張之洞要求編修《十四經(jīng)學(xué)》，建立治經(jīng)提要鉤玄之法，約以 明例、要旨、圖表、會通、解紛、闕疑、流別七目，先生認(rèn)為此事體大物博，任重道遠(yuǎn)，于是“發(fā)憤覃思，閉戶論撰，寢食俱忘，晷刻必爭”，希望盡快編成。已刻成的有《周易學(xué)》八卷、《禮經(jīng)學(xué)》九卷、《孝經(jīng)學(xué)》七卷，未刻成的有《毛詩學(xué)》、《周禮學(xué)》、《孟子學(xué)》各若干卷，《論語學(xué)》則改題為《圣學(xué)挽狂錄》刻成。

1900年與伯兄 曹元恒因捐錢得到“ 行走”之職（賣官捐錢在清末很普遍）。

1907年， 張之洞又電招他為湖北存古學(xué)堂總教。當(dāng)時清廷設(shè)禮學(xué)館，編纂《通禮》，先生故交 張錫恭、錢同壽，及從兄 曹元忠，皆入館任分篡。禮部尚書 溥良奏保先生來京，先生因存古學(xué)堂之聘，僅列顧問。

1908年， 江蘇巡撫 陳啟泰薦舉先生通曉經(jīng)學(xué)，品德端正，并以其所著《禮經(jīng)校釋》進(jìn)呈御覽，奉旨賞給先生翰林院編修，原書發(fā)交禮學(xué)館。同年江蘇奏設(shè)存古學(xué)堂，延請先生為經(jīng)學(xué)總教，仍兼存古學(xué)堂職務(wù)。同時 葉昌熾為史學(xué)總教，鄒福保及王仁俊、 唐文治先后為詞章總教，孫宗弼、沈修、 孫德謙為協(xié)教，皆一時碩學(xué)通儒，師資力量雄厚。

1911年，先生辭去存古學(xué)堂總教，不久辛亥革命爆發(fā)，江蘇存古學(xué)堂停辦，先生 “心摧氣絕，飲恨吞聲”。唐恭人常密訪先生，先生問何故，唐恭人說：“主辱臣死，君素志也；但自裁無益，守死善道，以存書種，效貞苦節(jié)婦何如？”先生長嘆說：“天乎！與子偕隱，矢死靡他�！弊源碎]戶絕世殫心著述。所往來者，只有 葉昌熾、鄒福保、 張錫恭、 朱祖謀、王季烈、 劉錦藻、 劉承干幾位先生而已。 其后 袁世凱設(shè)禮制館，以書幣來聘，先生立即拒絕。 孔林被戰(zhàn)亂毀壞，清東陵被盜掘，先生竭盡家財(cái)捐修。

平時先生為諸弟子講授經(jīng)義，毅然以守先待后為己任。先生對于“洪荒初辟以來，中國圣教王道所自始，人類所以孽生不絕之由”，反本復(fù)始，潛心學(xué)易，認(rèn)為前儒之說，猶有未盡，所以他更定體例，以 鄭注為主，采荀、虞諸家及古易說為之箋，而以己意貫穿惠棟、張惠言、 姚配中及各家之說進(jìn)行闡發(fā)。先生由先儒之說以通經(jīng)傳，由經(jīng)傳以定先儒之異同得失，如不滿意，則“十易其稿而猶未已，必心安理得而后寫定”，歷十七年成《周易鄭氏注箋釋》二十八卷，又怕文繁語繞，學(xué)者查閱不易析別，為《周易集解補(bǔ)釋》十七卷，自序超過 萬言，仍然惓惓于學(xué)易，“改過遷善，以消殺機(jī)，而返元?dú)狻薄?/p>

先生認(rèn)為《大學(xué)》、《中庸》二篇，乃孔門論禮至極精粹之言，鄭注簡而精，朱注詳而明，所以隱括條理，由博返約，成《大學(xué)通義》一卷、《中庸通義》二卷；又認(rèn)為孔子行在《孝經(jīng)》，“立人倫之極，致中和，贊化育之仁，發(fā)育萬物，峻極于天，其本盡在《孝經(jīng)》”，漢代 鄭玄篤信好學(xué)，非禮不行，故依經(jīng)立注，為學(xué)者尊崇，而現(xiàn)在所傳鄭注，后人疑難百端， 千載之后，直至陳澧據(jù)《禮記·郊特牲》之正義，引 王肅之《孝經(jīng)》注，定為禮堂寫定之文，聚訟紛爭才平息。于是先生據(jù) 臧庸、 嚴(yán)可均輯本，撰《孝經(jīng)鄭氏注箋釋》三卷，并校正注、疏、脫、誤為《孝經(jīng)校釋》一卷。先生曾于1917年綜括數(shù)十年治經(jīng)心得，對每部經(jīng)都賦詩若干首，提摯綱維，以示后學(xué)者。這些詩共有六百數(shù)十首，“先舉大義，正宗旨也；次詳源流，明傳信也”，但是“經(jīng)義淵深，經(jīng)師家法，源遠(yuǎn)末分，百家得失，參錯不齊”，又不可不注明其意，所以先生于1936年開始博引群書，稽撰其說，三年而成《復(fù)禮堂述學(xué)詩》十五卷。

1939年先生為諸弟子講說《禮經(jīng)》，認(rèn)為“威儀三千，乃政教典則之詳，人倫日用之實(shí)，上下通行，師儒講習(xí)，《禮記》則其傳，冠昏諸義，皆七十子會通經(jīng)文，親受圣旨，提綱掣領(lǐng)，為后學(xué)舉隅”，于是引而申之，觸類而長之，為《禮經(jīng)大義》二卷。繼而又認(rèn)為先前所著《孝經(jīng)學(xué)》、《孝經(jīng)鄭氏注箋釋》，語義過于深奧，難以教育學(xué)生，所以取舊時論著，刪繁就簡，仿 朱子注四書之法，集合 鄭玄之后百家之注加上自著之書，融合而成《孝經(jīng)集注》二卷。

先生完成述學(xué)詩已有七十五歲。其間世禍之烈，門庭之痛，使先生產(chǎn)生“不如無生”之感，但是一息尚存，仁為己任，先生沒有松懈，“所欲著書甚多”，認(rèn)為“《尚書》為前圣施于政治，道濟(jì)天下之實(shí)”，于是在1941年四月創(chuàng)稿，以 鄭注本為據(jù)，集合《大傳》、《史記》、《說文》、讖書古文、馬氏佚注及《禮記》、《左傳》、《論語》、《孟子》周秦諸子、兩漢書等所載關(guān)于尚書的學(xué)說，為其箋釋，先生博觀約取，師法胡、江、王、段、孫、陳、王、皮諸家之義，反復(fù)深思，“彌縫變易釋之，義若絲毫未愜，輒數(shù)易其稿，必問心無憾而后已，耳校口授，諄復(fù)不厭，必一字無誤而后已”。先生年老，困病纏身，目暝意倦，著書之苦，可想而知，歷十年而成《古文尚書鄭氏注箋釋》四十二卷，總共五十余萬言，又別著《孫氏尚書今古文注疏校補(bǔ)》，《太誓》以下未完成，遺命以此二書稿交于其弟子 王欣夫（大�。�。 其所著《復(fù)禮堂文集》十卷，二集、三集各八卷，《詩存》若干卷。

先生說經(jīng)，以 高密鄭氏為宗，而亦兼采程、朱二子，平質(zhì)通達(dá)，與番禺陳澧相近。而著書二百余卷，總?cè)�百余萬言，則又過于陳氏。 同縣吳文安曾說：“吾蘇二百六十年前后得兩人焉，昆山則有亭林先生，吳縣則為吾叔彥先生，振綱常，扶名教，為宇宙間特立獨(dú)行之真儒�！弊R者謂為千古之公論。先生家父慈子孝，兄友弟恭，祥和之氣，充溢門庭，吳中孝弟家風(fēng)者，必以曹氏為首。自辛亥以來，歷世多變，優(yōu)傷憔悴，至抗戰(zhàn)更至窮乏，衣食不繼，而先生惟以著書立教，孜孜不倦，雖疾病呻吟也不離簡札。真可謂守死善道者！先生生于清同治六年（1867年）丁卯正月初八日酉時，卒于農(nóng)歷癸巳（1953年）九月十五日丑時，享年87歲。先生元配為六合唐氏（唐毓和之女），繼配為 同縣王氏、上虞柴氏。

先生專精三禮，奄貫五經(jīng)，門下高足亦各有成就：經(jīng)學(xué)家 沈文倬、文獻(xiàn)學(xué)家王欣夫、詩詞名家 錢仲聯(lián)、古文字學(xué)家唐蘭、書法家 王蘧常、文史學(xué)家吳其昌、經(jīng)學(xué)家畢壽頤，另外古典文學(xué)研究專家曹道衡是曹元弼的從曾孫。