為了安定內(nèi)部，決定轉(zhuǎn)內(nèi)訌為外征，把士氣轉(zhuǎn)向國外——侵略 朝鮮，江藤新平與 西鄉(xiāng)隆盛、坂垣退助鼓吹“征韓論”。征韓派主張暫緩侵略 臺(tái)灣，先侵略 朝鮮。以 大久保利通為首的內(nèi)治優(yōu)先派則主張積極改革內(nèi)政，發(fā)展生產(chǎn)，反對(duì)立即侵略 朝鮮。于是內(nèi)治優(yōu)先派和征韓派之間展開了一場(chǎng)激烈的斗爭(zhēng)。在 大久保利通的排擠下，西鄉(xiāng)、江藤、坂垣、副島、后藤五參議集體辭職，結(jié)束了四藩聯(lián)合政權(quán)，成立了以 大久保利通為中心的長達(dá)半個(gè)世紀(jì)的薩長兩藩聯(lián)合政權(quán)。江藤新平曾提出“支那南北兩分論”，主旨為：中國雖然廣大，但已不可救藥；應(yīng)乘日韓糾紛之機(jī)，聯(lián)俄瓜分中國，北部讓與俄國，南部收為日本；以十年為期，在中國內(nèi)地敷設(shè)鐵路；待經(jīng)營就緒，即驅(qū)逐俄國； 明治天皇遷都北京；完成第二次維新之大業(yè)。該論對(duì)日本制定對(duì)華政策頗具影響。 明治政府在政治、經(jīng)濟(jì)、文化等方面進(jìn)行的資產(chǎn)階級(jí)改革，遭到封建保守勢(shì)力的反對(duì)。1874年，江藤新平先于 西鄉(xiāng)隆盛在佐賀起兵叛亂，失敗后被捕并處死，梟首示眾。隨著自由民權(quán)運(yùn)動(dòng)的興起， 明治四十四年(1911年)第27屆議會(huì)給江藤新平反，取消了罪名，追贈(zèng)正四位。

明治政府為發(fā)展 資本主義而推行一系列政治改革，使下級(jí)武士生活陷于困境，他們對(duì)政府強(qiáng)烈不滿。以 西鄉(xiāng)隆盛為中心的留守政府，為了安定內(nèi)部，決定轉(zhuǎn)內(nèi)扛為外征，把士氣轉(zhuǎn)向國外——侵略 朝鮮，提出所謂“征韓論”。此時(shí) 大久保利通、 木戶孝允、 巖倉具視等從歐美考察回國，在侵略 朝鮮問題上意見分歧。以 西鄉(xiāng)隆盛為主的征韓派主張暫緩侵略 臺(tái)灣，先侵略 朝鮮， 板垣退助、江藤新平等參議支持西鄉(xiāng)的意見。以大久保利通為首的內(nèi)治優(yōu)先派則主張積極改革內(nèi)政，發(fā)展生產(chǎn)，反對(duì)立即侵略朝鮮。于是內(nèi)治優(yōu)先派和征韓派之間展開了一場(chǎng)激烈的斗爭(zhēng)。

太政大臣 三條實(shí)美被夾在兩派中間，因此而病倒。接著1873年10月24日 明治天皇采納 巖倉具視的意見，決定無限期延遲向 朝鮮派遣使節(jié)，導(dǎo)致內(nèi)治優(yōu)先派勝利。25日 西鄉(xiāng)隆盛、 副島種臣、 后藤象二郎、 板垣退助、江藤新平五參議集體辭職，結(jié)束了四藩聯(lián)合政權(quán)，成立了以 大久保利通為中心的薩長兩藩聯(lián)合政權(quán)。江藤新平于同年12月28日以養(yǎng)病為理由，提出還鄉(xiāng)( 佐賀縣)的報(bào)告，1874年1月13日踏上歸途。

明治政府在政治、經(jīng)濟(jì)、文化等方面進(jìn)行的資產(chǎn)階級(jí)改革，遭到封建保守勢(shì)力的反對(duì)。1872年夏， 島津久光上書 明治天皇，提出14條建議，反對(duì)資產(chǎn)階級(jí)改革。1874年他又向 三條實(shí)美等人提出了“質(zhì)問書”，指責(zé) 明治政府的各種改革，堅(jiān)持主張服制、學(xué)制、軍隊(duì)、租稅等一切復(fù)舊，并要求撤消 大久保利通的職務(wù)，召回西鄉(xiāng)、板垣、江藤等人，恢復(fù)他們的職務(wù)。因?yàn)楦镄聞?shì)力的反擊，島津的反對(duì)要求沒有實(shí)現(xiàn)。最后， 島津久光不得不辭去內(nèi)閣顧問的職務(wù)。

和中央政府內(nèi)部分裂相適應(yīng)，地方上的反動(dòng)土族對(duì) 明治維新的各項(xiàng)資產(chǎn)階級(jí)改革強(qiáng)烈不滿。佐賀的士族建立了征韓黨(1873年12月)和憂國黨(1874年1月)。征韓黨擁戴佐賀出身的明治政府前參議江藤新平為首領(lǐng)，憂國黨則擁戴佐賀出身的前秋田縣令 島義勇為首領(lǐng)，1874年1月江藤新平和島義勇先后從東京和秋田縣被迎入佐賀。征韓黨對(duì)征韓論派被內(nèi)治優(yōu)先派擊敗感到十分氣憤，主張立即侵略 朝鮮，擴(kuò) 張國權(quán)，建立士族專制的國家。憂國黨則反對(duì)政府所進(jìn)行的各項(xiàng)改革，要求政府重新起用“中興元老” 島津久光、 西鄉(xiāng)隆盛、江藤新平等人，主張對(duì)內(nèi)實(shí)行封建 郡縣制，對(duì)外征服 朝鮮和中國。

由江藤新平和 島義勇領(lǐng)導(dǎo)的征韓、憂國兩黨在武力反抗政府的基礎(chǔ)上結(jié)合在一起，結(jié)集了3000多名士族，組成一支叛軍。

1874年2月4日，江藤首先搶劫了小野組銀行，搶到20萬日元的經(jīng)費(fèi)，然后發(fā)動(dòng)武裝叛亂。18日占領(lǐng)了佐賀縣城。

東京得到佐賀叛亂的消息， 太政官在4日和7日命令陸軍省出動(dòng)熊本鎮(zhèn)臺(tái)兵和大阪鎮(zhèn)臺(tái)兵進(jìn)行鎮(zhèn)壓。2月10日，政府任命 大久保利通為軍事和審判的全權(quán)代表，赴 九州鎮(zhèn)壓叛亂。

21日政府軍開始反擊，同時(shí)海軍也將軍艦開進(jìn) 長崎、 伊萬里助威。由于薩摩的 島津久光按兵不動(dòng)，鹿兒島和熊本沒有發(fā)動(dòng)叛亂，佐賀陷于孤立，很快被政府軍打敗。

明治七年(1874)2月23日起義軍全面潰敗，實(shí)在難以防守，江藤新平?jīng)Q定放棄佐賀，投靠 西鄉(xiāng)隆盛，準(zhǔn)備東山再起。當(dāng)天夜里，江藤和山中一郎、香月經(jīng)五郎、山田平藏、 中島鼎藏、生田源八等一起到佐賀的海邊，由九日村乘船，從海上逃往鹿兒島。3月1日夜， 島義勇也從住江乘船逃往鹿兒島。

江藤新平和 島義勇兩位首領(lǐng)雖然離開了佐賀，但叛軍仍繼續(xù)戰(zhàn)斗，后來政府軍逐漸增多，只得退守 佐賀城。2月28日叛軍意識(shí)到再也不能抵擋政府軍了，便提出了投降書，但因用詞不遜被退了回來。當(dāng) 大久保利通到達(dá)蓮池時(shí)，起義軍又提出了投降書，約定3月1日上午10時(shí)投降，停止攻擊。政府軍當(dāng)天和平進(jìn)入 佐賀城。

政府軍本想看到江藤新平和 島義勇自殺的尸體，不料他們已經(jīng)逃跑，便下命令嚴(yán)格搜索追捕，并向各地發(fā)出通緝江藤的告示：

佐賀縣士族、征韓黨江藤新平，年齡41歲，相貌如下：身材高而胖，臉面長頰骨高，眉濃而長，眼大而長，額寬廣，鼻和嘴一般，皮膚淺黑，左頰有黑痣，舌大而長，其他一般。

江藤新平秘密來到鹿兒島的 西鄉(xiāng)隆盛家，恰巧西鄉(xiāng)出門，在揖宿郡 山川村的宇奈木溫泉休養(yǎng)。2月28日江藤離開鹿兒島，3月1日傍晚到達(dá)宇奈木溫泉的西鄉(xiāng)家。那天 佐賀城被政府軍奪回。

當(dāng)天晚上江藤和西鄉(xiāng)進(jìn)行了約三小時(shí)的密談，次日早晨又繼續(xù)密談四個(gè)小時(shí)，內(nèi)容不清楚，只知道西鄉(xiāng)最后說：“按照我所說的那樣去做是不會(huì)錯(cuò)的��！”

叛亂以前征韓黨的干部山中一郎曾訪問過西鄉(xiāng)，西鄉(xiāng)不同意舉兵，認(rèn)為時(shí)間尚早。這次江藤請(qǐng)求西鄉(xiāng)幫助未成，便于3月2日上午9點(diǎn)左右告別西鄉(xiāng)，離開宇奈木溫泉，經(jīng) 宮崎縣往 四國，想請(qǐng)求高知縣的板垣幫助。江藤在敵人緊緊迫捕下潛入高知城，造訪了林有造，請(qǐng)他幫助。但林有造抱著敬而遠(yuǎn)之的態(tài)度，江藤認(rèn)為在 高知無用，又向東潛行。

江藤離開高知縣到奈半利村，再由山路到甲浦。此時(shí)江藤的行蹤已被偵察到了，最后被甲浦的村長發(fā)現(xiàn)，將他扣留在副戶長家里，由副戶長濱谷清澄向縣廳急報(bào)。

事到如今，江藤才知道萬事休矣。次日早晨寫信給三條 太政大臣、巖倉右大臣、木戶等參議，企圖直接運(yùn)動(dòng)中央領(lǐng)導(dǎo)人，但他的命運(yùn)已經(jīng)完全掌握在 大久保利通手中了。

江藤新平被送到高知縣，由高知縣令交給內(nèi)務(wù)省七等出仕西村亮吉，乘猶龍規(guī)經(jīng)鹿兒島，4月7日(1874年)抵達(dá)佐賀的早津江，將他關(guān)在監(jiān)獄里。在獄中他寫下了一首七言詩，為不能實(shí)現(xiàn)侵略 朝鮮的志向而悲嘆：

“欲掃胡塵盛本邦，一朝后跌臥幽窗。可憐半夜蕭蕭雨，殘夢(mèng)猶迷鴨綠江�！�

4月13日政府對(duì)江藤新平宣判：梟首。當(dāng)晚江藤新平被押到嘉詔川提的刑場(chǎng)。臨刑時(shí)從容自若，視死如歸，吟詠絕命詩二首。

其一：

“我今為國死，死不負(fù)君恩。人事有通塞，乾坤吊我魂�！�

其二：

“報(bào)國舟心天地知，人間苦節(jié)獨(dú)清夷。如斯世界生無益，可法權(quán)山是我?guī)�。�?/p>

所謂梟首就是斬首以后將首級(jí)掛在監(jiān)獄門口或市街上示眾。這種刑罰至明治十二年(1879)完全廢除。然而當(dāng)時(shí)照相館的商人將示眾的江藤新平和 島義勇的首級(jí)拍了照片公開出售，《東京日日新聞》5月18日非難此事：

“近來江藤氏、島氏在西國一帶就刑，據(jù)說有人將掛在梟木上的兩個(gè)首級(jí)拍了照片玩弄，為此者究竟居心何在?兩氏因叛亂受誅，當(dāng)然這是罪有應(yīng)得。但是他們是國家重臣，不能因起用或失敗而輕易議論，難道要和耶穌釘十字架的像擺在一起看嗎?如果那樣，似乎是為了侮辱國家，這到底是侮辱誰呢？”

佐賀縣律師協(xié)會(huì)會(huì)員安永澤太也說：“我國法曹之前輩和鼻祖(指江藤)受此殘酷的刑罰，這是擁護(hù)人權(quán)上的大課題�！�

江藤的尸體由親友葬于佐賀城外木角村(今 佐賀市鍋島盯)的蓮成寺。根據(jù)新潟縣士族櫻井虎太郎的明治七年(1874)報(bào)告書(《三條家文書》，國立圖書館憲政資料室收藏)，當(dāng)時(shí)廣泛流傳祈求江藤新平的亡靈可以治好百病，瞎眼重見光明。從5月份起，參拜的人最多的一天約有200，有的還是從 久留米和 柳川方面來的。上午9時(shí)至下午5時(shí)，“江藤的亡靈到縣廳處理民政，故這個(gè)時(shí)間內(nèi)參拜的人要少。商人在寺內(nèi)開設(shè)糕餅店和水果店，寺內(nèi)立即熱鬧起來。不過縣廳知道此事，便于本年7月30日貼出布告禁止參拜。”此事雖然可笑，但也反映了一般人民對(duì)江藤新平的崇敬和愛戴。

明治十四年(1881)4月， 副島種臣等將江藤的遺體改葬于 佐賀市的本行寺，并建立石碑。此時(shí) 九州各地民權(quán)運(yùn)動(dòng)高漲，同月18日在佐賀町妙安寺舉行討論會(huì)，題為《政治犯不可殺》。

明治十五年(1882)在愿正寺舉行江藤等的“慰靈祭”。明治四十四(1911)第27屆議會(huì)給江藤平反，取消了罪名。次年9月將平反證明書交給次子江藤新作之妻春子， 昭憲皇太后還授予“下賜金”，新作也成了眾議院議員。自1874年江藤被處死時(shí)起，經(jīng)過38個(gè)春秋，春天方始來到了江藤家。